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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xji | |||||||||
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タイトル | Structure and Copper-binding Properties of Methanobactins from Methylosinus trichosporium OB3b | |||||||||
![]() | METHANOBACTIN MB-OB3B | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / METAL TRANSPORT / METHANOTROPHS / OXAZALONE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() copper ion transport / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / extracellular region / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | El-Ghazouani, A. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Knapp, C.W. / Gray, J. / Graham, D.W. / Dennison, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Copper-Binding Properties and Structures of Methanobactins from Methylosinus Trichosporium Ob3B. 著者: El Ghazouani, A. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Knapp, C.W. / Gray, J. / Graham, D.W. / Dennison, C. #1: ジャーナル: Science / 年: 2004 タイトル: Methanobactin, a Copper-Acquisition Compound from Methane-Oxidizing Bacteria. 著者: Kim, H.J. / Graham, D.W. / Dispirito, A.A. / Alterman, M.A. / Galeva, N. / Larive, C.K. / Asunskis, D. / Sherwood, P.M.A. #2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008 タイトル: NMR, Mass Spectrometry and Chemical Evidence Reveal a Different Chemical Structure for Methanobactin that Contains Oxazolone Rings. 著者: Behling, L.A. / Hartsel, S.C. / Lewis, D.E. / Dispirito, A.A. / Choi, D.W. / Masterson, L.R. / Veglia, G. / Gallagher, W.H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xjhC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | METHANOBACTIN IS A MEMBER OF THE FAMILY OF CHALKOPHORES, A COPPER CHELATING AGENT INVOLVED IN ...METHANOBAC | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.15 % 解説: PREVIOUSLY SOLVED MODEL CCDC BIDLOQ WAS MANUALLY FITTED INTO DENSITY |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 5% ISOPROPANOL, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→21.14 Å / Num. obs: 29329 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.05 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1→20 Å / Num. parameters: 5724 / Num. restraintsaints: 8640 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 35 / Occupancy sum hydrogen: 252 / Occupancy sum non hydrogen: 471 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1→20 Å
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拘束条件 |
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