PDB-2xc8: Crystal structure of the gene 22 product of the Bacillus subtilis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xc8

タイトル

Crystal structure of the gene 22 product of the Bacillus subtilis SPP1 phage

要素

GENE 22 PRODUCT

キーワード

VIRAL PROTEIN / SIPHOVIRIDAE / GRAM-POSITIVE PHAGE

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #2980 / : / : / Gp22 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Bacteriophage SPP1 complete nucleotide sequence

機能・相同性情報

生物種

BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Veesler, D. / Blangy, S. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Bacillus Subtilis Spp1 Phage Gp22 Shares Fold Similarity with a Domain of Lactococcal Phage P2 Rbp.
著者: Veesler, D. / Blangy, S. / Spinelli, S. / Tavares, P. / Campanacci, V. / Cambillau, C.

履歴

登録	2010年4月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月12日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xc8.cif.gz	120.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xc8.ent.gz	94 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/2xc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6vkf-1 4ifc-1 3fc1-d 7ksi-d 5r93-d 5r9v-d 4e89-2 5r9j-d 3fly-d 3p78-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GENE 22 PRODUCT

B: GENE 22 PRODUCT

C: GENE 22 PRODUCT

50.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.911, 64.116, 101.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.5267, 1.265, -0.1724), (0.5686, -0.5274, 0.01672), (-0.01258, -0.04301, -0.9973)
ベクター: -0.6503, 0.3375, -0.3524)

#1: タンパク質	GENE 22 PRODUCT / BACTERIOPHAGE SPP1 COMPLETE NUCLEOTIDE SEQUENCE 分子量: 16824.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ) / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS IQ PLYSS / 参照: UniProt: O48465
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M MES PH 7.2, 0.01 M COCL2, 2.05 M AMMONIUM SULFATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97872
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→54.14 Å / Num. obs: 12165 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 27.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER-TNT	2.9.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.35→39.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9111 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8896 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2436	904	7.5 %	RANDOM
R_work	0.2066	-	-	-
obs	0.2094	12092	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.7343 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-12.5853 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.851 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.316 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2081	0	0	132	2213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.014	2133	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.525	2903	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		717	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		60	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		296	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2133	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	5.57
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.74
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		273	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2390	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.57 Å / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2759	207	7.27 %
R_work	0.2185	2639	-
all	0.2224	2846	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	手法	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)
1	refined	-24.7089	11.4145	-14.8883
2	refined	-27.1139	8.5783	-1.4846	4.6679	0.1469	0.5124	1.2668	1.061	1.3588	-0.0701	0.2091	-0.0199	-0.1164	-0.0523	0.0076	-0.0485	0.095	0.1224	-0.0224	0.016	0.038	0.126	-0.0428	-0.1105
3	refined	-34.9533	13.5577	-19.0645	1.4352	1.0365	-1.1375	2.4755	-2.1668	2.3889	0.0094	-0.0792	-0.0025	0.309	-0.0079	-0.032	-0.2242	0.0566	-0.0015	-0.0954	-0.0017	-0.0103	-0.004	-0.0048	-0.0679
4	refined	-51.523	6.216	-41.5301	0.698	-1.0214	0.286	2.1142	2.0094	0.3966	-0.0127	0.0918	0.0254	-0.03	0.0006	0.0707	-0.0396	-0.0616	0.0121	0.0294	-0.0901	-0.1072	0.0081	0.0341	-0.0057
5	refined	-11.1736	4.368	-20.6882	5.0722	-1.4024	-2.7176	1.2066	-1.0514	1.2073	-0.0155	0.0598	0.0267	0.02	-0.0298	-0.0559	-0.0206	0.0273	0.0453	-0.0053	-0.0553	-0.0415	0.0088	-0.0691	-0.0303
6	refined	-9.8228	6.104	-34.6394	4.5568	0.9114	2.9104	0.1276	-0.1084	3.016	0.0025	-0.2614	-0.1765	0.1969	-0.0235	0.1583	0.0601	-0.2013	0.0211	-0.0832	-0.0403	0.0383	0.055	-0.0482	-0.0237
7	refined	-1.57	-0.9887	-32.7064	2.0788	0.7786	1.3098	0.073	0.2922	2.1597	-0.0109	0.1823	0.1094	-0.041	-0.0765	-0.0273	0.0485	0.2221	0.0874	-0.0756	-0.008	-0.0097	-0.0337	-0.0345	-0.0508
8	refined	-18.3308	2.5725	-27.2717	1.3661	1.929	-0.4347	1.1264	0.5978	0	0.005	0.0635	0.0084	-0.0189	-0.0444	0.0392	0.0562	0.0044	0.0395	-0.0552	-0.0362	0.0054	0.1487	-0.0773	-0.1035
9	refined	-19.4	9.8644	0.4558	1.7373	1.0805	0.2602	0.0097	0.832	2.1764	0.0148	-0.1587	-0.1844	-0.0489	-0.1678	0.037	0.092	-0.0369	0.1531	-0.0584	-0.0105	0.0051	0.0278	-0.0005	0.0343
10					0.1205	-0.4838	0.5569	0.0028	-0.2881	0.375	0.0023	0.0028	-0.0042	-0.0032	-0.0055	-0.01	0.0098	0.0083	0.0032	0.0102	0.0668	0.0364	0.0647	-0.0327	-0.0797

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A 20-37)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A 38-113)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A 114-121)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A 126-137)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B 1-36)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B 37-88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B 89-96)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B 97-120)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B 126-132)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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