PDB-2yib: Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Ne...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2yib

タイトル

Structure of the RNA polymerase VP1 from Infectious Pancreatic Necrosis Virus

要素

(RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE) x 2

キーワード

TRANSFERASE / REVERSE TRANSCRIPTASE / IPNV

機能・相同性

機能・相同性情報

viral genome replication / virion component / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: The N-Terminus of the RNA Polymerase from Infectious Pancreatic Necrosis Virus is the Determinant of Genome Attachment.
著者: Graham, S.C. / Sarin, L.P. / Bahar, M.W. / Myers, R.A. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H. / Grimes, J.M.

履歴

登録	2011年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2yib.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2yib.ent.gz	1001.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2yib.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2yib_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2yib_full_validation.pdf.gz	474.1 KB	表示
XML形式データ	2yib_validation.xml.gz	95.4 KB	表示
CIF形式データ	2yib_validation.cif.gz	131.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yib ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yi/2yib	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yi8C 2yi9SC 2yiaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yia-2 2yia-5 2yia-1 2yia-3 2yia-8 2yia-4 6jcs-d 2yi8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

D: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

371 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.740, 195.450, 197.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / RDRP / PROTEIN VP1 分子量: 95632.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス) 株: JASPER / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: P22173, RNA-directed RNA polymerase, RNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質	RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / RDRP / PROTEIN VP1 分子量: 83999.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) INFECTIOUS PANCREATIC NECROSIS VIRUS (伝染性膵臓壊死症ウイルス) 株: JASPER / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: P22173, RNA-directed RNA polymerase, RNA-directed DNA polymerase
配列の詳細	GIVEN THE LOW RESOLUTION OF THE DIFFRACTION DATA THE AUTHORS WERE UNABLE TO RELIABLY BUILD A MAIN ...GIVEN THE LOW RESOLUTION OF THE DIFFRACTION DATA THE AUTHORS WERE UNABLE TO RELIABLY BUILD A MAIN CHAIN INTO THE DENSITY AND DOCK THE SEQUENCE FROM RESIDUE 688 ONWARDS IN CHAIN D. THE AUTHORS HAVE THEREFORE EXCLUDED THIS REGION OF THE STRUCTURE FROM THE REFINEMENT, THE COORDINATES FOR THIS SEGMENT HAVING ZERO OCCUPANCY AND NO ASSIGNED RESIDUE TYPE TO INDICATE THIS FACT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.66 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: CRYSTALS OF FULL-LENGTH VP1 WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 100 NL PROTEIN (5.3 MG/ML) PLUS 5 MM MNCL2 AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20% W/V PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0. ...詳細: CRYSTALS OF FULL-LENGTH VP1 WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 100 NL PROTEIN (5.3 MG/ML) PLUS 5 MM MNCL2 AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20% W/V PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.2 M SODIUM CITRATE, 20 MM ATP, 5% V/V MPD, 10 MM NAOH) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL RESERVOIRS AT 20.5 C.

結晶

マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.66 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CRYSTALS OF FULL-LENGTH VP1 WERE GROWN IN SITTING DROPS CONTAINING 100 NL PROTEIN (5.3 MG/ML) PLUS 5 MM MNCL2 AND 100 NL RESERVOIR SOLUTION (20% W/V PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→45.24 Å / Num. obs: 45508 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 51.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 3.8→4.01 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.9.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YI9

2yi9

解像度: 3.8→44.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8795 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESIDUES D688 TO 770, CORE SEGMENT OF CHAIN D, COULD NOT BE DOCKED INTO SEQUENCE. AS SUCH THEY WERE OMITTED FROM REFINEMENT AND ARE SHOWN FOR ILLUSTRATIVE PURPOSES ONLY. IDEAL-DIST CONTACT ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2129	2307	5.07 %	RANDOM
R_work	0.1843	-	-	-
obs	0.1858	45473	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.9344 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.3521 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.2865 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.735 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→44.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24183	0	0	0	24183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	24304	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	33097	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		8321	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		623	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3461	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		24304	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.49
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.68
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3274	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		28468	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.8→3.9 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	169	5.04 %
R_work	0.2175	3181	-
all	0.2192	3350	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6937	0.0834	0.3093	0.9197	-0.0495	0.5113	-0.0239	-0.0249	0.0281	0.0082	-0.0549	0.0138	-0.0334	0.0171	0.0788	-0.0781	0.0801	-0.0079	-0.0907	0.0234	-0.0345	-40.2039	32.7753	-9.6447
2	3.5129	-1.6931	-1.5485	3.3293	2.9104	1.9242	0.0497	0.2133	0.1599	-0.0116	0.0553	-0.0271	0.003	-0.012	-0.105	0.0354	0.0444	-0.1076	-0.1136	0.1405	-0.0146	-25.5544	16.2431	1.194
3	0.2334	-0.3482	0.1625	0.9144	-0.4016	1.0653	0.0211	0.0166	0.2006	0.0347	-0.1336	-0.1431	-0.0067	-0.0569	0.1125	-0.0246	0.0016	-0.0472	-0.0257	0.0871	-0.0189	-38.4695	54.4351	-17.8565
4	0.8826	0.5348	0.0646	0.7279	0.3363	1.9552	0.1424	0.1251	-0.2398	-0.0272	0.051	0.035	0.4593	-0.5442	-0.1934	-0.0383	-0.152	-0.1009	-0.1135	0.152	-0.0024	-44.0694	-31.1496	10.8365
5	2.901	-0.6259	1.0153	3.6954	-2.5305	0.7111	0.0282	-0.0467	0.0016	-0.0653	0.0349	0.1018	0.0203	-0.0396	-0.0631	-0.094	-0.0579	-0.042	0.0121	0.0527	0.0425	-42.6832	-9.1643	23.5339
6	0.1868	1.0611	0.4292	1.1002	0.2369	0.6151	0.0225	0.1105	-0.0866	-0.266	0.1358	0.2169	0.1966	-0.4213	-0.1583	0.1274	-0.152	-0.152	0.1717	0.152	0.1265	-58.398	-41.1633	2.7985
7	1.2744	0.071	-0.5319	0.5292	-0.3864	1.2786	-0.1284	-0.0403	-0.2978	-0.126	-0.0737	-0.2633	0.1454	-0.0565	0.202	-0.0541	-0.0101	0.092	-0.2005	0.1097	0.0203	1.3534	11.035	35.4393
8	3.8243	1.4054	0.6298	1.0249	-1.7848	0.7504	-0.0058	-0.2022	-0.3236	0.0264	-0.0191	-0.1151	-0.0661	0.0006	0.025	-0.1092	0.0578	0.0542	-0.0709	0.152	0.08	-8.0532	-2.8605	55.6191
9	1.7127	0.3155	-0.2434	0.404	-0.0533	0.5479	0.0214	0.0543	-0.3842	-0.2073	-0.1543	-0.3545	0.1815	0.2014	0.1329	-0.0396	0.1377	0.152	-0.1255	0.1506	0.1018	21.58	8.808	30.8417
10	1.4	-0.0929	0.5897	0.1718	-0.0424	0.5054	-0.0174	0.5328	-0.2078	0.1427	0.0269	0.0159	0.1668	-0.1142	-0.0094	-0.2494	0.0572	0.086	0.304	-0.152	-0.0632	-51.8712	-5.1456	54.053
11	2.8526	-0.4609	0.9014	0.6717	-0.1626	2.0619	-0.0725	0.5442	0.0942	0.19	-0.0531	0.2472	-0.1905	-0.2724	0.1256	-0.2653	0.0483	0.0213	0.0822	0.1097	-0.1414	-62.4638	15.59	65.0535
12	2.9602	-2.9104	-2.5491	1.951	1.3684	3.5511	0.0225	0.0554	0.0869	0.0498	0.1011	0.0724	-0.1263	0.0733	-0.1236	-0.0924	-0.0857	-0.0536	0.0223	0.152	-0.013	-38.3959	14.9007	75.6406

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 3:581)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 582:675)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 676:798)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 3:581)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 582:657)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 658:798)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND (RESID 3:515)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 516:671)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 672:798)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND (RESID 3:116)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESID 117:599)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESID 600:687)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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