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- PDB-2yan: Crystal structure of the second glutaredoxin domain of human TXNL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yan
タイトルCrystal structure of the second glutaredoxin domain of human TXNL2
要素GLUTAREDOXIN-3
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of the force of heart contraction / iron-sulfur cluster assembly complex / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / cell redox homeostasis / protein kinase C binding / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of the force of heart contraction / iron-sulfur cluster assembly complex / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / cell redox homeostasis / protein kinase C binding / Iron uptake and transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / Z disc / cell cortex / intracellular iron ion homeostasis / dendrite / RNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GLUTATHIONE / Glutaredoxin-3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vollmar, M. / Johansson, C. / Cocking, R. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Vollmar, M. / Johansson, C. / Cocking, R. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Second Glutaredoxin Domain of Human Txnl2
著者: Vollmar, M. / Johansson, C. / Cocking, R. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2011年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Other
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAREDOXIN-3
B: GLUTAREDOXIN-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,05014
ポリマ－23,8132
非ポリマー1,23612
水3,549197
1
A: GLUTAREDOXIN-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6509
ポリマ－11,9071
非ポリマー7438
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLUTAREDOXIN-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4005
ポリマ－11,9071
非ポリマー4944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.317, 118.317, 58.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GLUTAREDOXIN-3


分子量: 11906.729 Da / 分子数: 2 / 断片: GLUTAREDOXIN DOMAIN, RESIDUES 232-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: O76003

-
非ポリマー , 6種, 209分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SEQUENCE START S230 AND MET231 DUE TO CLONING STRATEGY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.31 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M ACETATE PH 4.5, 2 M(NH4)2 SO4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.72 Å / Num. obs: 37552 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1WIK, 2WCI, 2WUL, 2WZ9, 3IPZ ENSEMBLE

1wik

2wci

2wul

2wz9

3ipz


解像度: 1.9→19.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.093 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21237 1872 5 %RANDOM
Rwork0.18491 ---
obs0.18629 35624 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.092 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.46 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 75 197 1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221849
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4842.042493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8793.0013273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0665239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44626.34182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59915368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.729157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022005
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8631.51086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2381.5444
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49621763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.293763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7624.5714
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 139 -
Rwork0.338 2586 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.327-1.60832.111619.2708-14.267110.77160.1765-0.0980.64970.1591-0.10320.2923-0.08980.0254-0.07320.2696-0.1408-0.05570.1967-0.0110.210442.8197-22.02921.4553
23.0480.79050.18353.0313-0.12163.43080.1607-0.09450.290.3484-0.23040.2533-0.2325-0.01490.06970.1102-0.1015-0.00610.1631-0.01740.119834.3091-34.582123.5189
33.19523.95544.575924.73265.606916.33770.44630.093-0.59760.95220.0129-1.45120.74610.9744-0.45920.17550.0206-0.06360.30950.06660.256244.7673-47.077825.1781
43.46525.39966.97988.685613.421338.4237-0.33470.07480.2372-0.48870.08110.3244-0.50880.21260.25360.2286-0.0347-0.06330.26640.05720.171543.9555-39.2183-11.1806
51.8673-0.3596-1.20861.84761.51776.4498-0.01640.1525-0.0872-0.2377-0.00620.02840.1287-0.0820.02250.0629-0.0378-0.03240.2101-0.00110.124642.2186-44.03882.6536
614.65560.00610.503111.27591.53465.9559-0.0128-0.28850.16860.25330.1475-0.1726-0.13740.3757-0.13470.0149-0.01190.02040.3098-0.08210.121655.0058-42.245210.4854
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A230 - 248
2X-RAY DIFFRACTION2A249 - 320
3X-RAY DIFFRACTION3A321 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4B230 - 248
5X-RAY DIFFRACTION5B249 - 314
6X-RAY DIFFRACTION6B315 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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