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万見
- PDB-2xxt: Crystal structure of the GluK2 (GluR6) wild-type LBD dimer in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xxt
タイトルCrystal structure of the GluK2 (GluR6) wild-type LBD dimer in complex with kainate
要素GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of JNK cascade / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / kainate selective glutamate receptor activity / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / ionotropic glutamate receptor complex / behavioral fear response / positive regulation of synaptic transmission / neuronal action potential / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / dendrite cytoplasm / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / SNARE binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / glutamatergic synapse / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / Glutamate receptor ionotropic, kainate 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.
引用ジャーナル: J.Neurosci. / 年: 2011
タイトル: Conformational Flexibility of the Ligand-Binding Domain Dimer in Kainate Receptor Gating and Desensitization
著者: Nayeem, N. / Mayans, O. / Green, T.
履歴
登録2010年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
B: GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7607
ポリマ－59,2522
非ポリマー5085
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area22490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.285, 105.915, 113.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2 / GLUTAMATE RECEPTOR 6 / GLUR-6 / GLUR6


分子量: 29625.943 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN, RESIDUES 429-544,667-806 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GLY-THR LINKER / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42260
#2: 化合物 ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸


分子量: 213.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO4 / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS FUSION OF TWO SEQUENCE RANGES JOINED BY ARTIFICIAL 2 RESIDUE LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 23% PEG 4000, 9% PROPAN-2-OL, 80MM SODIUM ACETATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.7 Å / Num. obs: 44830 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XXR

2xxr


解像度: 1.9→19.724 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 2242 5 %
Rwork0.1722 --
obs0.1741 44830 96.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.765 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6412 Å20 Å20 Å2
2---4.2127 Å20 Å2
3----0.4285 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 0 33 417 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0565500
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8031514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94130.26431400.23142671X-RAY DIFFRACTION99
1.9413-1.98640.24371430.20782700X-RAY DIFFRACTION99
1.9864-2.0360.23171410.18462696X-RAY DIFFRACTION99
2.036-2.0910.21911420.17682690X-RAY DIFFRACTION99
2.091-2.15250.20421400.16952663X-RAY DIFFRACTION98
2.1525-2.22190.22411410.1622684X-RAY DIFFRACTION98
2.2219-2.30120.21171410.17482678X-RAY DIFFRACTION98
2.3012-2.39310.22271400.16322653X-RAY DIFFRACTION97
2.3931-2.50190.19121400.1652660X-RAY DIFFRACTION97
2.5019-2.63350.20981400.16112649X-RAY DIFFRACTION97
2.6335-2.7980.2031390.17512647X-RAY DIFFRACTION96
2.798-3.01340.21141390.18482644X-RAY DIFFRACTION96
3.0134-3.31530.22971380.17562625X-RAY DIFFRACTION95
3.3153-3.79210.19791380.17012626X-RAY DIFFRACTION94
3.7921-4.76650.16391390.13542631X-RAY DIFFRACTION94
4.7665-19.72490.20451410.16152671X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6031-1.21640.66091.5391-0.16531.4976-0.218-0.08450.2272-0.04660.07160.0248-0.3696-0.28280.11310.17860.0452-0.0310.19270.01560.21136.7708-25.0967-14.0605
20.6692-0.29980.75991.4174-0.31551.46870.02270.0344-0.08470.17570.0390.0301-0.0181-0.1095-0.04670.15580.01340.0080.15240.01990.148519.1878-38.921-5.9328
32.9441-0.12540.48981.12280.07952.4621-0.0002-0.2420.37320.3266-0.0369-0.1419-0.1549-0.03610.04270.1813-0.0186-0.00960.148-0.00340.14930.0109-33.6651-1.5693
41.0318-1.0902-0.46791.65920.15071.73960.08660.1264-0.0718-0.1902-0.16510.06130.15260.08410.0620.10640.0042-0.03740.11790.00750.115813.1321-35.3695-22.2541
50.6966-1.15630.25735.76040.98852.89020.14970.2182-0.1044-0.066-0.48250.30380.0096-0.10710.32960.1275-0.018-0.01240.2444-0.02360.165220.2292-35.0119-5.7383
61.18-1.6817-0.34582.68660.47080.5297-0.19920.0147-0.11740.14920.1455-0.1860.26940.06380.03850.1523-0.0332-0.00920.0739-0.02280.150529.5185-63.3912-26.428
71.00290.0384-0.15920.8469-0.25841.0768-0.05010.15740.0295-0.30120.04280.1754-0.0647-0.22520.0090.2022-0.0131-0.04850.1888-0.0160.131622.3792-46.5658-35.2142
82.75550.8691-1.41012.5711-0.01472.6785-0.00430.3292-0.1005-0.3937-0.0085-0.1903-0.3189-0.10060.01260.23430.00130.00460.181-0.00270.127231.7555-39.4963-40.5163
91.3692-0.8581-0.262.19430.48270.8694-0.0742-0.2021-0.04310.23210.06810.0690.012-0.07550.01250.15660.0038-0.00670.16770.00730.129723.9329-52.6657-18.6887
102.28621.0112.98070.57451.51594.4299-0.2261-0.3393-0.1456-0.2308-0.06620.106-0.3579-0.47690.22790.2715-0.05310.02710.2227-0.04080.16226.2283-47.347-35.6767
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 429:483)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 484:677)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 678:762)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 763:805)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 900)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 429:483)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 484:677)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 678:762)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 763:805)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 900)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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