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- PDB-2y8v: Structure of chitinase, ChiC, from Aspergillus fumigatus. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y8v
タイトルStructure of chitinase, ChiC, from Aspergillus fumigatus.
要素CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
キーワードHYDROLASE / AFCHIC
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitinase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class III chitinase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Rush, C.L. / Schuettelkopf, A.W. / Gay, L.M. / van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Chitinase, Chic, from Aspergillus Fumigatus.
著者: Rush, C.L. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2011年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Atomic model
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
B: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
C: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
D: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,0355
ポリマ－130,0124
非ポリマー231
水10,395577
1
A: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
B: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0062
ポリマ－65,0062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-34.3 kcal/mol
Surface area22880 Å2
手法PISA
2
C: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
D: CLASS III CHITINASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0293
ポリマ－65,0062
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area22660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.137, 145.748, 82.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A10 - 290
2115B10 - 290
3115C10 - 290
4115D10 - 290

-
要素

#1: タンパク質
CLASS III CHITINASE, PUTATIVE / CHIC


分子量: 32502.998 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-288 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASPERGILLUS FUMIGATUS (カビ) / 株: AF293 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WEQ6, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 28 % V/V PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→24.9 Å / Num. obs: 76641 / % possible obs: 89.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 63
反射 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / % possible all: 47.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.99→82.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 7.642 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21348 1507 2 %RANDOM
Rwork0.16871 ---
obs0.16959 75134 89.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20 Å20.01 Å2
2---0.94 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→82.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8817 0 1 577 9395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0229057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9891.95312323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3451114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19523.928443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.998151427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2271563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.21289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0661.55547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83328898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18633510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7354.53425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1112medium positional0.230.5
2B1112medium positional0.240.5
3C1112medium positional0.260.5
4D1112medium positional0.270.5
1A1061loose positional0.635
2B1061loose positional0.545
3C1061loose positional0.565
4D1061loose positional0.595
1A1112medium thermal1.92
2B1112medium thermal1.182
3C1112medium thermal1.282
4D1112medium thermal1.752
1A1061loose thermal1.9710
2B1061loose thermal1.5810
3C1061loose thermal1.7510
4D1061loose thermal1.8910
LS精密化 シェル解像度: 1.994→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 46 -
Rwork0.174 3001 -
obs--47.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1301-0.16940.14550.5566-0.39830.48240.0045-0.01190.05050.02790.0241-0.056-0.0346-0.0594-0.02860.02660.01440.00320.04180.00440.055924.629157.531841.047
20.28310.1767-0.02290.4809-0.1170.45280.0306-0.0116-0.02950.0434-0.0141-0.0587-0.0034-0.0139-0.01650.006-0.0037-0.0030.03090.00780.023322.774823.262280.2856
30.2085-0.1996-0.20330.56650.46680.51430.0449-0.01020.0168-0.07180.0004-0.0356-0.03250.0053-0.04530.0228-0.00230.00420.0135-0.00910.012145.842361.372877.4072
40.24220.11780.07480.40390.1920.5698-0.01390.0162-0.0057-0.04150.0138-0.0026-0.00310.00770.00010.00550.0010.00050.0136-0.00080.000747.675219.409546.0269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 287
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 287
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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