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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yrr | ||||||
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タイトル | hypothetical alanine aminotransferase (TTH0173) from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Aminotransferase, class Vアミノ基転移酵素 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / aminotransferase (アミノ基転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å | ||||||
データ登録者 | Miyahara, I. / Matsumura, M. / Goto, M. / Omi, R. / Hirotsu, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: hypothetical alanine aminotransferase (TTH0173) from Thermus thermophilus HB8 著者: Miyahara, I. / Matsumura, M. / Goto, M. / Omi, R. / Hirotsu, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yrr.cif.gz | 150.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yrr.ent.gz | 123.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yrr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/2yrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/2yrr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37890.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SLX0, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% (w/v) PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 65998 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 6537 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.86→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.86→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.86→1.93 Å /
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