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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yoq | ||||||
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タイトル | Structure of FAM3B PANDER E30 construct | ||||||
要素 | PROTEIN FAM3B | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / DIABETES / ILEI / EMT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 insulin secretion / nuclear envelope lumen / cytokine activity / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Johansson, P. / Bernstrom, J. / Gorman, T. / Oster, L. / Backstrom, S. / Schweikart, F. / Xu, B. / Xue, Y. / Holmberg Schiavone, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Fam3B Pander and Fam3C Ilei Represent a Distinct Class of Signaling Molecules with a Non-Cytokine-Like Fold. 著者: Johansson, P. / Bernstrom, J. / Gorman, T. / Oster, L. / Backstrom, S. / Schweikart, F. / Xu, B. / Xue, Y. / Schiavone, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yoq.cif.gz | 123 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yoq.ent.gz | 100.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yoq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2yoq_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2yoq_full_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2yoq_validation.xml.gz | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2yoq_validation.cif.gz | 36.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yoq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yo/2yoq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23974.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9D309 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.13 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→34.47 Å / Num. obs: 33513 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 42.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→21.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9457 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9344 / SU R Cruickshank DPI: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.215 / SU Rfree Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.167 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.55 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.226 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→21.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.42 Å / Total num. of bins used: 17
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