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- PDB-2yoq: Structure of FAM3B PANDER E30 construct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yoq
タイトルStructure of FAM3B PANDER E30 construct
要素PROTEIN FAM3B
キーワードAPOPTOSIS / DIABETES / ILEI / EMT
機能・相同性
機能・相同性情報


insulin secretion / nuclear envelope lumen / cytokine activity / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
FAM3 family / GG-type lectin domain profile. / ILEI/PANDER domain / Interleukin-like EMT inducer
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Johansson, P. / Bernstrom, J. / Gorman, T. / Oster, L. / Backstrom, S. / Schweikart, F. / Xu, B. / Xue, Y. / Holmberg Schiavone, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Fam3B Pander and Fam3C Ilei Represent a Distinct Class of Signaling Molecules with a Non-Cytokine-Like Fold.
著者: Johansson, P. / Bernstrom, J. / Gorman, T. / Oster, L. / Backstrom, S. / Schweikart, F. / Xu, B. / Xue, Y. / Schiavone, L.H.
履歴
登録2012年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN FAM3B
B: PROTEIN FAM3B
C: PROTEIN FAM3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1996
ポリマ－71,9233
非ポリマー2763
水7,422412
1
A: PROTEIN FAM3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0662
ポリマ－23,9741
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN FAM3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0662
ポリマ－23,9741
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROTEIN FAM3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0662
ポリマ－23,9741
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.540, 86.540, 96.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.584, 0.811, -0.016), (0.811, -0.584), (-0.009, -0.013, -1)37.754, -24.817, -76.47
2given(0.401, 0.916, -0.026), (0.916, -0.401, -0.009), (-0.018, -0.02, -1)4.808, -50.132, -75.648

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN FAM3B / CYTOKINE-LIKE PROTEIN 2-21 / PANCREATIC-DERIVED FACTOR / PANDER


分子量: 23974.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9D309
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→34.47 Å / Num. obs: 33513 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 42.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→21.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9457 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9344 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.167
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1897 1690 5.05 %RANDOM
Rwork0.1583 ---
obs0.1599 33459 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1405 Å20 Å20 Å2
2---3.1405 Å20 Å2
3---6.281 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.226 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→21.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4276 0 18 412 4706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014390HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.165902HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1566SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes113HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes629HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4390HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.03
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion554SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5052SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.42 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2846 138 4.88 %
Rwork0.2099 2692 -
all0.2135 2830 -
obs--99.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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