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- PDB-2ygi: Methanobactin HM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ygi
タイトルMethanobactin HM1
要素METHANOBACTIN HM1
キーワードMETAL TRANSPORT / METHANOTROPHS
機能・相同性COPPER (II) ION
機能・相同性情報
生物種METHYLOCYSTIS HIRSUTA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.8 Å
データ登録者Ghazouani, A. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Gray, J. / Dennison, C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Variations in Methanobactin Structure Influences Copper Utilization by Methane-Oxidizing Bacteria.
著者: El Ghazouani, A. / Basle, A. / Gray, J. / Graham, D.W. / Firbank, S.J. / Dennison, C.
履歴
登録2011年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22012年10月3日Group: Database references
改定 1.32016年12月14日Group: Data collection
改定 1.42019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHANOBACTIN HM1
B: METHANOBACTIN HM1
C: METHANOBACTIN HM1
D: METHANOBACTIN HM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5628
ポリマ－3,3084
非ポリマー2544
水45025
1
A: METHANOBACTIN HM1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 890 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8902
ポリマ－8271
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: METHANOBACTIN HM1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 890 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8902
ポリマ－8271
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: METHANOBACTIN HM1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 890 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8902
ポリマ－8271
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: METHANOBACTIN HM1
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 890 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8902
ポリマ－8271
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)9.072, 22.535, 23.572
Angle α, β, γ (deg.)64.79, 86.06, 91.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
METHANOBACTIN HM1


分子量: 826.897 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) METHYLOCYSTIS HIRSUTA (バクテリア) / 株: CSC1
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6 / 詳細: 3.8 AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5.6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.8
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.8→19.44 Å / Num. obs: 12760 / % possible obs: 75.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 0.8→0.84 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 20.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING
開始モデル: NONE

解像度: 0.8→30 Å / Num. parameters: 2267 / Num. restraintsaints: 1929 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.0894 685 5 %RANDOM
all0.0763 13445 --
obs0.0652 -75.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 117.76 / Occupancy sum non hydrogen: 241
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数212 0 4 25 241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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