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- PDB-2y8d: STRUCTURE OF DBL6 EPSILON DOMAIN FROM VAR2CSA STRAIN FCR3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y8d
タイトルSTRUCTURE OF DBL6 EPSILON DOMAIN FROM VAR2CSA STRAIN FCR3
要素ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / DBL EPSILON / PFEMP1 / MALARIA
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Duffy-antigen binding domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / 5 helical Cullin repeat like / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Duffy-antigen binding domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / 5 helical Cullin repeat like / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / 2-AMINO-ETHANETHIOL / Erythrocyte membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Gangnard, S. / Ramboarina, S. / Lewit-Bentley, A. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural and Immunological Correlations between the Variable Blocks of the Var2Csa Domain Dbl6Epsilon from Two Plasmodium Falciparum Parasite Lines.
著者: Gangnard, S. / Badaut, C. / Ramboarina, S. / Baron, B. / Ramdani, T. / Gamain, B. / Deloron, P. / Lewit-Bentley, A. / Bentley, G.A.
履歴
登録2011年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22013年3月20日Group: Database references
改定 1.32013年5月15日Group: Database references
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5434
ポリマ－36,2691
非ポリマー2743
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.859, 56.229, 75.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3629-

BEN

21A-3629-

BEN

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要素

#1: タンパク質 ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1


分子量: 36268.898 Da / 分子数: 1 / 断片: DBL6 EPSILON, RESIDUES 2326-2631 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: FCR3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHUFFLE / 参照: UniProt: Q6UDW7
#2: 化合物 ChemComp-DHL / 2-AMINO-ETHANETHIOL / 2,3-DESHYDROLANTHIONINE / システアミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 77.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NS
#3: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細BENZAMIDINE (BDN): THE BENZAMIDINE MOIETY LIES ON A TWO-FOLD AXIS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.13 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M NA ACETATE, PH 4.8, 0.1M MGCL2, 2.6% BENZAMIDINE, 10MG/ML PROTEIN IN 0.02M TRIS PH 8, 0.14M NACL, 0.045M CYSTAMINE; VAPOUR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月22日 / 詳細: KB-MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→35.2 Å / Num. obs: 24727 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 38.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 73.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WAU

2wau


解像度: 1.84→43.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9527 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9375 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.139
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 1267 5.12 %RANDOM
Rwork0.2034 ---
obs0.2051 24727 93.55 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3029 Å20 Å2-0.2318 Å2
2--0.8351 Å20 Å2
3---1.4679 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.271 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→43.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 17 112 2446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112413HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.053236HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d884SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes331HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2413HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion299SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2917SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.92 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 105 5.38 %
Rwork0.2358 1848 -
all0.2353 1953 -
obs--93.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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