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- PDB-2x8n: Solution NMR structure of uncharacterized protein CV0863 from Chr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x8n
タイトルSolution NMR structure of uncharacterized protein CV0863 from Chromobacterium violaceum. NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS TARGET (NESG) target CvT3. OCSP target CV0863.
要素CV0863
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / NON-UNIFORM SAMPLING / MULTIDIMENSIONAL DECOMPOSITION / ABACUS / FRAGMENT MONTE CARLO / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / ONTARIO CENTRE FOR STRUCTURAL PROTEOMICS / OCSP
機能・相同性Uncharacterised protein PF10387, DUF2442 / Protein of unknown function DUF2442 / Protein of unknown function (DUF2442) / NE0471 N-terminal domain-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM ATCC 12472 (バクテリア)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Gutmanas, A. / Fares, C. / Yee, A. / Lemak, A. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H. / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP) / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Uncharacterized Protein Cv0863 from Chromobacterium Violaceum
著者: Gutmanas, A. / Fares, C. / Yee, A. / Lemak, A. / Arrowsmith, C.H.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2011
タイトル: A Novel Strategy for NMR Resonance Assignment and Protein Structure Determination.
著者: Lemak, A. / Gutmanas, A. / Chitayat, S. / Karra, M. / Fares, C. / Sunnerhagen, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2010年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Atomic model / Database references / Version format compliance
改定 1.22015年5月6日Group: Derived calculations / Structure summary
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42020年1月15日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CV0863


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5081
ポリマ－12,5081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CV0863


分子量: 12507.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM ATCC 12472 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q7NZQ8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C-NOESY-HSQC-ALIPHATIC
12113C-HSQC-CT-ALIPHATIC
13113C-HSQC-ALIPHATIC
14113C-HSQC-AROMATIC
15115N-HSQ
16113C-NOESY-HSQC-AROMATIC
17115N-NOESY-HSQC
181H(C)CH-TOCSY- ALIPHATIC
191(H)CCH-TOCSY- ALIPHATIC
1101H(C)CH-TOCSY-AROMATIC
1111(H)CCH-TOCSY-AROMATIC
1121T1
1131T1RHO
1141HNCO
1151HNCA
1161CBCA(CO)NH
1171HBHA(CBCACO)NH
1181H(CCCO)NH-TOCSY
119113C-HSQC-CT-ALIPHATIC
NMR実験の詳細Text: ALL 3D NMR SPECTRA WERE COLLECTED WITH NON-UNIFORM SAMPLING (WWW.NMR2.BUFFALO.EDU/NESG.WIKI/SETTING_UP_NON- UNIFORMLY_SAMPLED_SPECTRA) AND PROCESSED WITH MDDGUI AND MDDNMR SOFTWARE (WWW.NMR2. ...Text: ALL 3D NMR SPECTRA WERE COLLECTED WITH NON-UNIFORM SAMPLING (WWW.NMR2.BUFFALO.EDU/NESG.WIKI/SETTING_UP_NON- UNIFORMLY_SAMPLED_SPECTRA) AND PROCESSED WITH MDDGUI AND MDDNMR SOFTWARE (WWW.NMR2.BUFFALO.EDU/NESG.WIKI/ PROCESSING_ NON-UNIFORMLY_SAMPLED_SPECTRA_WITH_MULTIDIMENSIONAL_ DECOMPOSITION

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% H2O/10% D2O, 10MM TRIS,300 MM NACL,10 MM ZNSO4,10 MM DTT, 1 MM BENZAMIDINE,0.01% NAN3,1X ROCHE INHIBITOR COCKTAIL, 100% 13C, 100% 15N-CV0863 1MM
290% H2O/10% D2O, 10MM TRIS,300 MM NACL,10 MM ZNSO4,10 MM DTT, 1 MM BENZAMIDINE,0.01% NAN3,1X ROCHE INHIBITOR COCKTAIL, 7% 13C, 100% 15N-CV0863 1MM
試料状態イオン強度: 300 mM / pH: 7.0 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER, ADAMS,CLORE,GROS,NILGES,READ精密化
NMRPipe構造決定
MddNMR構造決定
MDDGUI構造決定
ABACUS構造決定
CcpNmr AnalysisANAYSIS構造決定
CYANA構造決定
CNS構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
ソフトェア番号: 1 / 詳細: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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