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- PDB-2xjh: Structure and Copper-binding Properties of Methanobactins from Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xjh
タイトルStructure and Copper-binding Properties of Methanobactins from Methylosinus trichosporium OB3b
要素METHANOBACTIN MB-OB3B
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / METAL TRANSPORT / METHANOTROPHS / OXAZALONE
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transport / スーパーオキシドディスムターゼ / superoxide dismutase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / extracellular region / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methanobactin precursor, Mb-OB3b
類似検索 - ドメイン・相同性
METHANOBACTIN / COPPER (II) ION / Methanobactin mb-OB3b
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOSINUS TRICHOSPORIUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.92 Å
データ登録者El-Ghazouani, A. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Knapp, C.W. / Gray, J. / Graham, D.W. / Dennison, C.
引用
ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: Copper-Binding Properties and Structures of Methanobactins from Methylosinus Trichosporium Ob3B.
著者: El Ghazouani, A. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Knapp, C.W. / Gray, J. / Graham, D.W. / Dennison, C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Methanobactin, a Copper-Acquisition Compound from Methane-Oxidizing Bacteria.
著者: Kim, H.J. / Graham, D.W. / Dispirito, A.A. / Alterman, M.A. / Galeva, N. / Larive, C.K. / Asunskis, D. / Sherwood, P.M.A.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: NMR, Mass Spectrometry and Chemical Evidence Reveal a Different Chemical Structure for Methanobactin that Contains Oxazolone Rings.
著者: Behling, L.A. / Hartsel, S.C. / Lewis, D.E. / Dispirito, A.A. / Choi, D.W. / Masterson, L.R. / Veglia, G. / Gallagher, W.H.
履歴
登録2010年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
改定 1.22012年5月9日Group: Other
改定 1.32012年11月30日Group: Other
改定 1.42013年7月24日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02018年6月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_molecule / pdbx_validate_rmsd_bond / software / struct_conn
Item: _software.name
改定 2.12019年5月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_conn
Item: _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHANOBACTIN MB-OB3B
B: METHANOBACTIN MB-OB3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5197
ポリマ－2,3232
非ポリマー1965
水21612
1
A: METHANOBACTIN MB-OB3B
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.27 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2714
ポリマ－1,1611
非ポリマー1103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: METHANOBACTIN MB-OB3B
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.25 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2483
ポリマ－1,1611
非ポリマー872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.475, 29.475, 29.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2005-

HOH

21B-2005-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド METHANOBACTIN MB-OB3B / COPPER-BINDING COMPOUND / CBC / HYDROGEN PEROXIDE REDUCTASE / SUPEROXIDE DISMUTASE / MINUS-MET METHANOBACTIN /


タイプ: Chalkophore, Polypeptide / クラス: Metal transport / 分子量: 1161.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCIMB 11131
由来: (天然) METHYLOSINUS TRICHOSPORIUM (バクテリア)
株: OB3B
参照: UniProt: E3YBA4, METHANOBACTIN, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細METHANOBACTIN IS A MEMBER OF THE FAMILY OF CHALKOPHORES, A COPPER CHELATING AGENT INVOLVED IN ...METHANOBACTIN IS A MEMBER OF THE FAMILY OF CHALKOPHORES, A COPPER CHELATING AGENT INVOLVED IN SCAVENGING, UPTAKE AND SUPPRESSION OF TOXICITY OF COPPER. GROUP: 1 NAME: METHANOBACTIN CHAIN: A, B COMPONENT_1: METHANOBACTIN PEPTIDE, RESIDUES 0 TO 10 COMPONENT_2: COPPER ATOM, RESIDUE 1001 DESCRIPTION: METHANOBACTIN IS A COPPER BINDING COMPOUND HAVING ANTIBIOTIC AND ANTIOXIDANT ACTIVITY ISOLATED FROM METHANOTROPHIC BACTERIA. METHANOBACTIN MAY FUNCTION IN COPPER UPTAKE, REGULATION OF METHANE MONOOXYGENASE EXPRESSION, PROTECTION AGAINST COPPER TOXICITY, AND PARTICULATE METHANE MONOOXYGENASE ACTIVITY. METHANOBACTIN CAN EXTRACT COPPER FROM INSOLUBLE MINERALS AND COULD BE IMPORTANT FOR MINERAL WEATHERING. MANY METHANOBACTIN PROPERTIES ARE REMINISCENT OF IRON SIDEROPHORES SUGGESTING A SIMILAR MECHANISM OF HANDLING. METHANOBACTIN-LIKE COMPOUNDS HAVE ALSO BEEN IDENTIFIED IN YEAST MITOCHONDRIA, SUGGEST THAT THESE MOLECULES ARE A MORE UNIVERSAL PHENOMENON.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 13 %
解説: PREVIOUSLY SOLVED MODEL CCDC BIDLOQ WAS MANUALLY FITTED INTO DENSITY
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 4M SODIUM FORMATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.91
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.92→20.84 Å / Num. obs: 9025 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 0.92→0.97 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 0.92→20 Å / Num. parameters: 1623 / Num. restraintsaints: 1871 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1405 439 5 %THIN SHELL
obs0.1245 -95.7 %-
all-8586 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 13 / Occupancy sum hydrogen: 92 / Occupancy sum non hydrogen: 165.46
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.92→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数152 0 5 12 169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.051
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0349
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.14
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.148
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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