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万見
- PDB-2y5c: Structure of human ferredoxin 2 (Fdx2)in complex with 2Fe2S cluster -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y5c
タイトルStructure of human ferredoxin 2 (Fdx2)in complex with 2Fe2S cluster
要素ADRENODOXIN-LIKE PROTEIN, MITOCHONDRIAL
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR CLUSTER BIOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Defective CYP11A1 causes AICSR / [4Fe-4S] cluster assembly / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / P450-containing electron transport chain / Pregnenolone biosynthesis / iron-sulfur cluster assembly complex / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / Endogenous sterols ...Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Defective CYP11A1 causes AICSR / [4Fe-4S] cluster assembly / Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / P450-containing electron transport chain / Pregnenolone biosynthesis / iron-sulfur cluster assembly complex / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / Endogenous sterols / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Webert, H. / Hobler, A. / Sheftel, A.D. / Molik, S. / Maestre-Reyna, M. / Essen, L.-O. / Vorniscescu, D. / Keusgen, M. / Hannemann, F. / Bernhardt, R. / Lill, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure and Functional Studies on Human Mitochondrial Ferredoxins
著者: Webert, H. / Hobler, A. / Sheftel, A.D. / Molik, S. / Maestre-Reyna, M. / Essen, L.-O. / Vorniscescu, D. / Keusgen, M. / Hannemann, F. / Bernhardt, R. / Lill, R.
履歴
登録2011年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADRENODOXIN-LIKE PROTEIN, MITOCHONDRIAL
B: ADRENODOXIN-LIKE PROTEIN, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4436
ポリマ－23,8992
非ポリマー5444
水3,981221
1
A: ADRENODOXIN-LIKE PROTEIN, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2213
ポリマ－11,9491
非ポリマー2722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADRENODOXIN-LIKE PROTEIN, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2213
ポリマ－11,9491
非ポリマー2722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.380, 35.450, 75.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ADRENODOXIN-LIKE PROTEIN, MITOCHONDRIAL / FERREDOXIN-1-LIKE PROTEIN / HUMAN FERREDOXIN 2


分子量: 11949.489 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 66-171 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HOLOFORM WITH 2FE2S CLUSTER / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PASKIBA43PLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P4F2
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細UNIPROT RESIDUES 1-52 ARE A MITOCHONDRIAL TRANSIT PEPTIDE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.6 M SODIUM CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.319
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.6 Å / Num. obs: 27945 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 17.958 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→49.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.978 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20051 765 2.7 %RANDOM
Rwork0.17281 ---
obs0.17356 27945 97.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20.73 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1623 0 18 221 1862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211685
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.9972298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9143.0062702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4255216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91524.68479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.44515271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.0331514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.51082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2131.5430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28921754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2333603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6864.5540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 51 -
Rwork0.207 2016 -
obs--96.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61490.3669-1.66511.168-0.42544.2285-0.1148-0.0047-0.1382-0.07080.0139-0.09850.1610.05820.10090.03140.01420.00330.0136-0.00540.0212-9.6764-0.449848.6389
22.0652-0.1977-1.00961.58710.81352.42920.014-0.07240.0967-0.053-0.00850.041-0.1082-0.0033-0.00550.0140.0027-0.02020.0262-0.00140.0472-6.078613.770673.0926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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