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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yh5 | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal domain of BamC | ||||||
要素 | DAPX PROTEIN | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / BAM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 細胞膜 / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Zeth, K. / Albrecht, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis of Outer Membrane Protein Biogenesis in Bacteria. 著者: Albrecht, R. / Zeth, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yh5.cif.gz | 63 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yh5.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yh5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/2yh5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13898.449 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 25-143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47548, UniProt: P0A903*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL SEQUENCE WAS ASSIGNED DUE TO SUBTILISIN | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.78 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG1000, 0.1 M MES PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.28→1.31 Å / Num. obs: 25297 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.25→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAAIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.829 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→29.56 Å
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拘束条件 |
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