- PDB-2yyf: Purification and structural characterization of a D-amino acid co... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2yyf
タイトル
Purification and structural characterization of a D-amino acid containing conopeptide, marmophine, from Conus marmoreus
要素
M-conotoxin mr12
キーワード
TOXIN / M-conotoxin mr12 / Mr1931
機能・相同性
Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Conomarphin-Mr3
機能・相同性情報
手法
溶液NMR / The structure is based on a total of 236 constraints, 226 are NOE-derived distance constraints, 8 dihedral constraints, 2 constraints from one hydrogen bonds s, using distance geometry, simulated annealing by CYANA 2.1 soft to determine the structure, and using molecular dynamics mothod to do the structurn refinement by AMBER 9.0.
分子量: 1934.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Conus marmoreus / 参照: UniProt: B2KPN7*PLUS
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実験情報
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実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
2D NOESY
1
2
1
2D TOCSY
1
3
1
DQF-COSY
1
4
2
2D NOESY
1
5
2
2D TOCSY
1
6
2
DQF-COSY
-
試料調製
詳細
Solution-ID
内容
溶媒系
1
2.0mM, 90% H2O, 10% D2O
90% H2O/10% D2O
2
2.0mM, 99.99% D2O
99.99% D2O
試料状態
pH: 3.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
XwinNMR
3.5
BrukerInc.
collection
TopSpin
1.3B
BrukerInc.
解析
Sparky
3.11
T. D. GoddardandD. G. Kneller
構造決定
CYANA
2.1
L. A. Systems, Inc.
構造決定
Amber
9
精密化
精密化
手法: The structure is based on a total of 236 constraints, 226 are NOE-derived distance constraints, 8 dihedral constraints, 2 constraints from one hydrogen bonds s, using distance geometry, ...手法: The structure is based on a total of 236 constraints, 226 are NOE-derived distance constraints, 8 dihedral constraints, 2 constraints from one hydrogen bonds s, using distance geometry, simulated annealing by CYANA 2.1 soft to determine the structure, and using molecular dynamics mothod to do the structurn refinement by AMBER 9.0. ソフトェア番号: 1
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20