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- PDB-2ycm: Inhibitors of herbicidal target IspD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ycm
タイトルInhibitors of herbicidal target IspD
要素2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE, CHLOROPLASTIC
キーワードTRANSFERASE / HERBICIDE / ALLOSTERIC BINDING POCKET / NON-MEVALONATE-PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / chloroplast stroma / chloroplast
類似検索 - 分子機能
2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30A / : / COPPER (II) ION / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hoeffken, H.W.
引用
#1: ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of a Plant 2C-Methyl-D- Erythritol 4-Phosphate Cytidylyltransferase Exhibits a Distinct Quaternary Structure Compared to Bacterial Homologues and a Possible Role ...タイトル: The Crystal Structure of a Plant 2C-Methyl-D- Erythritol 4-Phosphate Cytidylyltransferase Exhibits a Distinct Quaternary Structure Compared to Bacterial Homologues and a Possible Role in Feedback Regulation for Cytidine Monophosphate.
著者: Gabrielsen, M. / Kaiser, J. / Rohdich, F. / Eisenreich, W. / Laupitz, R. / Bacher, A. / Bond, C.S. / Hunter, W.N.
履歴
登録2011年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0267
ポリマ－25,2991
非ポリマー7276
水1,67593
1
A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子

A: 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE, CHLOROPLASTIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,05314
ポリマ－50,5982
非ポリマー1,45512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area21530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.060, 75.060, 220.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL 4-PHOSPHATE CYTIDYLYLTRANSFERASE, CHLOROPLASTIC / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2C-METHYL-D-ERYTHRITOL SYNTHASE / MEP CYTIDYLYLTRANSFERASE / ATMECT / ATMEPCT / MCT


分子量: 25299.000 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTIDYLTRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 76-302 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
プラスミド: PNCO113 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / Variant (発現宿主): PREP4
参照: UniProt: P69834, 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase

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非ポリマー , 5種, 99分子

#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-30A / 6-BENZYL-5-CHLORO-7-HYDROXYPYRAZOLO[1,5-A]PYRIMIDINE-3-CARBOXYLIC ACID


分子量: 303.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10ClN3O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 % / 解説: NONE
結晶化詳細: NATIVE CRYSTALS (SEE REMARK 1, PDB 1W77) WERE SOAKED WITH A SATURATED SOLUTION OF LIGAND

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.939272
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.5 Å / Num. obs: 22629 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 38.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.84
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YC3

2yc3


解像度: 1.8→73.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.984 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE ELECTRON DENSITY MAP SUGGESTS THAT IN THE CRYSTAL THE ALLOSTERIC POCKET IS ONLY PARTIALLY OCCUPIED AND ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. THE ELECTRON DENSITY MAP SUGGESTS THAT IN THE CRYSTAL THE ALLOSTERIC POCKET IS ONLY PARTIALLY OCCUPIED AND THEREFOR THE ELECTRON DENSITY REFLECTS AN OVERLAY OF THE UNLIGANDED AND LIGANDED ENZYME. THIS IS IN ACCORDANCE WITH THE HIGH TEMPERATURE FACTORS OF PART THE LIGAND AND OF THE AMINO ACIDS 264 TO 268 WHICH HAVE TO MOVE TO OPEN THE ALLOSTERIC BINDING POCKET.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23252 1132 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.19887 21497 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.227 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.24 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→73.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 26 93 1759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0221708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9082.0032325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03532761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9015214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.22726.23269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.42515295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.879154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9031.51075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.571.5428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.12421751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6543633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0624.5574
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.02832822
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 82 -
Rwork0.225 1557 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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