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- PDB-2yr5: Crystal structure of L-phenylalanine oxidase from Psuedomonas sp.P501 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yr5
タイトルCrystal structure of L-phenylalanine oxidase from Psuedomonas sp.P501
要素Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-phenylalanine oxidase / amino oxidase / flavoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine 2-monooxygenase / phenylalanine 2-monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 - #60 / Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Phenylalanine 2-monooxygenase precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. P-501 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Ida, K. / Kurabayashi, M. / Suguro, M. / Hikima, T. / Yamamoto, M. / Suzuki, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of proteolytic activation of L-phenylalanine oxidase from Pseudomonas sp. P-501.
著者: Ida, K. / Kurabayashi, M. / Suguro, M. / Hiruma, Y. / Hikima, T. / Yamomoto, M. / Suzuki, H.
履歴
登録2007年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase
B: Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,12312
ポリマ－155,7992
非ポリマー2,32410
水39,7952209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12100 Å2
ΔGint-87.3 kcal/mol
Surface area41440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.648, 112.624, 136.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pro-enzyme of L-phenylalanine oxidase


分子量: 77899.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. P-501 (バクテリア)
プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5W9R9, phenylalanine 2-monooxygenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 1.0M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→47.62 Å / Num. obs: 429065 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YR4

2yr4


解像度: 1.25→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.852 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12851 21030 5 %RANDOM
Rwork0.10137 ---
obs0.10272 398321 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10424 0 150 2209 12783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.02210846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027118
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3551.96514822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1923.00117222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49451362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85623.262466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.749151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2271572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.21636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.22420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.28127
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.25443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.25420
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2330.21565
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2570.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2510.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0491.58551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0271.52768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.632210890
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.20634802
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5194.53932
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.522322267
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.95252209
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.169517692
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 1464 -
Rwork0.15 27675 -
obs--92.39 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 84.316 Å / Origin y: 48.022 Å / Origin z: 96.817 Å
111213212223313233
T0.0999 Å20.0148 Å20.0044 Å2-0.0927 Å2-0.0032 Å2--0.0749 Å2
L0.423 °20.0724 °20.044 °2-0.3144 °20.0579 °2--0.3933 °2
S-0.0001 Å °-0.019 Å °0.0178 Å °0.006 Å °-0.0029 Å °0.0101 Å °-0.0106 Å °0.002 Å °0.0029 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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