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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x8g | ||||||
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タイトル | Oxidized thioredoxin glutathione reductase from Schistosoma mansoni | ||||||
![]() | THIOREDOXIN GLUTATHIONE REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / REDOX-ACTIVE CENTER / DETOXIFICATION PATHWAY / FLAVOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() thioredoxin-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Angelucci, F. / Dimastrogiovanni, D. / Boumis, G. / Brunori, M. / Miele, A.E. / Saccoccia, F. / Bellelli, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mapping the Catalytic Cycle of Schistosoma Mansoni Thioredoxin Glutathione Reductase by X-Ray Crystallography 著者: Angelucci, F. / Dimastrogiovanni, D. / Boumis, G. / Brunori, M. / Miele, A.E. / Saccoccia, F. / Bellelli, A. #1: ![]() タイトル: Glutathione Reductase and Thioredoxin Reductase at the Crossroad: The Structure of Schistosoma Mansoni Thioredoxin Glutathione Reductase. 著者: Angelucci, F. / Miele, A.E. / Boumis, G. / Dimastrogiovanni, D. / Brunori, M. / Bellelli, A. #2: ![]() タイトル: Inhibition of Schistosoma Mansoni Thioredoxin- Glutathione Reductase by Auranofin: Structural and Kinetic Aspects. 著者: Angelucci, F. / Sayed, A.A. / Williams, D.L. / Boumis, G. / Brunori, M. / Dimastrogiovanni, D. / Miele, A.E. / Pauly, F. / Bellelli, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 729.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 733.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 65061.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PGEX-4T1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 263分子 ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | RESIDUE 597 IS GIVEN AS X IN UNIPROT, IT IS CYS IN THIS CONSTRUCT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.062555 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROPS, CRYSTALS GROWN IN HEPES 0.1 M PH 7.4, PEG 3350 20%, KI 0.2M, 2-MERCAPTOETHANOL 5MM SOAKED WITH CUSO4 0.001 MM. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 52728 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 92.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2V6O 解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.427 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-5 OF CHAIN A ARE NOT VISIBLE BY THE ELECTRON DENSITY MAPS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
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拘束条件 |
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