PDB-2yw9: Crystal structure of TT0143 from Thermus thermophilus HB8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yw9

タイトル

Crystal structure of TT0143 from Thermus thermophilus HB8

要素

Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Alpha and beta proteins (a/b) / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Miyano, M. / Ago, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TT0143 from Thermus thermophilus HB8
著者: Ago, H. / Hamada, K. / Ida, K. / Kanda, H. / Sugahara, M. / Yamamoto, M. / Nodake, Y. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Miyano, M.

履歴

登録	2007年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月4日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yw9.cif.gz	366.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yw9.ent.gz	298 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yw9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yw9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2yw9_validation.xml.gz	69.7 KB	表示
CIF形式データ	2yw9_validation.cif.gz	95.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2yw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/2yw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1uluS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cfz-1 1lx6-1 4i5d-1 4i5f-2 4i5f-1 4i5d-2 2b35-1 4cv3-1 2wyv-d 2wyu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003000143.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

B: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

C: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

D: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

E: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

F: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

G: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

H: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

ヘテロ分子

227 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

B: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

C: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

D: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

F: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

G: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

H: Enoyl-[acyl carrier protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.087, 107.131, 184.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LEU	LEU	A	A	2 - 191	2 - 191
2	1	1	LEU	LEU	B	B	2 - 191	2 - 191
3	1	1	LEU	LEU	C	C	2 - 191	2 - 191
4	1	1	LEU	LEU	E	E	2 - 191	2 - 191
5	1	1	LEU	LEU	F	F	2 - 191	2 - 191
6	1	1	LEU	LEU	G	G	2 - 191	2 - 191
7	2	1	ALA	ALA	A	A	212 - 256	212 - 256
8	2	1	ALA	ALA	B	B	212 - 256	212 - 256
9	2	1	ALA	ALA	C	C	212 - 256	212 - 256
10	2	1	ALA	ALA	E	E	212 - 256	212 - 256
11	2	1	ALA	ALA	F	F	212 - 256	212 - 256
12	2	1	ALA	ALA	G	G	212 - 256	212 - 256
1	1	2	LEU	LEU	D	D	2 - 191	2 - 191
2	1	2	LEU	LEU	H	H	2 - 191	2 - 191
3	2	2	ALA	ALA	D	D	212 - 256	212 - 256
4	2	2	ALA	ALA	H	H	212 - 256	212 - 256

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl carrier protein] reductase 分子量: 28141.432 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLI9, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG4000, LiCl, Sodium Citerate, NaCl, NADP(+), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.02 Å
検出器	タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.02 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→38.876 Å / Num. obs: 66626 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 39.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 9522 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0027	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ULU

1ulu

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 10.961 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.765 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: NADPs at the binding site of enzyme with segment ID, A, B, C, E, F and G were not included in the model, due to the poor electron densities of them.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26273	6738	10.1 %	RANDOM
R_work	0.22228	-	-	-
obs	0.22644	66487	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14247	0	96	386	14729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	14635
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.96	1.991	19952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.526	5	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.922	23.176	507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.325	15	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.709	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.1	7243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	10260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.1	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.237	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.705	1.5	9952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.188	2	15322
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.949	3	5281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.963	4.5	4624
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	938	tight positional	0.06	0.05
1	1	B	938	tight positional	0.06	0
1	1	C	938	tight positional	0.04	0
1	1	E	938	tight positional	0.06	0
1	1	F	938	tight positional	0.04	0
1	1	G	938	tight positional	0.05	0
2	2	D	939	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	705	medium positional	0.18	0.5
1	1	B	705	medium positional	0.18	0
1	1	C	705	medium positional	0.07	0
1	1	E	705	medium positional	0.1	0
1	1	F	705	medium positional	0.08	0
1	1	G	705	medium positional	0.08	0
2	2	H	717	medium positional	0.11	0.5
1	1	A	938	tight thermal	0.14	0.5
1	1	B	938	tight thermal	0.13	0
1	1	C	938	tight thermal	0.12	0
1	1	E	938	tight thermal	0.14	0
1	1	F	938	tight thermal	0.12	0
1	1	G	938	tight thermal	0.13	0
2	2	D	939	tight thermal	0.14	0.5
1	1	A	705	medium thermal	0.15	2
1	1	B	705	medium thermal	0.14	0
1	1	C	705	medium thermal	0.14	0
1	1	E	705	medium thermal	0.16	0
1	1	F	705	medium thermal	0.13	0
1	1	G	705	medium thermal	0.14	0
2	2	H	717	medium thermal	0.17	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	501	-
R_work	0.28	4288	-
obs	-	-	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)