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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xmx | ||||||
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タイトル | High resolution structure of Colicin M | ||||||
![]() | COLICIN-M | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / PHOSPHATASE / TONB BOX / ANTIBIOTIC / BACTERIOCIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zeth, K. / Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Activation of Colicin M by the Fkpa Prolyl Cis- Trans Isomerase/Chaperone. 著者: Helbig, S. / Patzer, S.I. / Schiene-Fischer, C. / Zeth, K. / Braun, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 185.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 269 / Label seq-ID: 2 - 269
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29512.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.96 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% PEG3350, 0.2M NANO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→48 Å / Num. obs: 73413 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 8.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 83.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3DA4 解像度: 1.67→46.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.488 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 6.38 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→46.92 Å
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拘束条件 |
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