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万見
- PDB-2y6p: Evidence for a Two-Metal-Ion-Mechanism in the Kdo- Cytidylyltrans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y6p
タイトルEvidence for a Two-Metal-Ion-Mechanism in the Kdo- Cytidylyltransferase KdsB
要素3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / LIPID A
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase / Acylneuraminate cytidylyltransferase / Cytidylyltransferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / ISOPROPYL ALCOHOL / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schmidt, H. / Mesters, J.R. / Mamat, U. / Hilgenfeld, R.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Evidence for a Two-Metal-Ion Mechanism in the Cytidyltransferase Kdsb, an Enzyme Involved in Lipopolysaccharide Biosynthesis.
著者: Schmidt, H. / Mesters, J.R. / Wu, J. / Woodard, R.W. / Hilgenfeld, R. / Mamat, U.
履歴
登録2011年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
B: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
C: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,43415
ポリマ－81,6403
非ポリマー1,79412
水3,459192
1
A: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
B: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,62910
ポリマ－54,4272
非ポリマー1,2028
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-59.8 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
2
C: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

C: 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,61110
ポリマ－54,4272
非ポリマー1,1848
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5280 Å2
ΔGint-65.1 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.175, 51.175, 107.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE / CYTIDYLTRANSFERASE / CMP-2-KETO-3-DEOXYOCTULOSONIC ACID SYNTHASE / CKS / CMP-KDO SYNTHASE


分子量: 27213.490 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / プラスミド: PT7-KDSB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CODONPLUS(DE3) / Variant (発現宿主): PRIL
参照: UniProt: O66914, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 483.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: THE DROPS CONTAINED EQUAL AMOUNTS OF KDSB (10 MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 100 MM NACL, 5 MM MGCL2, 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL, SUPPLEMENTED WITH 1 MM CTP) AND RESERVOIR SOLUTION (0.1 M HEPES ...詳細: THE DROPS CONTAINED EQUAL AMOUNTS OF KDSB (10 MG/ML IN 20 MM TRIS-HCL, PH 7.5, 100 MM NACL, 5 MM MGCL2, 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL, SUPPLEMENTED WITH 1 MM CTP) AND RESERVOIR SOLUTION (0.1 M HEPES PH 7.5, 18.8% ISOPROPANOL, 18.7% PEG 4000).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.834
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月14日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.834 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.36 Å / Num. obs: 46213 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.75 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.74
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.12 / Mean I/σ(I) obs: 6.12 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 12.128 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25792 2263 5.1 %RANDOM
Rwork0.21129 ---
obs0.21369 42413 91.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.206 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å21.8 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5673 0 105 192 5970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3752.0267952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9315692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02423.7273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.106151116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4911553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5431.53466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03925649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81632412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.14.52302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 171 -
Rwork0.241 2983 -
obs--88.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05720.432-0.61411.1032-0.46620.83250.179-0.27960.04160.2078-0.1451-0.0677-0.09580.4247-0.03390.0959-0.05220.00710.2449-0.05180.092263.462157.66815.9802
20.63630.4262-0.28360.50240.03551.24860.01010.02580.05780.06980.0370.0730.0967-0.07-0.04710.14990.0310.01010.01950.01360.1332.785633.117416.9918
33.41-0.4033-1.65140.6115-0.34372.90490.01390.09010.1526-0.0130.03290.0443-0.03680.0323-0.04680.0255-0.039-0.00360.2132-0.02840.032546.599153.819652.2822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 232
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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