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- PDB-2ypp: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypp
タイトル3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase in complex with 3 tyrosine molecules
要素PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG
キーワードTRANSFERASE / SHIKIMATE PATHWAY / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS / ALLOSTERY
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TYROSINE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Blackmore, N.J. / Reichau, S. / Jiao, W. / Hutton, R.D. / Baker, E.N. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Three Sites and You are Out: Ternary Synergistic Allostery Controls Aromatic Aminoacid Biosynthesis in Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Blackmore, N.J. / Reichau, S. / Jiao, W. / Hutton, R.D. / Baker, E.N. / Jameson, G.B. / Parker, E.J.
履歴
登録2012年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG
B: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,00919
ポリマ－101,4012
非ポリマー1,60817
水2,774154
1
A: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG
B: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG
ヘテロ分子

A: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG
B: PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,01838
ポリマ－202,8014
非ポリマー3,21734
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area17420 Å2
ΔGint-334.5 kcal/mol
Surface area63530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)203.449, 203.449, 66.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2035-

HOH

21B-2029-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE AROG / 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE / DAHP SYNTHASE / 3-DEOXY-D-ARAB INO- ...3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE / DAHP SYNTHASE / 3-DEOXY-D-ARAB INO-HEPTULOSONATE 7-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 50700.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O53512, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

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非ポリマー , 6種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細L-TYROSINE (TYR): 3 TYROSINE LIGANDS ARE BOUND IN THE TWO MONOMERS OF THE ASYMMETRIC UNIT, 1 IN ...L-TYROSINE (TYR): 3 TYROSINE LIGANDS ARE BOUND IN THE TWO MONOMERS OF THE ASYMMETRIC UNIT, 1 IN SUBUNIT A AND 2 IN SUBUNIT B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, 12% V/V GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953697
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953697 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.791
11-h,-k,l20.209
反射解像度: 2.3→47.03 Å / Num. obs: 67961 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NV8

3nv8


解像度: 2.3→44.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.144 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CHAIN A RESIDUES 11-12 AND CHAIN B RESIDUES 10-12 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16375 3380 5 %RANDOM
Rwork0.13923 ---
obs0.14046 64572 96.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.42 Å20 Å20 Å2
2---4.42 Å20 Å2
3---8.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7072 0 93 154 7319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0197361
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0581.96310021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.942316048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86823.429347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.267151177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4691570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 218 -
Rwork0.184 4134 -
obs--85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42920.2066-0.03570.1228-0.09630.3490.0632-0.1267-0.01220.0601-0.05070.0008-0.02030.032-0.01250.2003-0.01220.020.16640.00940.003599.229-31.282-1.662
20.65390.1555-0.14640.7034-0.13810.2367-0.0580.0411-0.0377-0.08790.05820.03410.0531-0.0425-0.00020.2161-0.04560.0140.1277-0.01020.0069101.741-35.786-32.46
32.11240.9115-0.77980.7655-0.67480.6333-0.0218-0.0073-0.06880.04310.0810.0255-0.0265-0.0792-0.05910.198-0.01460.01960.18810.05850.055383.982-43.831-5.633
40.45030.03860.05020.7173-0.21540.23650.0462-0.05030.03940.03870.04930.1929-0.0195-0.0307-0.09550.1664-0.00470.04160.14560.0340.071882.1-20.691-8.487
50.6669-0.55980.32852.3499-0.74970.99840.0328-0.0209-0.0051-0.0885-0.0576-0.2620.11830.08470.02490.18550.02530.03510.1250.02290.0813117.983-46.714-23.324
60.37940.1767-0.04130.6456-0.07230.1769-0.0344-0.0238-0.0286-0.030.0401-0.14410.01770.0074-0.00570.1762-0.00070.02420.125-0.01920.0392119.581-23.99-28.114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3A127 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4A81 - 126
5X-RAY DIFFRACTION4A168 - 462
6X-RAY DIFFRACTION5B127 - 167
7X-RAY DIFFRACTION6B81 - 126
8X-RAY DIFFRACTION6B168 - 462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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