PDB-2xvt: Structure of the extracellular domain of human RAMP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xvt

タイトル

Structure of the extracellular domain of human RAMP2

要素

RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSMEMBRANE / RECEPTOR TRANSPORT / PROTEIN-TRAFFICKING / GPCR / CRLR / CGRP / ADRENOMEDULIN

機能・相同性

機能・相同性情報

vascular associated smooth muscle cell development / adrenomedullin binding / basement membrane assembly / adrenomedullin receptor activity / adrenomedullin receptor complex / adrenomedullin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / positive regulation of vasculogenesis / bicellular tight junction assembly / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Quigley, A. / Pike, A.C.W. / Burgess-Brown, N. / Krojer, T. / Shrestha, L. / Goubin, S. / Kim, J. / Das, S. / Muniz, J.R.C. / Canning, P. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Extracellular Domain of Human Ramp2
著者: Quigley, A. / Pike, A.C.W. / Burgess-Brown, N. / Krojer, T. / Shrestha, L. / Goubin, S. / Kim, J. / Das, S. / Muniz, J.R.C. / Canning, P. / Chaikuad, A. / Vollmar, M. / von Delft, F. / ...

履歴

登録	2010年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Data collection
改定 1.2	2014年12月10日	Group: Data collection / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xvt.cif.gz	209.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xvt.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xvt_validation.pdf.gz	468 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xvt_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	2xvt_validation.xml.gz	19.6 KB	表示
CIF形式データ	2xvt_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3aqe-8 4hzm-2 1iu1-d 3aqe-7 1tl2-d 4a9m-1 3ay8-d 4od5-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

B: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

C: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

D: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

E: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

F: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

ヘテロ分子

65.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

E: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

F: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

B: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

C: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

C: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

D: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

E: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

F: RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.759, 90.984, 92.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	61 - 69
2	1	1	2	B	61 - 69
3	1	1	2	C	61 - 69
4	1	1	2	D	61 - 69
5	1	1	2	E	61 - 69
6	1	1	2	F	61 - 69
1	1	2	5	A	70 - 71
2	1	2	5	B	70 - 71
3	1	2	5	C	70 - 71
4	1	2	5	D	70 - 71
5	1	2	5	E	70 - 71
6	1	2	5	F	70 - 71
1	1	3	2	A	72 - 76
2	1	3	2	B	72 - 76
3	1	3	2	C	72 - 76
4	1	3	2	D	72 - 76
5	1	3	2	E	72 - 76
6	1	3	2	F	72 - 76
1	1	4	6	A	77 - 80
2	1	4	6	B	77 - 80
3	1	4	6	C	77 - 80
4	1	4	6	D	77 - 80
5	1	4	6	E	77 - 80
6	1	4	6	F	77 - 80
1	1	5	2	A	81 - 87
2	1	5	2	B	81 - 87
3	1	5	2	C	81 - 87
4	1	5	2	D	81 - 87
5	1	5	2	E	81 - 87
6	1	5	2	F	81 - 87
1	1	6	4	A	105 - 110
2	1	6	4	B	105 - 110
3	1	6	4	C	105 - 110
4	1	6	4	D	105 - 110
5	1	6	4	E	105 - 110
6	1	6	4	F	105 - 110
1	1	7	2	A	111 - 117
2	1	7	2	B	111 - 117
3	1	7	2	C	111 - 117
4	1	7	2	D	111 - 117
5	1	7	2	E	111 - 117
6	1	7	2	F	111 - 117
1	1	8	3	A	119 - 128
2	1	8	3	B	119 - 128
3	1	8	3	C	119 - 128
4	1	8	3	D	119 - 128
5	1	8	3	E	119 - 128
6	1	8	3	F	119 - 128
1	1	9	6	A	129 - 132
2	1	9	6	B	129 - 132
3	1	9	6	C	129 - 132
4	1	9	6	D	129 - 132
5	1	9	6	E	129 - 132
6	1	9	6	F	129 - 132
1	1	10	3	A	88 - 95
2	1	10	3	B	88 - 95
3	1	10	3	C	88 - 95
4	1	10	3	D	88 - 95
5	1	10	3	E	88 - 95
6	1	10	3	F	88 - 95
1	1	11	3	A	96 - 104
2	1	11	3	B	96 - 104
3	1	11	3	C	96 - 104
4	1	11	3	D	96 - 104
5	1	11	3	E	96 - 104
6	1	11	3	F	96 - 104

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.47561, 0.73733, -0.47972), (-0.85187, -0.25008, 0.4602), (0.21935, 0.62753, 0.74705)	76.90105, 73.44485, -24.33546
2	given	(-0.492, -0.852, 0.177), (0.715, -0.28, 0.641), (-0.497, 0.442, 0.747)	106.11459, -21.31891, 22.70615
3	given	(0.482, -0.732, 0.481), (-0.85, -0.257, 0.46), (-0.213, -0.631, -0.746)	16.38894, 73.23527, 70.09725
4	given	(-1, 0.008, 0.018), (0.008, 1, -0.01), (-0.019, -0.01, -1)	93.41971, -0.67687, 47.44164
5	given	(0.485, 0.856, -0.179), (0.732, -0.285, 0.619), (0.479, -0.432, -0.764)	-11.76748, -22.21119, 24.33679

#1: タンパク質	RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2 / CALCITONIN-RECEPTOR-LIKE RECEPTOR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2 / CRLR ACTIVITY-MODIFYING PROTEIN 2 / RAMP2 分子量: 10873.156 Da / 分子数: 6 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 48-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: O60895
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.87 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.1M CALCIUM CHLORIDE, 26% PEG MONOMETHYLETHER 350, 0.1M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I02	1	0.9795
シンクロトロン	Diamond	I04	2		0.9803, 0.9806, 0.9763

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC CCD	1	CCD	2010年8月11日	NULL: NULL
ADSC CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9803	1
3	0.9806	1
4	0.9763	1

反射

解像度: 2.05→50.13 Å / Num. obs: 32252 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.244 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→64.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 10.876 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24636	1627	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1969	-	-	-
obs	0.19944	30525	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.316 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→64.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3924	0	3	228	4155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	4092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.559	1.906	5579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.477	3.007	6551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.21	5	463
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.658	24.103	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.007	15	629
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.59	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.162	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.183	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.145	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.365	3	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.844	3	912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.332	5	3831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.463	8	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.767	11	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight position: 10

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	54	tight positional	0.09
1	2	B	54	tight positional	0.09
1	3	C	54	tight positional	0.1
1	4	D	54	tight positional	0.09
1	5	E	54	tight positional	0.08
1	6	F	54	tight positional	0.08
3	1	A	30	tight positional	0.16
3	2	B	30	tight positional	0.07
3	3	C	30	tight positional	0.09
3	4	D	30	tight positional	0.11
3	5	E	30	tight positional	0.09
3	6	F	30	tight positional	0.12
5	1	A	42	tight positional	0.09
5	2	B	42	tight positional	0.09
5	3	C	42	tight positional	0.13
5	4	D	42	tight positional	0.11
5	5	E	42	tight positional	0.12
5	6	F	42	tight positional	0.09
7	1	A	40	tight positional	0.09
7	2	B	40	tight positional	0.09
7	3	C	40	tight positional	0.09
7	4	D	40	tight positional	0.06
7	5	E	40	tight positional	0.07
7	6	F	40	tight positional	0.1
8	1	A	60	tight positional	0.09
8	2	B	60	tight positional	0.09
8	3	C	60	tight positional	0.13
8	4	D	60	tight positional	0.14
8	5	E	60	tight positional	0.1
8	6	F	60	tight positional	0.11
10	1	A	47	tight positional	0.11
10	2	B	47	tight positional	0.12
10	3	C	47	tight positional	0.14
10	4	D	47	tight positional	0.12
10	5	E	47	tight positional	0.12
10	6	F	47	tight positional	0.19
11	1	A	54	tight positional	0.08
11	2	B	54	tight positional	0.08
11	3	C	54	tight positional	0.08
11	4	D	54	tight positional	0.14
11	5	E	54	tight positional	0.09
11	6	F	54	tight positional	0.09
1	1	A	78	medium positional	0.19
1	2	B	78	medium positional	0.18
1	3	C	78	medium positional	0.21
1	4	D	78	medium positional	0.25
1	5	E	78	medium positional	0.18
1	6	F	78	medium positional	0.18
2	1	A	12	medium positional	0.54
2	2	B	12	medium positional	0.29
2	3	C	12	medium positional	0.31
2	4	D	12	medium positional	0.25
2	5	E	12	medium positional	0.58
2	6	F	12	medium positional	0.33
3	1	A	41	medium positional	0.28
3	2	B	41	medium positional	0.18
3	3	C	41	medium positional	0.17
3	4	D	41	medium positional	0.15
3	5	E	41	medium positional	0.19
3	6	F	41	medium positional	0.18
5	1	A	58	medium positional	0.22
5	2	B	58	medium positional	0.19
5	3	C	58	medium positional	0.23
5	4	D	58	medium positional	0.19
5	5	E	58	medium positional	0.2
5	6	F	58	medium positional	0.19
6	1	A	75	medium positional	0.26
6	2	B	75	medium positional	0.17
6	3	C	75	medium positional	0.18
6	4	D	75	medium positional	0.24
6	5	E	75	medium positional	0.22
6	6	F	75	medium positional	0.2
7	1	A	55	medium positional	0.14
7	2	B	55	medium positional	0.13
7	3	C	55	medium positional	0.15
7	4	D	55	medium positional	0.16
7	5	E	55	medium positional	0.15
7	6	F	55	medium positional	0.23
2	1	A	16	loose positional	1.31
2	2	B	16	loose positional	0.62
2	3	C	16	loose positional	0.63
2	4	D	16	loose positional	0.66
2	5	E	16	loose positional	1.22
2	6	F	16	loose positional	0.64
4	1	A	54	loose positional	0.26
4	2	B	54	loose positional	0.23
4	3	C	54	loose positional	0.46
4	4	D	54	loose positional	0.25
4	5	E	54	loose positional	0.27
4	6	F	54	loose positional	0.39
8	1	A	91	loose positional	0.38
8	2	B	91	loose positional	0.45
8	3	C	91	loose positional	0.56
8	4	D	91	loose positional	0.44
8	5	E	91	loose positional	0.42
8	6	F	91	loose positional	0.55
9	1	A	40	loose positional	0.5
9	2	B	40	loose positional	0.23
9	3	C	40	loose positional	0.25
9	4	D	40	loose positional	0.25
9	5	E	40	loose positional	0.55
9	6	F	40	loose positional	0.26
10	1	A	61	loose positional	0.63
10	2	B	61	loose positional	0.73
10	3	C	61	loose positional	0.64
10	4	D	61	loose positional	0.68
10	5	E	61	loose positional	0.6
10	6	F	61	loose positional	0.81
11	1	A	77	loose positional	0.14
11	2	B	77	loose positional	0.21
11	3	C	77	loose positional	0.17
11	4	D	77	loose positional	0.23
11	5	E	77	loose positional	0.15
11	6	F	77	loose positional	0.19
1	1	A	54	tight thermal	1.87
1	2	B	54	tight thermal	1.57
1	3	C	54	tight thermal	1.64
1	4	D	54	tight thermal	1.59
1	5	E	54	tight thermal	1.38
1	6	F	54	tight thermal	1.41
3	1	A	30	tight thermal	3.54
3	2	B	30	tight thermal	1.77
3	3	C	30	tight thermal	2.89
3	4	D	30	tight thermal	2.03
3	5	E	30	tight thermal	3.18
3	6	F	30	tight thermal	2.71
5	1	A	42	tight thermal	1.67
5	2	B	42	tight thermal	1.65
5	3	C	42	tight thermal	1.81
5	4	D	42	tight thermal	1.18
5	5	E	42	tight thermal	1.27
5	6	F	42	tight thermal	1.54
7	1	A	40	tight thermal	1.46
7	2	B	40	tight thermal	1.8
7	3	C	40	tight thermal	1.63
7	4	D	40	tight thermal	1.54
7	5	E	40	tight thermal	1.24
7	6	F	40	tight thermal	1.4
8	1	A	60	tight thermal	1.93
8	2	B	60	tight thermal	1.24
8	3	C	60	tight thermal	1.8
8	4	D	60	tight thermal	2.03
8	5	E	60	tight thermal	1.81
8	6	F	60	tight thermal	1.28
10	1	A	47	tight thermal	1.62
10	2	B	47	tight thermal	1.8
10	3	C	47	tight thermal	1.53
10	4	D	47	tight thermal	1.63
10	5	E	47	tight thermal	1.41
10	6	F	47	tight thermal	2.22
11	1	A	54	tight thermal	1.49
11	2	B	54	tight thermal	1.29
11	3	C	54	tight thermal	1.46
11	4	D	54	tight thermal	1.67
11	5	E	54	tight thermal	1.56
11	6	F	54	tight thermal	1.34
1	1	A	78	medium thermal	3.16
1	2	B	78	medium thermal	3.77
1	3	C	78	medium thermal	3.69
1	4	D	78	medium thermal	3.1
1	5	E	78	medium thermal	3.2
1	6	F	78	medium thermal	2.71
2	1	A	12	medium thermal	4
2	2	B	12	medium thermal	1.55
2	3	C	12	medium thermal	1.67
2	4	D	12	medium thermal	3.09
2	5	E	12	medium thermal	2.57
2	6	F	12	medium thermal	2.04
3	1	A	41	medium thermal	4.42
3	2	B	41	medium thermal	1.99
3	3	C	41	medium thermal	3.41
3	4	D	41	medium thermal	2.97
3	5	E	41	medium thermal	4.19
3	6	F	41	medium thermal	3.23
5	1	A	58	medium thermal	2.15
5	2	B	58	medium thermal	2.18
5	3	C	58	medium thermal	2.29
5	4	D	58	medium thermal	2.01
5	5	E	58	medium thermal	2.8
5	6	F	58	medium thermal	2.45
6	1	A	75	medium thermal	2.36
6	2	B	75	medium thermal	2.55
6	3	C	75	medium thermal	2.5
6	4	D	75	medium thermal	2.72
6	5	E	75	medium thermal	3.43
6	6	F	75	medium thermal	2.87
7	1	A	55	medium thermal	1.83
7	2	B	55	medium thermal	1.7
7	3	C	55	medium thermal	1.79
7	4	D	55	medium thermal	1.86
7	5	E	55	medium thermal	1.02
7	6	F	55	medium thermal	1.46
2	1	A	16	loose thermal	4.23
2	2	B	16	loose thermal	5.98
2	3	C	16	loose thermal	2.44
2	4	D	16	loose thermal	4.21
2	5	E	16	loose thermal	4.31
2	6	F	16	loose thermal	4.04
4	1	A	54	loose thermal	2.4
4	2	B	54	loose thermal	3.09
4	3	C	54	loose thermal	3.1
4	4	D	54	loose thermal	2.77
4	5	E	54	loose thermal	3.04
4	6	F	54	loose thermal	3.03
8	1	A	91	loose thermal	2.3
8	2	B	91	loose thermal	2.55
8	3	C	91	loose thermal	2.02
8	4	D	91	loose thermal	2.63
8	5	E	91	loose thermal	2.19
8	6	F	91	loose thermal	2.33
9	1	A	40	loose thermal	3.87
9	2	B	40	loose thermal	2.21
9	3	C	40	loose thermal	3.21
9	4	D	40	loose thermal	1.85
9	5	E	40	loose thermal	4.26
9	6	F	40	loose thermal	3.24
10	1	A	61	loose thermal	2.53
10	2	B	61	loose thermal	4.44
10	3	C	61	loose thermal	4.7
10	4	D	61	loose thermal	4.29
10	5	E	61	loose thermal	2.58
10	6	F	61	loose thermal	2.99
11	1	A	77	loose thermal	2.11
11	2	B	77	loose thermal	2.18
11	3	C	77	loose thermal	2.09
11	4	D	77	loose thermal	2.62
11	5	E	77	loose thermal	2.36
11	6	F	77	loose thermal	2.25

LS精密化シェル

解像度: 2.049→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	127	-
R_work	0.322	2192	-
obs	-	-	98.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2629	0.295	0.2789	10.7463	-1.648	3.7402	-0.0301	-0.1603	-0.2865	0.1087	0.0257	-0.7255	0.0072	0.2331	0.0044	0.004	-0.0113	-0.0113	0.1628	0.0214	0.104	72.1425	21.7973	13.6465
2	5.1786	-0.7365	2.5869	1.3971	-0.9578	5.9878	-0.0366	-0.0946	-0.2053	-0.0163	0.0385	-0.036	0.1627	-0.092	-0.0019	0.0703	-0.0441	0.0121	0.1027	0.031	0.0739	51.7847	13.0897	15.1465
3	5.2973	1.1941	-1.4856	2.8738	-0.8236	2.703	0.143	0.0009	0.3892	0.0447	0.0142	0.2455	-0.2321	-0.1224	-0.1572	0.0948	0.0236	-0.002	0.1027	0.0121	0.0475	55.0475	33.0384	6.5274
4	5.7244	0.1651	2.3636	1.396	0.3435	4.8104	-0.0588	0.2062	-0.2112	0.0011	0.0605	0.0738	0.1693	-0.0005	-0.0017	0.0847	0.0326	0.0201	0.0929	-0.018	0.0585	42.0061	12.5654	30.8212
5	3.5622	-1.0252	-0.1991	11.3243	2.2265	3.3861	-0.072	0.1178	-0.3269	-0.0657	0.0166	0.9268	-0.0102	-0.2454	0.0554	0.0054	0.0144	-0.0084	0.199	-0.0126	0.1301	21.6256	21.6706	32.1642
6	5.8905	-1.3334	-3.173	3.0934	0.9091	3.7745	0.1652	-0.0353	0.5002	-0.0101	0.0383	-0.3079	-0.2038	0.055	-0.2035	0.101	-0.0133	-0.0173	0.062	-0.0128	0.0865	38.7508	32.9936	39.2865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	58 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	58 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	58 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	57 - 135
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	58 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	58 - 136

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)