PDB-2xv9: The solution structure of ABA-1A saturated with oleic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xv9

タイトル

The solution structure of ABA-1A saturated with oleic acid

要素

ABA-1A1 REPEAT UNIT

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / FATTY ACID BINDING / RETINOL BINDING / ALLERGEN

機能・相同性

Nematode polyprotein allergen ABA-1 / Polyprotein allergen, nematode / DVA-1 superfamily / Nematode polyprotein allergen ABA-1 / Death Domain, Fas / retinol binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Polyprotein ABA-1

機能・相同性情報

生物種

ASCARIS SUUM (かいちゅう)

手法

溶液NMR / DEFAULT

データ登録者

Smith, B.O. / Kennedy, M.W. / Cooper, A. / Meenan, N.A.G. / Bromek, K.

引用

ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2011
タイトル: Solution structure of a repeated unit of the ABA-1 nematode polyprotein allergen of Ascaris reveals a novel fold and two discrete lipid-binding sites.
著者: Meenan, N.A. / Ball, G. / Bromek, K. / Uhrin, D. / Cooper, A. / Kennedy, M.W. / Smith, B.O.

履歴

登録	2010年10月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Data collection / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xv9.cif.gz	912.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xv9.ent.gz	777.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mhf-d 1m47-d 5vbo-d 5wa5-d 4ioo-d 5bt4-3 4qr3-d 4ojr-d 6fw4-d 1s62-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6333

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABA-1A1 REPEAT UNIT

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	EXPERIMENTALLY DERIVED RESTRAINT ENERGY
代表モデル	モデル #11

#1: タンパク質	ABA-1A1 REPEAT UNIT 分子量: 15192.242 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 534-662 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ASCARIS SUUM (かいちゅう) / プラスミド: PGEX LAMBDA1T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06811
Has protein modification	Y
配列の詳細	INCLUDES CLONING ARTEFACTS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N NOESY-HSQC
1	2	1	13C HSQC
1	3	1	15N HSQC
1	4	1	3D 13C NOESY-HSQC
1	5	1	(H)CCH-TOCSY
1	6	1	C(CO)NH
1	7	1	HN(CA)CB
1	8	1	(H)CC(CO)NH

NMR実験の詳細

Text: STRUCTURES CREATED BY ARIA2, FROM DATA RECORDED USING 15N AND 15N,13C LABELLED ABA-1A.

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 308.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA2.3/CNS		NILGES M, BRUNGER AT	精密化
DANGLE	1.1		構造決定
CcpNmr Analysis	2.1		構造決定
CNS	1.21		構造決定
ARIA	2.3		構造決定
ANSIG			構造決定
PALES	1		構造決定

精密化

手法: DEFAULT / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: EXPERIMENTALLY DERIVED RESTRAINT ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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