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- PDB-2xbz: Multiple oligomeric forms of the Pseudomonas aeruginosa RetS sens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xbz
タイトルMultiple oligomeric forms of the Pseudomonas aeruginosa RetS sensor domain modulate accessibility to the ligand-binding site
要素RETS-HYBRID SENSOR KINASE
キーワードTRANSFERASE / RETS / SENSOR KINASE / PHOSPHOPROTEIN / BIOFILM
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular hyperosmotic response / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2380 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...Immunoglobulin-like - #2380 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 2 / 7TM-DISM receptor, extracellular domain, type 1 / 7TM diverse intracellular signalling / 7TMR-DISM extracellular 2 / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Vincent, F. / Round, A. / Reynaud, A. / Bordi, C. / Filloux, A. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: Environ.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Distinct Oligomeric Forms of the Pseudomonas Aeruginosa Rets Sensor Domain Modulate Accessibility to the Ligand Binding Site.
著者: Vincent, F. / Round, A. / Reynaud, A. / Bordi, C. / Filloux, A. / Bourne, Y.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETS-HYBRID SENSOR KINASE
B: RETS-HYBRID SENSOR KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5872
ポリマ－40,5872
非ポリマー00
水1,18966
1
A: RETS-HYBRID SENSOR KINASE
B: RETS-HYBRID SENSOR KINASE

A: RETS-HYBRID SENSOR KINASE
B: RETS-HYBRID SENSOR KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1744
ポリマ－81,1744
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_564z+1/4,-y+5/4,x-1/41
Buried area16480 Å2
ΔGint-92.4 kcal/mol
Surface area24960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.187, 174.187, 174.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2012-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RETS-HYBRID SENSOR KINASE


分子量: 20293.398 Da / 分子数: 2 / 断片: DISMED2, RESIDUES 44-185 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PA10 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q9HUV7, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE FEATURE ONLY THE PERIPLAMSIC DOMAIN DISMED2 WITH A TEV CLIVAGE SITE AND 6HIS TAG AT ...THIS SEQUENCE FEATURE ONLY THE PERIPLAMSIC DOMAIN DISMED2 WITH A TEV CLIVAGE SITE AND 6HIS TAG AT THE NTERMINAL END

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE PH 6.3 AND 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→41.02 Å / Num. obs: 13389 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 19.805 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESDIUES A 134 TO A 139 ARE DISORDERED. 6-HIS TAG AND TEV CLEAVAGE SITE WERE NOT VISIBLE IN THE STRUCTURE, PROBABLY DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23453 1323 9.9 %RANDOM
Rwork0.19064 ---
obs0.19502 12076 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2214 0 0 66 2280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.9523117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8645269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.75223.246114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.80315369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3121520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7131.51362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33122203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8743924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0684.5913
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 84 -
Rwork0.246 864 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.3926-2.47681.380610.1644-2.493312.4806-0.1099-0.1613-0.4911-0.630.65741.64621.385-1.9181-0.54750.5107-0.1290.04080.33570.14370.556587.88280.50667.632
20.85571.358-1.96713.1703-2.38336.8061-0.42710.0732-0.0938-0.80650.39360.37941.2767-0.09080.03340.57950.0195-0.05670.2010.16220.549692.58980.03468.713
34.0131-0.4141-1.64656.0259-5.0159.7085-0.2237-0.34660.0002-0.28330.2017-0.0210.18910.5510.0220.17790.00920.04320.1060.02370.206496.08991.28865.246
415.2492-2.0125-4.30049.16654.31722.8071-0.6005-0.79250.99281.15760.40081.040.6050.25650.19970.78060.25740.2670.63520.13180.911878.442115.80574.856
53.4060.4826-1.93613.6596-1.06153.1549-0.0626-0.30230.34280.30080.29050.4193-0.18790.0335-0.22790.18870.0146-0.00930.11030.00570.311294.446110.78862.422
610.3162-0.94170.16367.4176-4.91286.3645-0.2895-0.6813-0.19180.14840.3626-0.26070.3176-0.1529-0.07320.2516-0.02820.07090.0775-0.03760.3097108.804112.90350.506
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3A99 - 184
4X-RAY DIFFRACTION4B48 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5B72 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6B167 - 184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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