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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yvu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of APE1195 | ||||||
![]() | Probable adenylyl-sulfate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / KINASE / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishii, R. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of APE1195 著者: Ishii, R. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE UNIPROT Q9YCR6 was updated on 2007-06-26. The author constructed the plasmid following the ...SEQUENCE UNIPROT Q9YCR6 was updated on 2007-06-26. The author constructed the plasmid following the old database Q9YCR6 including the first 4 residues MET GLN ALA LEU. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2gksS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21123.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: oil batch / pH: 7.6 詳細: 15% (v/v) MPD, 0.1M HEPES-NaOH, 0.2M tri-Na Citr, pH 7.6, oil batch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 23374 / Num. obs: 23213 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 31.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.159 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2117 / % possible all: 91.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2GKS 解像度: 2.1→45.27 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1283584.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8713 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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