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- PDB-2xik: Structure of Human YSK1 (Yeast Sps1-Ste20-related Kinase 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xik
タイトルStructure of Human YSK1 (Yeast Sps1-Ste20-related Kinase 1)
要素SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE 25
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / Golgi localization / Golgi reassembly / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of axonogenesis / establishment or maintenance of cell polarity / axonogenesis / histone H4S1 kinase activity ...intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / Golgi localization / Golgi reassembly / FAR/SIN/STRIPAK complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / establishment of Golgi localization / positive regulation of axonogenesis / establishment or maintenance of cell polarity / axonogenesis / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / protein autophosphorylation / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine kinase 25, catalytic domain / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Serine/threonine kinase 25, catalytic domain / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J60 / Serine/threonine-protein kinase 25
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Ugochukwu, E. / Vollmar, M. / Allerston, C. / Chaikuad, A. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Brenner, B. / Elkins, J.M. ...Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Ugochukwu, E. / Vollmar, M. / Allerston, C. / Chaikuad, A. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Brenner, B. / Elkins, J.M. / Daga, N. / Gileadi, O. / Mahajan, P. / Shrestha, B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human Ysk1 (Yeast Sps1-Ste20-Related Kinase 1)
著者: Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Vollmar, M. / Allerston, C. / Chaikuad, A. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Brenner, B. / Elkins, J.M. / Daga, N. / Gileadi, O. / Mahajan, P. / Shrestha, B. / von ...著者: Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Vollmar, M. / Allerston, C. / Chaikuad, A. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Brenner, B. / Elkins, J.M. / Daga, N. / Gileadi, O. / Mahajan, P. / Shrestha, B. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Source and taxonomy ...Database references / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE 25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1943
ポリマ－33,7171
非ポリマー4772
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.080, 48.560, 67.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE 25 / STERILE 20/OXIDANT STRESS-RESPONSE KINASE 1 / STE20/OXIDANT STRESS RESPONSE KINASE 1 / SOK-1 / ...STERILE 20/OXIDANT STRESS-RESPONSE KINASE 1 / STE20/OXIDANT STRESS RESPONSE KINASE 1 / SOK-1 / STE20-LIKE KINASE


分子量: 33716.566 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: O00506, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-J60 / 5-[(E)-(5-CHLORO-2-OXO-1,2-DIHYDRO-3H-INDOL-3-YLIDENE)METHYL]-N-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-2,4-DIMETHYL-1H-PYRROLE-3-CARBOXAMIDE / SU-11652


分子量: 414.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27ClN4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M K3(CIT),0.1M BTPROP 8.5, 20% PEG3350,10% ETGLY

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→52.23 Å / Num. obs: 23929 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 32.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.7.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→22.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9486 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=TPO XIK. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2436. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=39. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=TPO XIK. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2436. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=39. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 1223 5.1 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1907 23907 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7682 Å20 Å21.2095 Å2
2---0.3796 Å20 Å2
3---1.1478 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.263 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→22.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2275 0 33 148 2456
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012390HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.083246HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d805SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes48HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes344HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2352HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.59
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion2HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion312SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2750SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.06 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 147 5.32 %
Rwork0.2058 2618 -
all0.2093 2765 -
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)
1refined3.8022-14.4318-17.364
2refined-6.0622-21.6503-8.67475.9280.12641.20815.4541-3.03112.2395-0.12770.17290.2252-0.18760.0162-0.4582-0.04410.14610.1115-0.15140.0565-0.0444-0.0720.10920.0482
3refined2.2665-19.8296-16.11825.9505-1.1736-0.65940.0757-0.9114-0.4074-0.0982-0.2983-0.1289-0.11070.0873-0.54510.26080.18280.0109-0.04230.0799-0.0811-0.0885-0.03530.0263
4refined-16.4954-14.4993-14.91233.065-1.8203-1.44670-0.3207-1.63940.0429-0.0619-0.09150.2346-0.1564-0.3834-0.06060.39420.11350.00620.0431-0.03970.05360.05170.1373
5refined-23.9239-6.5263-6.5721.68770.4771-0.29152.14140.23042.85170.03670.1509-0.1318-0.02230.061-0.11360.090.0863-0.0977-0.07980.00130.0053-0.0704-0.023-0.0677
6refined-17.1304-6.9687-30.50251.41630.4807-0.12192.33090.26712.28290.0923-0.00210.1840.11150.02390.0975-0.1329-0.1846-0.1162-0.10270.02820.0256-0.08080.0139-0.0343
72.2558-0.7714-0.8524.314-1.37452.53690.22260.4145-0.1424-0.371-0.28520.2208-0.1242-0.02450.06250.05680.02210.00160.09470.0488-0.1324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A23 - A56)
2X-RAY DIFFRACTION2(A57 - A79)
3X-RAY DIFFRACTION3(A80 - A101)
4X-RAY DIFFRACTION4(A102 - A171)
5X-RAY DIFFRACTION5(A172 - A271)
6X-RAY DIFFRACTION6(A272 - A292)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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