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- PDB-2xsl: The crystal structure of a Thermus thermophilus tRNAGly acceptor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xsl
タイトルThe crystal structure of a Thermus thermophilus tRNAGly acceptor stem microhelix at 1.6 Angstroem resolution
要素
  • 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*GP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*G)-3'
キーワードRNA / IDENTITY ELEMENTS / GLYCYL-TRNA SYNTHETASE (GLYRS) / RNA HYDRATION
機能・相同性: / RNA
機能・相同性情報
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Oberthuer, D. / Eichert, A. / Erdmann, V.A. / Fuerste, J.P. / Betzel, C. / Foerster, C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of a Thermus Thermophilus tRNA(Gly) Acceptor Stem Microhelix at 1.6 A Resolution.
著者: Oberthur, D. / Eichert, A. / Erdmann, V.A. / Furste, J.P. / Betzel, C. / Forster, C.
履歴
登録2010年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*GP*C)-3'
C: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8964
ポリマ－8,8964
非ポリマー00
水1,58588
1
A: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*G)-3'
B: 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4482
ポリマ－4,4482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-4.4 kcal/mol
Surface area2760 Å2
手法PISA
2
C: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*G)-3'
D: 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4482
ポリマ－4,4482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-3.8 kcal/mol
Surface area2750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.187, 29.015, 29.534
Angle α, β, γ (deg.)107.17, 97.37, 96.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 7
2111C1 - 7
1121B8 - 14
2121D8 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*G)-3' / TRNAGLY


分子量: 2315.459 Da / 分子数: 2 / 断片: MICROHELIX, RESIDUES 1-7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 参照: GenBank: 55979969
#2: RNA鎖 5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*GP*C)-3' / TRNAGLY


分子量: 2132.323 Da / 分子数: 2 / 断片: MICROHELIX, RESIDUES 66-72 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 参照: GenBank: 55979969
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.5 MM RNA IN 40 MM SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, 12 MM SPERMINE TETRA-HCL, 80 MM NACL AND 10 % (V/V) MPD, EQUILIBRATED AGAINST 35 % (V/V) MPD, ROOM TEMPERATURE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→36 Å / Num. obs: 10142 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 72.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ARTIFICIAL RNA

解像度: 1.59→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.032 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28033 485 4.8 %RANDOM
Rwork0.2369 ---
obs0.23898 9648 93.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.03 Å2-0.03 Å2
2---0.02 Å2-0.01 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 588 0 88 676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.13831014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1493654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4964.51014
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A154tight positional0.20.05
11B154tight positional0.20.05
21B140tight positional0.240.05
22D140tight positional0.240.05
11A154tight thermal0.550.5
11B154tight thermal0.550.5
21B140tight thermal0.770.5
22D140tight thermal0.770.5
LS精密化 シェル解像度: 1.594→1.636 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 23 -
Rwork0.453 483 -
obs--62.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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