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- PDB-2yx5: Crystal Structure of Methanocaldococcus jannaschii PurS, One of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yx5
タイトルCrystal Structure of Methanocaldococcus jannaschii PurS, One of the Subunits of Formylglycinamide Ribonucleotide Amidotransferase in the Purine Biosynthetic Pathway
要素UPF0062 protein MJ1593
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / anti parallel beta sheet / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylformylglycinamidine synthase / phosphoribosylformylglycinamidine synthase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mth169; Chain: A , / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS / Phosphoribosylformylglycinamidine (FGAM) synthase / Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylformylglycinamidine synthase subunit PurS
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kanagawa, M. / Baba, S. / Agari, Y. / Chen, L.Q. / Fu, Z.-Q. / Chrzas, J. / Wang, B.C. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Kawai, G. ...Kanagawa, M. / Baba, S. / Agari, Y. / Chen, L.Q. / Fu, Z.-Q. / Chrzas, J. / Wang, B.C. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Kawai, G. / Sampei, G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Methanocaldococcus jannaschii PurS, One of the Subunits of Formylglycinamide Ribonucleotide Amidotransferase in the Purine Biosynthetic Pathway
著者: Kanagawa, M. / Baba, S. / Agari, Y. / Chen, L.Q. / Fu, Z.-Q. / Chrzas, J. / Wang, B.C. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Kawai, G. / Sampei, G.
履歴
登録2007年4月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: UPF0062 protein MJ1593


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7111
ポリマ－9,7111
非ポリマー00
水19811
1
A: UPF0062 protein MJ1593

A: UPF0062 protein MJ1593

A: UPF0062 protein MJ1593

A: UPF0062 protein MJ1593


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8464
ポリマ－38,8464
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.251, 96.251, 48.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 UPF0062 protein MJ1593 / hypothetical protein PurS


分子量: 9711.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58988
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 25% 1,2-propanediol, 10% glycerol, phosphate-citrate, 5% PEG 3000, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 6252 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Num. unique all: 593 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T4A

1t4a


解像度: 2.3→31.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 237174.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 663 11.1 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.24 6000 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.7779 Å2 / ksol: 0.364558 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.86 Å23.13 Å20 Å2
2--5.86 Å20 Å2
3----11.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数674 0 0 11 685
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 114 12.4 %
Rwork0.33 809 -
obs--92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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