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万見
- PDB-2xeb: NMR STRUCTURE OF THE PROTEIN-UNBOUND SPLICEOSOMAL U4 SNRNA 5' STE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xeb
タイトルNMR STRUCTURE OF THE PROTEIN-UNBOUND SPLICEOSOMAL U4 SNRNA 5' STEM LOOP
要素
  • 5'-R(P*GP*AP*UP*CP*GP*UP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP* GP*GP*UP*U)-3'
  • 5'-R(P*GP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*C)-3'
キーワードRNA / PRE-MRNA SPLICING / U4/U6 DI-SNRNP / RNP-BINDING DOMAIN / SANS
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / RDC REFINEMENT, WATER REFINEMENT
データ登録者Falb, M. / Amata, I. / Gabel, F. / Simon, B. / Carlomagno, T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structure of the K-turn U4 RNA: a combined NMR and SANS study.
著者: Falb, M. / Amata, I. / Gabel, F. / Simon, B. / Carlomagno, T.
履歴
登録2010年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2010年5月26日ID: 2KR8
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*GP*AP*UP*CP*GP*UP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP* GP*GP*UP*U)-3'
B: 5'-R(P*GP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6352
ポリマ－10,6352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LOWEST ENERGY STRUCTURES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*GP*AP*UP*CP*GP*UP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*UP*GP*AP* GP*GP*UP*U)-3' / U4 SNRNA 5' STEM LOOP / U4B SNRNA


分子量: 6118.682 Da / 分子数: 1 / 断片: U4 5'-SL STRAND A, RESIDUES 19-37 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: GenBank: 36174
#2: RNA鎖 5'-R(P*GP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*CP*GP*CP*GP*AP*UP*C)-3' / U4 SNRNA 5' STEM LOOP / U4A SNRNA


分子量: 4516.764 Da / 分子数: 1 / 断片: U4 5'-SL STRAND B, RESIDUES 40-53 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: GenBank: 36174
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, U 19 TO G ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, U 40 TO G ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, U 19 TO G ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, U 40 TO G ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, U 53 TO C

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-13C HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1313D HCN
2412D 1H-13C HSQC
2512D 1H-15N HSQC
2612D
3713D 13C-EDITED
38113C- FILTERED NOESY
3913D (H)CCH- COSY-TOCSY
31013D (H)CCH-E.COSY
41112D 15N HSQC
512115N- FILTERED NOESY
51313D HCN
61413D-HCP
61513D-ECOSY
61612D-HNN- COSY
71712D 15N-FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O, 100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11207.61.0 atm298.0 K
21207.61.0 atm298.0 K
31207.61.0 atm298.0 K
41207.61.0 atm298.0 K
51207.61.0 atm278.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6004
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6005

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA-CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
ARIA CNS 1.21.1構造決定
精密化手法: RDC REFINEMENT, WATER REFINEMENT / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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