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- PDB-2x9k: Structure of a E.coli porin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x9k
タイトルStructure of a E.coli porin
要素OUTER MEMBRANE PROTEIN G
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ION TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transport / oligosaccharide transporting porin activity / maltose transporting porin activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane porin G / Outer membrane protein G (OmpG) / monomeric porin ompg / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin G
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Korkmaz-Ozkan, F. / Koster, S. / Kuhlbrandt, W. / Mantele, W. / Yildiz, O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Correlation between the Ompg Secondary Structure and its Ph-Dependent Alterations Monitored by Ftir.
著者: Korkmaz-Ozkan, F. / Koster, S. / Kuhlbrandt, W. / Mantele, W. / Yildiz, O.
履歴
登録2010年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,30310
ポリマ－32,6711
非ポリマー2,6319
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.610, 70.960, 119.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN G / OMPG


分子量: 32671.201 Da / 分子数: 1 / 断片: PORIN / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / プラスミド: PET26B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P76045
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.82 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0627
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→20 Å / Num. obs: 25206 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3.56 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.18→45.63 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 1261 5 %
Rwork0.213 --
obs0.215 25197 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.97 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4405 Å20 Å20 Å2
2---9.7872 Å20 Å2
3---20.2276 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2294 0 180 75 2549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6363444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.767937
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.12351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.26730.28891330.23842530X-RAY DIFFRACTION96
2.2673-2.37050.27871390.21992626X-RAY DIFFRACTION100
2.3705-2.49540.28931380.21352629X-RAY DIFFRACTION100
2.4954-2.65170.24291400.20042653X-RAY DIFFRACTION100
2.6517-2.85650.26911380.18692622X-RAY DIFFRACTION100
2.8565-3.14390.23151400.18162666X-RAY DIFFRACTION100
3.1439-3.59860.20971410.16482663X-RAY DIFFRACTION100
3.5986-4.53320.22971430.1862716X-RAY DIFFRACTION100
4.5332-45.64130.26451490.27312831X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.341 Å / Origin y: -15.1264 Å / Origin z: 19.712 Å
111213212223313233
T0.2244 Å20.0084 Å2-0.0586 Å2-0.2328 Å20.0119 Å2--0.2305 Å2
L0.8472 °20.6626 °2-0.2336 °2-3.0684 °20.6569 °2--0.7754 °2
S0.0039 Å °0.1054 Å °0.1027 Å °-0.2146 Å °-0.0522 Å °0.2426 Å °0.0199 Å °-0.1199 Å °0.0454 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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