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- PDB-2xut: Crystal structure of a proton dependent oligopeptide (POT) family... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xut
タイトルCrystal structure of a proton dependent oligopeptide (POT) family transporter.
要素PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY TRANSPORTER / PROTON COUPLED PEPTIDE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione uptake transporter
類似検索 - 構成要素
生物種SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Newstead, S. / Drew, D. / Cameron, A.D. / Postis, V.L. / Xia, X. / Fowler, P.W. / Ingram, J.C. / Carpenter, E.P. / Sansom, M.S.P. / McPherson, M.J. ...Newstead, S. / Drew, D. / Cameron, A.D. / Postis, V.L. / Xia, X. / Fowler, P.W. / Ingram, J.C. / Carpenter, E.P. / Sansom, M.S.P. / McPherson, M.J. / Baldwin, S.A. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of a Prokaryotic Homologue of the Mammalian Oligopeptide-Proton Symporters, Pept1 and Pept2.
著者: Newstead, S. / Drew, D. / Cameron, A.D. / Postis, V.L. / Xia, X. / Fowler, P.W. / Ingram, J.C. / Carpenter, E.P. / Sansom, M.S.P. / McPherson, M.J. / Baldwin, S.A. / Iwata, S.
履歴
登録2010年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN
B: PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN
C: PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,0543
ポリマ－173,0543
非ポリマー00
水00
1
A: PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6851
ポリマ－57,6851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6851
ポリマ－57,6851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6851
ポリマ－57,6851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.400, 159.400, 152.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.993131, -0.116976, -0.002302), (0.116992, 0.993092, 0.008936), (0.001239, -0.009144, 0.999958)-84.41685, 56.03742, -4.31474
2given(-0.984452, -0.174221, 0.022573), (-0.174583, 0.984525, -0.015228), (-0.01957, -0.018931, -0.999627)7.64841, 107.60533, 107.92352

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要素

#1: タンパク質 PROTON/PEPTIDE SYMPORTER FAMILY PROTEIN


分子量: 57684.824 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SHEWANELLA ONEIDENSIS (バクテリア)
株: MR-1 / プラスミド: PWALDO-GFPE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q8EKT7
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 2 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 3 TO SER ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 2 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 3 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 2 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 3 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 2 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 3 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
解説: REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING ANISOTROPIC TRUNCATION OF THE OBSERVED STRUCTURE FACTORS TO 4.3 A ALONG THE A AND B AXES, AND 3.6 ALONG C
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES PH 6.50 AND 0.1M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.62→35.5 Å / Num. obs: 47021 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 105.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.62→35.47 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE MODEL WAS BUILT AND REFINED USING DATA WITH ANISOTROPIC TRUNCATION OF THE OBSERVED STRUCTURE A AND B AXES, WHILST KEEPING THE C AXIS AT 3.6A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2963 1688 5.84 %RANDOM
Rwork0.2765 ---
obs0.2776 28894 --
原子変位パラメータBiso mean: 252.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0218 Å20 Å20 Å2
2--5.0218 Å20 Å2
3----10.0437 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.877 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.62→35.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10533 0 0 0 10533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00910812HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1214679HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3495SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1596HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10812HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1404SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12461SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.62→3.76 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4045 17 9.88 %
Rwork0.358 155 -
all0.3617 172 -
精密化 TLS

L33: 16.6309 °2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.71073.01122.695412.50236.9731-0.45581.02180.9576-0.0101-0.3293-0.4786-0.8395-0.72290.78520.8303-0.08120.0030.22210.1687-0.448674.732264.507651.1538
29.09926.31552.130615.13187.9514-0.43940.58141.2240.01140.05540.057-1.28060.04120.38410.8566-0.12670.22740.30090.1845-0.4598-2.7194110.943247.2975
37.1683-4.33955.661914.7743-3.4524-0.1848-0.59510.96290.3871-0.38330.5092-1.43030.43110.56810.8696-0.15110.14460.3462-0.1545-0.1818-78.1858157.157257.5123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN B)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN C)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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