PDB-2xpi: Crystal structure of APC/C hetero-tetramer Cut9-Hcn1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xpi

タイトル

Crystal structure of APC/C hetero-tetramer Cut9-Hcn1

要素

ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CUT9
ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT HCN1 HCN1/CDC26,20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN HCN1, CHAPERONE-LIKE PROTEIN HCN1, HIGH COPY SUPPRESSOR OF CUT9 PROTEIN 1

キーワード

CELL CYCLE / TPR / UBIQUITIN LIGASE / E3 / CELL DIVISION / N-ACETYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mitotic sister chromatid separation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / pericentric heterochromatin / protein ubiquitination / cell division / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhang, Z. / Kulkarni, K.A. / Barford, D.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: The Apc/C Subunit Cdc16/Cut9 is a Contiguous Tetratricopeptide Superhelix with a Homo-Dimer Interface Similar to Cdc27
著者: Zhang, Z. / Kulkarni, K.A. / Hanrahan, S.J. / Thompson, A.J. / Barford, D.

履歴

登録	2010年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Other / Version format compliance
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xpi.cif.gz	432.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xpi.ent.gz	358.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2xpi_validation.pdf.gz	474.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2xpi_full_validation.pdf.gz	512.2 KB	表示
XML形式データ	2xpi_validation.xml.gz	46.1 KB	表示
CIF形式データ	2xpi_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/2xpi	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	23348 4r4h-d 7bh2-d 6hra-d 2zvi-d 23343 3d2p-d 6hrb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CUT9

B: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT HCN1 HCN1/CDC26,20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN HCN1, CHAPERONE-LIKE PROTEIN HCN1, HIGH COPY SUPPRESSOR OF CUT9 PROTEIN 1

D: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CUT9

E: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT HCN1 HCN1/CDC26,20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN HCN1, CHAPERONE-LIKE PROTEIN HCN1, HIGH COPY SUPPRESSOR OF CUT9 PROTEIN 1

ヘテロ分子

154 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.400, 151.920, 91.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CUT9 / CUT9/CDC16 / 20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN CUT9 / CELL UNTIMELY TORN PROTEIN 9 分子量: 67552.539 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-597 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P41889
#2: タンパク質	ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT HCN1 HCN1/CDC26,20S CYCLOSOME/APC COMPLEX PROTEIN HCN1, CHAPERONE-LIKE PROTEIN HCN1, HIGH COPY SUPPRESSOR OF CUT9 PROTEIN 1 分子量: 9113.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母) プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O13916
#3: 化合物	ChemComp-AUC / GOLD (I) CYANIDE ION 分子量: 249.001 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂AuN₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	BREAKS IN THE POLYPEPTIDE OCCUR IN THE RESIDUE RANGE 61-82 AND 181-191.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 100 MM HEPES (PH 7.5), 100 MM SODIUM ACETATE, 12.5% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0397
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0397 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→78.61 Å / Num. obs: 45418 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 55.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→54.394 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2452	1576	3.5 %
R_work	0.1887	-	-
obs	0.1908	45376	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.189 Å² / k_sol: 0.346 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.2935 Å²	0 Å²	-6.6707 Å²
2-	-	-0.1627 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.1308 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→54.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8626	0	4	49	8679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8807
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.247	11946
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.432	3116
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.6839	0.3106	138	0.2775	3764	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6839-2.7798	0.3277	149	0.2397	3963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7798-2.8911	0.2801	127	0.2109	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8911-3.0227	0.2615	134	0.2009	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0227-3.1821	0.2707	147	0.2025	4008	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1821-3.3814	0.2836	140	0.199	4007	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3814-3.6424	0.2605	127	0.1873	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6424-4.0089	0.2415	137	0.1667	4007	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0089-4.5887	0.1839	153	0.1418	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5887-5.7803	0.2422	162	0.1635	3983	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7803-54.406	0.2247	162	0.1921	3958	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9396	-0.8507	1.6226	0.7976	-0.7876	6.1489	-0.0322	-0.0235	0.0473	0.1606	-0.078	-0.0416	-0.5882	0.0833	0.1075	0.2713	-0.0369	0.0192	0.306	-0.0358	0.3	27.8519	70.7215	137.2324
2	1.9771	-0.4708	-0.0828	2.2479	1.0039	3.1663	-0.0108	0.5528	-0.148	-0.3118	-0.0411	-0.0846	-0.4507	0.1174	0.0551	0.149	0.0036	0.0308	0.3734	0.0126	0.1886	24.2604	66.4509	113.2457
3	5.9107	1.2815	-2.4473	4.2843	-2.6407	2.1914	0.223	0.6073	-0.0302	-0.8491	-0.1726	0.0786	0.716	0.1751	-0.0742	0.5225	0.1302	-0.1195	0.675	-0.0811	0.4547	20.6844	52.2286	100.2139
4	0.3413	0.6365	0.3133	0.3299	0.1265	2.2623	0.3586	0.2609	-0.1595	-0.0367	0.074	-0.061	0.2666	0.6586	-0.3298	0.0875	0.1062	0.0042	0.3089	-0.1619	0.3965	20.4502	41.7877	110.3491
5	5.1626	-0.2926	-1.7341	0.8518	0.0261	0.717	0.2077	-0.8241	-0.6876	0.2963	-0.4115	-0.0679	0.3744	0.0306	0.1341	0.4097	0.022	-0.0312	0.6646	0.0873	0.5961	3.6935	39.7799	120.3146
6	0.5324	-0.1919	0.2051	2.4442	0.7221	2.0779	-0.0762	-0.1803	-0.0045	-0.0802	0.1054	0.4398	-0.2224	-0.3777	-0.0064	0.0684	0.0515	0.0558	0.3543	-0.0085	0.2496	-1.2518	50.7279	109.4393
7	1.5998	0.3734	1.1142	2.9599	0.7088	2.4133	-0.1402	0.1426	-0.1654	-0.8207	0.2351	-0.0591	0.0915	0.0825	-0.0885	0.4576	-0.0745	0.0454	0.2651	-0.0186	0.3205	0.8694	40.2989	87.4081
8	0.5552	-0.479	0.0476	1.511	-0.0874	0.9957	-0.1918	-0.1696	0.0491	-0.0269	0.5169	0.4247	0.1021	-0.3989	-0.2741	0.4586	-0.0811	-0.1243	0.3283	0.1282	0.4908	-17.8724	27.2786	85.7494
9	0.2481	0.2702	0.187	1.276	0.4044	3.6712	0.0845	0.1753	-0.2069	0.1385	-0.031	-0.2357	0.1879	0.3282	-0.0675	0.1445	0.0214	0.0126	0.3708	-0.0274	0.3038	31.6349	52.1277	37.4091
10	1.9827	-0.0016	1.1968	0.6476	1.1319	3.6997	0.2622	-0.4062	-0.5481	0.6605	0.063	-0.2433	1.0693	0.0565	-0.2549	0.6311	0.0011	-0.0297	0.3736	0.0194	0.4491	26.3079	45.8383	54.4955
11	8.21	2.6906	-6.8676	5.3507	-3.9325	6.4017	-0.1359	-0.971	-0.3717	1.4578	0.2845	0.727	0.0977	-0.477	-0.09	0.6215	-0.0269	0.2003	0.4693	0.0214	0.4243	18.4528	47.1255	67.0121
12	1.999	0.6417	-0.1577	2.3316	-0.4329	0.7141	0.0043	-0.8272	0.1295	0.8778	0.0218	0.041	-0.221	0.3968	-0.0405	0.6659	0.0427	-0.0305	0.6658	-0.0524	0.3411	30.9234	65.1052	68.6639
13	0.6053	0.722	-0.3707	0.7744	-0.3441	0.8794	0.1891	-0.0669	0.0494	-0.0629	0.0165	0.2396	-0.5546	-0.005	-0.1206	0.6414	0.0791	-0.0371	0.3722	-0.032	0.4133	14.9973	80.9882	66.9113
14	2.7841	0.7537	0.0725	3.955	-0.4826	0.3533	-0.2549	0.5723	-0.0648	-0.3037	0.1394	-0.0049	0.1278	-0.2717	0.0692	0.3297	0.0013	-0.088	0.3129	-0.0574	0.1454	1.655	70.4773	71.0739
15	1.443	-0.2595	-1.0336	0.6752	0.9595	3.0084	-0.0531	-0.1018	-0.0366	0.3704	0.0284	-0.1759	0.0025	0.0173	0.0317	0.5627	0.0525	-0.0731	0.2341	-0.0155	0.3453	8.8673	80.1154	94.2461
16	0.3964	-0.1537	-1.0359	2.5971	1.1464	4.7474	0.113	0.2356	0.2374	0.0122	0.1354	0.5167	-0	-1.0255	-0.2853	0.5732	0.0923	0.1232	0.5835	0.0553	0.6756	-9.6934	91.588	100.7923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 43:166)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 167:278)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 279:284)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 285:349)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 350:372)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 373:444)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 445:544)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 545:595)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN D AND RESID 43:144)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN D AND RESID 145:211)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN D AND RESID 212:222)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN D AND RESID 223:305)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 306:359)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 360:454)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 455:545)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 546:595)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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