PDB-2xtr: Structure of the P176A Colicin M mutant from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xtr

タイトル

Structure of the P176A Colicin M mutant from E. coli

要素

COLICIN-M

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / CMA / BACTERICIN

機能・相同性

機能・相同性情報

killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Helbig, S. / Patzer, S.I. / Braun, V. / Zeth, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Activation of Colicin M by the Fkpa Prolyl Cis- Trans Isomerase/Chaperone.
著者: Helbig, S. / Patzer, S.I. / Schiene-Fischer, C. / Zeth, K. / Braun, V.

履歴

登録	2010年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xtr.cif.gz	216.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xtr.ent.gz	175.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xtr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xtr_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xtr_full_validation.pdf.gz	455 KB	表示
XML形式データ	2xtr_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	2xtr_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/2xtr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xmxSC 2xtqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xtq-7 2xmx-1 2xtq-6 2xtq-4 3da3-2 4cs3-d 2xmx-2 6abm-d 6aao-d 2xtq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: COLICIN-M

B: COLICIN-M

ヘテロ分子

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: COLICIN-M

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: COLICIN-M

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.832, 114.772, 225.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 265 / Label seq-ID: 2 - 265

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	COLICIN-M 分子量: 29486.479 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05820
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 176 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, PRO 176 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG3350 0.2 M NANO3, PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→47 Å / Num. obs: 36063 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.14→2.19 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XMX

2xmx

解像度: 2.14→46.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 11.893 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24104	1898	5 %	RANDOM
R_work	0.18804	-	-	-
obs	0.19069	36063	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→46.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4134	0	4	232	4370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.027	1.95	5768
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.137	24.302	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.353	15	675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.206	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.069	1.5	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.929	2	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.398	3	1556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.261	4.5	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2011 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.34	0.5
2	B	medium positional	0.34	0.5
1	A	medium thermal	1.33	2
2	B	medium thermal	1.33	2

LS精密化シェル

解像度: 2.141→2.196 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	123	-
R_work	0.266	2343	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6001	-0.1501	-0.1844	2.1974	0.7654	0.4459	0.1454	0.1426	-0.0161	-0.1078	-0.0619	-0.262	0.0838	0.0085	-0.0835	0.1115	0.0277	0.0141	0.0502	0.0136	0.0333	31.0407	12.5186	5.8407
2	0.591	-0.2651	0.1362	0.4754	-0.2004	0.5038	0.0142	-0.0352	0.1084	-0.0381	-0.043	-0.1133	0.0325	-0.0187	0.0288	0.0424	0.011	0.0181	0.0546	0.0047	0.0724	31.3323	16.529	14.9814
3	2.4496	-2.2076	0.0716	3.151	0.0207	1.9611	-0.0135	-0.1103	-0.1836	-0.0098	0.0212	0.017	0.0561	0.13	-0.0077	0.0376	-0.0151	0.0249	0.0378	0.0074	0.0737	20.1509	6.0822	12.8912
4	0.6672	-0.4845	-0.1031	0.8943	0.0626	0.0175	-0.0327	-0.0481	-0.0009	0.0536	0.0405	-0.0176	0.0106	0.0108	-0.0079	0.0625	0.0148	-0.0055	0.0639	0.0115	0.0482	14.8674	22.1574	16.989
5	0.8596	-1.0223	-0.8603	1.6311	1.1703	0.9256	0.0059	0.019	-0.0281	0.0886	-0.0167	-0.0498	0.0536	-0.0346	0.0107	0.0709	0.0075	-0.0102	0.081	-0.002	0.0367	7.8136	37.843	29.3332
6	0.6789	-0.7523	-0.5482	1.2742	1.049	1.3919	-0.0337	0.0209	0.0787	-0.0548	-0.0209	0.0504	0.0573	-0.0264	0.0546	0.0678	0.0108	-0.0174	0.0145	0.0208	0.074	12.5213	27.4821	15.7225
7	0.1907	0.164	-0.1651	0.3112	0.0596	2.1179	0.0272	0.11	0.0087	-0.0331	0.0603	0.0465	0.0297	-0.168	-0.0874	0.0385	0.0185	-0.0237	0.0759	0.0037	0.0384	-8.9612	-1.6157	10.5988
8	0.2504	0.003	0.0714	0.1312	-0.1775	0.3648	-0.0137	-0.0133	0.0497	-0.0027	0.059	0.0389	0.0379	0.0012	-0.0453	0.0469	0.0134	-0.0115	0.1	0.0095	0.039	-9.0066	0.6458	20.2031
9	2.9354	-0.2892	0.0185	2.3645	-0.5939	0.1959	-0.1474	0.2435	0.1727	0.1027	0.0854	0.0484	-0.0886	0.0351	0.062	0.1211	-0.065	-0.0905	0.1325	0.041	0.0784	1.0866	8.1321	12.4717
10	0.4917	0.0353	0.7716	0.0479	0.046	1.6679	0.0384	-0.0597	-0.0622	-0.0206	-0.0062	0.023	0.0498	-0.0388	-0.0322	0.0551	0.0062	-0.0024	0.068	0.0116	0.0459	11.9683	-4.1737	34.0501
11	0.5979	-0.0333	0.8996	0.1137	-0.0356	1.3628	0.0468	-0.0069	-0.0683	-0.0211	0.0376	0.0094	0.0613	0.0078	-0.0844	0.0441	0.0148	-0.0079	0.0705	0.0131	0.0475	10.7253	-7.7713	31.0751
12	2.2754	0.07	-2.9967	1.3811	-5.4816	25.0151	-0.0536	-0.1333	0.0906	-0.0926	0.183	0.0069	0.4058	-0.5605	-0.1294	0.0667	-0.0057	-0.0299	0.0653	0.0012	0.0207	13.7043	0.2848	45.5433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 104
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	122 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	161 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	219 - 271
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 29
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	30 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	104 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	122 - 179
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	180 - 259
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	260 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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