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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xsh | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF P4 VARIANT OF BIPHENYL DIOXYGENASE FROM BURKHOLDERIA XENOVORANS LB400 IN COMPLEX WITH 2,6 DI CHLOROBIPHENYL | ||||||
要素 | (BIPHENYL DIOXYGENASE SUBUNIT ...) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biphenyl 2,3-dioxygenase / biphenyl 2,3-dioxygenase activity / 3-phenylpropionate catabolic process / : / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Kumar, P. / Bolin, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structural Insight Into the Expanded Pcb-Degrading Abilities of a Biphenyl Dioxygenase Obtained by Directed Evolution. 著者: Kumar, P. / Mohammadi, M. / Viger, J.F. / Barriault, D. / Gomez-Gil, L. / Eltis, L.D. / Bolin, J.T. / Sylvestre, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xsh.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xsh.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xsh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2xsh_validation.pdf.gz | 558.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2xsh_full_validation.pdf.gz | 599.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2xsh_validation.xml.gz | 133.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2xsh_validation.cif.gz | 185.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xs/2xsh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-BIPHENYL DIOXYGENASE SUBUNIT ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL
#1: タンパク質 | 分子量: 51528.383 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア) 株: LB400 / Variant: P4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37333, biphenyl 2,3-dioxygenase #2: タンパク質 | 分子量: 22113.846 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) BURKHOLDERIA XENOVORANS (バクテリア) 株: LB400 / Variant: P4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37334, biphenyl 2,3-dioxygenase |
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-非ポリマー , 4種, 1008分子
#3: 化合物 | ChemComp-FES / #4: 化合物 | ChemComp-FE2 / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 335 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 335 TO ALA ...ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: PEG 8K, PIPES PH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→125 Å / Num. obs: 177300 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 47.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.38 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 51.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XR8 解像度: 2.29→138.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 15.517 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.381 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→138.68 Å
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拘束条件 |
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