PDB-2xio: Structure of putative deoxyribonuclease TATDN1 isoform a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xio

タイトル

Structure of putative deoxyribonuclease TATDN1 isoform a

要素

PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN1

キーワード

HYDROLASE / NUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Muniz, J.R.C. / Cocking, R. / Puranik, S. / Krojer, T. / Raynor, J. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Putative Deoxyribonuclease Tatdn1 Isoform A
著者: Muniz, J.R.C. / Cocking, R. / Puranik, S. / Krojer, T. / Raynor, J. / Vollmar, M. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Yue, W.W. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U.

履歴

登録	2010年6月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月5日	Group: Database references / Refinement description ...Database references / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xio.cif.gz	142.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xio.ent.gz	119.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/2xio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6tuc-d 3gn6-4 6f82-d 4o8m-7 1cwn-d 6f84-d 2pdk-d 4lyl-5 4axn-2 6t3p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN1

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.480, 50.940, 155.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PUTATIVE DEOXYRIBONUCLEASE TATDN1 / HEPATOCARCINOMA HIGH EXPRESSION PROTEIN 分子量: 34135.156 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 5-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PL 参照: UniProt: Q6P1N9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1M MES 6.5;12% W/V PEG 20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→28.55 Å / Num. obs: 94152 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 10.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.19→1.25 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 79.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.19→17.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9525 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1922	4703	5 %	RANDOM
R_work	0.1721	-	-	-
obs	0.1731	94032	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2822 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.4983 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.7805 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.146 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→17.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2303	0	6	531	2840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2573	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	3502	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		938	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		71	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		384	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2573	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.17
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.04
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		334	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3602	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.19→1.22 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	250	4.89 %
R_work	0.2235	4862	-
all	0.2241	5112	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9683	-0.7557	-1.0771	0.1497	-0.0964	0.5022	0.0133	0.121	-0.0558	0.0371	-0.0175	-0.0159	0.0241	0.0092	0.0042	-0.0163	0.0104	-0.0016	-0.0016	-0.0094	-0.0168	32.2647	16.5714	88.8705
2	0.5071	0.9507	-0.3617	2.5413	0.5707	1.0359	-0.0155	0.0622	0.017	0.1389	0.0218	0.1081	-0.0444	0.0521	-0.0063	-0.0011	-0.0005	-0.0046	0.0182	0.0198	-0.0209	19.5217	10.4762	100.958
3	1.9842	0.2911	-0.9919	1.3124	-0.0526	2.8207	-0.0184	-0.1161	0.018	0.2055	0.02	0.0424	0.1579	-0.1673	-0.0016	0.0278	-0.0034	-0.0026	-0.0161	0.0094	-0.0188	17.1482	3.1464	100.793
4	1.2223	-0.3877	-1.1302	0.7149	-0.3764	1.3961	-0.0204	-0.0008	-0.117	-0.0293	0.0002	0.0091	0.0177	0.0111	0.0203	-0.0029	0.0176	-0.0025	-0.0129	-0.0008	-0.0017	31.1908	8.8071	89.8319
5	0.6244	-0.4619	-0.0613	1.1692	0.6658	1.4275	-0.0175	-0.0784	-0.0543	0.1808	0.0361	0.0138	0.1659	-0.0844	-0.0186	0.018	0.0063	-0.0039	0.0014	0.0039	-0.0405	26.2172	18.7597	106.896
6	0.7973	-0.0766	-0.6766	0.9977	1.0829	2.7723	-0.0139	-0.0755	0.0448	0.2115	0.0774	-0.062	-0.082	0.0557	-0.0635	0.0581	0.0156	-0.0287	0.0109	-0.0213	-0.0529	28.316	27.4244	116.466
7	0.8413	-0.4305	-0.0061	0.8114	0.2558	1.28	-0.0174	-0.1275	0.0834	0.0834	0.0494	-0.0329	-0.1675	-0.0911	-0.0321	-0.0019	0.0269	-0.003	-0.0111	-0.0224	-0.0514	23.8726	32.3858	105.64
8	1.3043	-0.2792	-0.696	1.4369	-0.4656	1.4734	0.0474	0.0364	0.2166	-0.0213	0.0204	-0.0376	-0.3601	-0.0775	-0.0678	0.071	0.04	0.0236	-0.0571	-0.0151	-0.0266	25.0845	40.1502	99.4094
9	0.8663	0.5935	-0.0409	2.057	0.6646	1.7716	0.0061	0.0104	0.1072	-0.1212	0.0105	0.1017	-0.2681	0.0234	-0.0166	0.0265	0.0112	0.009	-0.0295	-0.0069	-0.0141	24.3593	33.7263	91.1156
10	0.7364	-0.2066	0.148	0.6789	-0.0846	0.8265	0.0029	0.0022	0.1771	-0.0494	-0.023	0.0016	-0.1533	-0.003	0.02	0.0339	0.0103	0.0081	-0.0122	-0.0033	0.0194	24.3267	31.3491	85.8301
11	1.5641	0.3108	-0.9341	1.0632	-0.478	1.849	0.0536	0.0034	0.0652	0.0498	0.0063	-0.019	-0.1026	-0.0064	-0.0598	0.0023	0.0103	0.0019	-0.0061	-0.0079	-0.0251	25.9336	22.9216	89.8422
12	0.5332	-0.146	0.0376	1.5023	0.351	0.2039	0.0173	0.021	0.0142	-0.0344	-0.0128	0.0454	0.0118	-0.0322	-0.0045	-0.0406	0.0027	-0.0108	-0.0143	-0.0066	-0.0356	16.5591	14.5398	80.5519
13	2.4278	1.4475	1.3129	0.5046	0.1541	1.908	0.0454	-0.0672	-0.0706	0.0567	0.0502	0.0075	0.1427	-0.1993	-0.0957	0.0114	-0.0148	-0.0049	0.0012	0.0122	-0.0089	13.5511	1.9656	90.4375
14	1.1394	-0.0027	-0.1438	0.4157	-0.0241	0.8314	0.04	0.0777	0.0223	0.0018	0.0089	-0.0313	-0.0395	0.0393	-0.0489	-0.0122	0.0099	-0.0001	-0.0028	-0.0129	-0.0233	29.0437	19.2896	82.6307
15	0	0.4649	-1.0192	0.1994	0.4095	0.3517	-0.0265	0.003	-0.0088	0.0282	0.0046	-0.0533	-0.0105	0.1217	0.022	0.0079	-0.0106	-0.0166	0.0322	-0.0219	0.005	39.3332	24.6335	96.1988

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(A4 - 10)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(A11 - 19)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(A20 - 37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(A38 - 46)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(A47 - 84)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(A85 - 105)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(A106 - 150)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(A151 - 167)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(A168 - 185)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(A186 - 213)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(A214 - 225)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(A226 - 244)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(A245 - 257)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(A258 - 290)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(A291 - 296)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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