PDB-2x6t: AGME bound to ADP-B-mannose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x6t

タイトル

AGME bound to ADP-B-mannose

要素

ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

キーワード

ISOMERASE / CARBOHYDRATE METABOLISM / STRESS RESPONSE

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase / ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase activity / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / NADP+ binding / NADP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Kowatz, T. / Morrison, J.P. / Tanner, M.E. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: The Crystal Structure of the Y140F Mutant of Adp-L-Glycero-D-Manno-Heptose 6-Epimerase Bound to Adp-Beta-D-Mannose Suggests a One Base Mechanism.
著者: Kowatz, T. / Morrison, J.P. / Tanner, M.E. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2010年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2x6t.ent.gz	527.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x6t_validation.pdf.gz	7.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x6t_full_validation.pdf.gz	7.1 MB	表示
XML形式データ	2x6t_validation.xml.gz	127.5 KB	表示
CIF形式データ	2x6t_validation.cif.gz	169 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x86C 1eq2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4tn0-1 5jyo-7 1xrp-d 3vp0-d 4tn0-2 5e9j-2 5k4a-3 3llc-d 5jzm-3 4r3b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

B: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

C: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

D: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

E: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

F: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

G: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

H: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

I: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

J: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

413 kDa, 10 ポリマー
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1

A: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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41.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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3

C: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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4

D: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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5

E: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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6

F: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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41.3 kDa, 1 ポリマー
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7

G: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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8

H: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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9

I: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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10

J: ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE

ヘテロ分子

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41.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	341.993, 60.787, 191.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.41, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	F-2122- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLU	GLU	1	A	A	1 - 106	48 - 153
2	1	MET	MET	GLU	GLU	1	B	B	1 - 106	48 - 153
3	1	MET	MET	GLU	GLU	1	C	C	1 - 106	48 - 153
4	1	MET	MET	GLU	GLU	1	D	D	1 - 106	48 - 153
5	1	MET	MET	GLU	GLU	1	E	E	1 - 106	48 - 153
6	1	MET	MET	GLU	GLU	1	F	F	1 - 106	48 - 153
7	1	MET	MET	GLU	GLU	1	G	G	1 - 106	48 - 153
8	1	MET	MET	GLU	GLU	1	H	H	1 - 106	48 - 153
9	1	MET	MET	GLU	GLU	1	I	I	1 - 106	48 - 153
10	1	MET	MET	GLU	GLU	1	J	J	1 - 106	48 - 153
1	2	ARG	ARG	SER	SER	1	A	A	107 - 197	154 - 244
2	2	ARG	ARG	SER	SER	1	B	B	107 - 197	154 - 244
3	2	ARG	ARG	SER	SER	1	C	C	107 - 197	154 - 244
4	2	ARG	ARG	SER	SER	1	D	D	107 - 197	154 - 244
5	2	ARG	ARG	SER	SER	1	E	E	107 - 197	154 - 244
6	2	ARG	ARG	SER	SER	1	F	F	107 - 197	154 - 244
7	2	ARG	ARG	SER	SER	1	G	G	107 - 197	154 - 244
8	2	ARG	ARG	SER	SER	1	H	H	107 - 197	154 - 244
9	2	ARG	ARG	SER	SER	1	I	I	107 - 197	154 - 244
10	2	ARG	ARG	SER	SER	1	J	J	107 - 197	154 - 244
1	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	A	A	198 - 307	245 - 354
2	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	B	B	198 - 307	245 - 354
3	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	C	C	198 - 307	245 - 354
4	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	D	D	198 - 307	245 - 354
5	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	E	E	198 - 307	245 - 354
6	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	F	F	198 - 307	245 - 354
7	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	G	G	198 - 307	245 - 354
8	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	H	H	198 - 307	245 - 354
9	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	I	I	198 - 307	245 - 354
10	3	PRO	PRO	ASN	ASN	1	J	J	198 - 307	245 - 354
1	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	A	K	1308
2	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	B	O	1308
3	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	C	S	1308
4	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	D	W	1308
5	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	E	AA	1308
6	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	F	EA	1308
7	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	G	IA	1308
8	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	H	OA	1308
9	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	I	SA	1308
10	4	NAP	NAP	NAP	NAP	1	J	WA	1308
1	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	A	M - N	1320 - 1321
2	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	B	Q - R	1320 - 1321
3	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	C	U - V	1320 - 1321
4	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	D	Y - Z	1320 - 1321
5	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	E	CA - DA	1320 - 1321
6	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	F	GA - HA	1320 - 1321
7	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	G	MA - NA	1320 - 1321
8	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	H	QA - RA	1320 - 1321
9	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	I	UA - VA	1320 - 1321
10	5	ADP	ADP	BMA	BMA	4	J	YA - ZA	1320 - 1321

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質

ADP-L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE / AGME / ADP-L-GLYCERO-BETA-D-MANNO-HEPTOSE-6-EPIMERASE / ADP-GLYCEROMANNO-HEPTOSE 6-EPIMERASE / ADP- ...

分子量: 39891.512 Da / 分子数: 10 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P67911, UniProt: P67910*PLUS, ADP-glyceromanno-heptose 6-epimerase

#5: 糖

ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 5種, 1578分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 140 TO PHE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, TYR 140 TO PHE
配列の詳細	HIS TAG AT N-TERMINUS, Y140F MUTATION

構成要素の詳細

ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 140 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 140 TO PHE ...

配列の詳細

HIS TAG AT N-TERMINUS, Y140F MUTATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.954
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 162824 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0067	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EQ2

1eq2

解像度: 2.36→38.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 11.221 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20889	8157	5 %	RANDOM
R_work	0.18932	-	-	-
obs	0.19032	154197	99.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.202 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→38.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24411	0	922	1546	26879

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	25971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	16973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.956	1.985	35254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.714	3	41168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.121	5	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.846	24.717	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.775	15	4083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.471	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	3711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	28932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5595
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.126	1.5	15145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.053	1.5	6332
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.26	2	24208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.68	3	10826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.015	4.5	11046
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1363	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	1363	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	1363	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	1363	tight positional	0.01	0.05
1	5	E	1363	tight positional	0.02	0.05
1	6	F	1363	tight positional	0.01	0.05
1	7	G	1363	tight positional	0.01	0.05
1	8	H	1363	tight positional	0.01	0.05
1	9	I	1363	tight positional	0.01	0.05
1	10	J	1363	tight positional	0.01	0.05
2	1	A	1262	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	1262	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	1262	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	1262	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	1262	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	1262	tight positional	0.01	0.05
2	7	G	1262	tight positional	0.01	0.05
2	8	H	1262	tight positional	0.01	0.05
2	9	I	1262	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	1262	tight positional	0.01	0.05
3	1	A	1483	tight positional	0.02	0.05
3	2	B	1483	tight positional	0.01	0.05
3	3	C	1483	tight positional	0.02	0.05
3	4	D	1483	tight positional	0.01	0.05
3	5	E	1483	tight positional	0.01	0.05
3	6	F	1483	tight positional	0.01	0.05
3	7	G	1483	tight positional	0.02	0.05
3	8	H	1483	tight positional	0.01	0.05
3	9	I	1483	tight positional	0.02	0.05
3	10	J	1483	tight positional	0.01	0.05
4	1	A	70	tight positional	0.02	0.05
4	2	B	70	tight positional	0.01	0.05
4	3	C	70	tight positional	0.01	0.05
4	4	D	70	tight positional	0.01	0.05
4	5	E	70	tight positional	0.02	0.05
4	6	F	70	tight positional	0.01	0.05
4	7	G	70	tight positional	0.01	0.05
4	8	H	70	tight positional	0.01	0.05
4	9	I	70	tight positional	0.01	0.05
4	10	J	70	tight positional	0.01	0.05
5	1	A	38	medium positional	0.09	0.5
5	2	B	38	medium positional	0.07	0.5
5	3	C	38	medium positional	0.08	0.5
5	4	D	38	medium positional	0.07	0.5
5	5	E	38	medium positional	0.07	0.5
5	6	F	38	medium positional	0.13	0.5
5	7	G	38	medium positional	0.07	0.5
5	8	H	38	medium positional	0.07	0.5
5	9	I	38	medium positional	0.1	0.5
5	10	J	38	medium positional	0.08	0.5
1	1	A	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	2	B	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	3	C	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	4	D	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	5	E	1363	tight thermal	0.04	0.5
1	6	F	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	7	G	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	8	H	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	9	I	1363	tight thermal	0.03	0.5
1	10	J	1363	tight thermal	0.03	0.5
2	1	A	1262	tight thermal	0.04	0.5
2	2	B	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	3	C	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	4	D	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	5	E	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	6	F	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	7	G	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	8	H	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	9	I	1262	tight thermal	0.03	0.5
2	10	J	1262	tight thermal	0.03	0.5
3	1	A	1483	tight thermal	0.04	0.5
3	2	B	1483	tight thermal	0.02	0.5
3	3	C	1483	tight thermal	0.03	0.5
3	4	D	1483	tight thermal	0.02	0.5
3	5	E	1483	tight thermal	0.02	0.5
3	6	F	1483	tight thermal	0.02	0.5
3	7	G	1483	tight thermal	0.04	0.5
3	8	H	1483	tight thermal	0.02	0.5
3	9	I	1483	tight thermal	0.03	0.5
3	10	J	1483	tight thermal	0.02	0.5
4	1	A	70	tight thermal	0.04	0.5
4	2	B	70	tight thermal	0.05	0.5
4	3	C	70	tight thermal	0.05	0.5
4	4	D	70	tight thermal	0.05	0.5
4	5	E	70	tight thermal	0.06	0.5
4	6	F	70	tight thermal	0.05	0.5
4	7	G	70	tight thermal	0.05	0.5
4	8	H	70	tight thermal	0.05	0.5
4	9	I	70	tight thermal	0.05	0.5
4	10	J	70	tight thermal	0.05	0.5
5	1	A	38	medium thermal	0.62	2
5	2	B	38	medium thermal	0.36	2
5	3	C	38	medium thermal	0.37	2
5	4	D	38	medium thermal	0.25	2
5	5	E	38	medium thermal	0.36	2
5	6	F	38	medium thermal	0.51	2
5	7	G	38	medium thermal	0.34	2
5	8	H	38	medium thermal	0.33	2
5	9	I	38	medium thermal	0.34	2
5	10	J	38	medium thermal	0.4	2

LS精密化シェル

解像度: 2.359→2.42 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	566	-
R_work	0.234	10365	-
obs	-	-	91.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5051	0.6619	-0.0413	1.0506	-0.022	1.4615	-0.0183	0.0067	0.0867	0.0155	0.0013	0.0783	-0.2566	-0.0927	0.017	-0.1262	-0.0162	-0.0267	-0.236	0.0368	-0.1583	38.593	-25.1414	-49.1231
2	2.0782	-0.1205	0.1689	0.654	-0.2247	1.4244	-0.0206	-0.0967	0.0498	0.0186	-0.0011	-0.095	-0.1759	0.0938	0.0217	-0.1485	-0.0396	-0.0079	-0.2236	0.0577	-0.2133	50.5213	-28.8164	-41.1367
3	0.9517	0.4469	0.1573	2.3676	0.218	1.8739	-0.0234	-0.0943	-0.2376	0.1416	-0.0002	-0.0666	0.2581	0.034	0.0236	-0.1135	-0.0186	-0.0293	-0.1927	0.0687	-0.1191	48.9267	-39.8225	-34.656
4	1.1731	-0.1329	-0.2822	0.7224	-0.5819	4.3127	0.0568	-0.041	0.1523	0.1384	-0.1421	-0.0116	-0.5112	0.0777	0.0852	-0.1131	-0.1144	-0.0199	-0.1744	0.0364	-0.1237	64.5266	-15.951	-61.7074
5	1.6504	0.3254	-0.507	1.3041	-0.7351	2.694	0.1554	-0.0082	-0.0157	0.0462	-0.3769	-0.2431	-0.3069	0.5777	0.2215	-0.166	-0.1667	-0.0393	-0.0201	0.0898	-0.1179	77.142	-18.0056	-69.2729
6	2.0966	-0.0933	0.3689	1.6987	-0.9101	2.8261	0.1028	-0.1245	-0.296	0.0461	-0.2904	-0.4172	0.0104	0.7865	0.1876	-0.1792	-0.1447	-0.031	0.2131	0.2021	0.019	85.4972	-25.5722	-63.0729
7	3.1967	0.4963	0.5532	0.8415	0.2152	1.8385	0.0626	0.0082	0.2167	0.0283	-0.1003	0.0588	-0.1893	0.0219	0.0377	-0.1486	0.0099	0.0216	-0.1728	0.0376	-0.1667	60.5693	-14.9413	-91.6509
8	2.209	0.0084	0.3447	0.6361	0.2176	1.9418	0.0661	0.3348	-0.04	-0.1049	-0.0847	0.1041	0.064	0.019	0.0186	-0.1536	0.0023	0.0412	-0.1336	0.0255	-0.1849	58.9811	-21.1276	-105.0504
9	2.2664	-0.7009	0.1452	1.2504	-0.2143	1.8167	0.0424	0.3357	-0.2788	-0.1602	-0.0931	-0.0643	0.3223	0.2559	0.0507	-0.0605	0.0788	0.0383	-0.0243	-0.0179	-0.1447	69.5523	-27.4589	-108.9268
10	2.7062	0.3186	-1.6185	1.1282	-0.2015	3.2737	-0.007	0.2322	0.1934	-0.0059	0.0051	0.0499	-0.0621	-0.2159	0.0019	-0.1861	-0.0209	-0.0318	-0.1227	0.0045	-0.1077	32.0446	-23.0441	-97.511
11	2.415	1.129	-0.4588	1.7941	-0.8293	2.7386	-0.1199	0.384	-0.2433	-0.0581	0.1201	0.2231	0.4696	-0.6586	-0.0002	-0.0908	-0.1482	-0.0499	0.0522	-0.011	-0.111	20.8887	-32.7022	-98.97
12	2.7515	0.0896	-0.2755	1.8455	0.0401	3.2293	-0.1428	0.7068	-0.6152	-0.2755	0.1356	-0.043	1.0644	-0.3978	0.0072	0.1841	-0.2339	-0.0272	0.2361	-0.1729	0.0825	22.7477	-41.0875	-108.5581
13	1.8261	0.435	0.5516	1.0792	-0.0157	3.3482	-0.0633	0.1833	0.106	-0.0361	0.0392	0.0624	-0.1083	-0.2369	0.0241	-0.1766	-0.0342	0	-0.1908	0.0346	-0.1039	18.3801	-29.21	-71.2004
14	1.5376	0.4131	0.3057	1.4603	-0.5606	2.6361	-0.0575	-0.1526	-0.1213	0.095	-0.0054	-0.0316	0.2287	-0.2157	0.0629	-0.1984	-0.0444	0.0189	-0.1876	0.0604	-0.0764	15.7016	-37.7165	-59.3208
15	2.154	0.0046	-0.5014	2.4811	0.5422	2.1621	-0.1513	0.005	-0.5648	-0.0041	0.0635	0.0263	0.5703	-0.2603	0.0878	0.0078	-0.1405	0.0531	-0.1055	0.0481	0.0611	10.0127	-48.8662	-62.2923
16	3.0985	0.0749	-1.4656	0.8392	0.4645	2.7035	-0.0263	-0.0416	-0.2571	0.0714	-0.0636	-0.0044	0.4117	0.2452	0.0899	-0.0466	0.0597	-0.0226	-0.0588	-0.0044	-0.1018	146.3407	-27.0304	-6.9044
17	3.1392	-0.0459	-0.5284	0.2727	0.6948	3.6427	0.054	-0.3076	0.2655	0.1389	-0.1008	0.0741	-0.0665	0.3975	0.0468	-0.1284	0.0246	-0.0494	-0.0244	-0.0276	-0.0919	146.9058	-17.1538	4.1876
18	3.4794	0.3939	0.6051	1.5255	-0.4706	4.7585	-0.0989	0.126	0.6425	0.19	-0.2437	-0.143	-0.7269	0.671	0.3426	-0.0253	-0.0728	-0.0785	0.2171	-0.0019	0.0415	156.9398	-9.1354	3.2673
19	2.7368	0.2555	1.0906	1.359	0.4157	2.0832	0.0532	-0.0426	-0.1689	0.041	-0.0515	-0.026	0.2291	0.0831	-0.0017	-0.1079	-0.01	0.0247	-0.2063	-0.0418	-0.1418	119.0586	-19.9587	3.7899
20	1.3641	0.1585	0.7444	1.2243	0.3471	1.6053	-0.0214	-0.0818	0.023	-0.1174	-0.0172	0.2053	-0.0159	-0.2193	0.0387	-0.1122	0.0205	0.0267	-0.1636	-0.0518	-0.1696	107.0665	-11.3629	5.3319
21	1.5278	1.2922	-0.0954	2.2386	0.2141	1.9561	-0.0206	-0.0856	0.193	-0.0392	-0.0851	0.1242	-0.3257	-0.1666	0.1057	-0.0686	0.0388	0.0049	-0.1645	-0.07	-0.0934	109.998	-0.1479	11.2618
22	1.7243	-0.2408	-0.1925	1.4929	1.1492	3.0713	-0.0542	-0.1396	-0.0515	0.1258	-0.0116	0.0433	0.2335	-0.0742	0.0658	-0.0954	-0.046	-0.0146	-0.1955	-0.0085	-0.1444	98.8907	-24.015	-18.1752
23	1.4146	-0.1581	0.047	0.6977	0.3407	2.4579	-0.1222	0.0965	0.1167	-0.1307	0.0456	0.0913	-0.0185	-0.1947	0.0766	-0.1257	-0.0736	-0.0456	-0.155	0.0132	-0.1204	92.0877	-20.4659	-30.841
24	1.6095	-0.3016	0.1207	2.2857	0.7087	1.6136	-0.0495	0.0788	0.4736	-0.1636	-0.0085	0.2652	-0.3151	-0.2538	0.0579	-0.039	-0.0283	-0.1086	-0.0784	0.0036	0.0313	85.3629	-9.4764	-30.0205
25	3.6291	-0.5586	0.1074	0.9431	-0.2422	1.1674	-0.0757	-0.0114	-0.1592	-0.0179	0.0328	-0.0098	0.2483	-0.0579	0.043	-0.0183	-0.0905	0.031	-0.1705	-0.0199	-0.1806	113.8942	-33.5964	-42.6297
26	3.0572	0.112	-0.0851	0.2678	0.1025	1.2798	-0.0812	0.37	0.0085	-0.1047	0.0422	-0.1796	0.1368	0.1406	0.0391	-0.0371	-0.1182	0.0336	-0.0837	-0.0315	-0.1866	122.7086	-31.7365	-54.399
27	2.2205	-0.6917	0.4815	1.813	-0.1782	1.5999	-0.0572	0.5235	0.4018	-0.1334	-0.0378	-0.0686	-0.1155	0.0916	0.0949	0.0021	-0.123	0.0541	0.0477	0.0569	-0.1373	117.5245	-23.9037	-63.2538
28	1.8657	0.1778	0.7479	0.6104	0.5273	3.2626	-0.0749	-0.0752	-0.2698	0.0765	0.0329	0.0449	0.4161	0.0536	0.042	-0.0665	0.0113	0.0567	-0.1074	0.015	-0.0452	143.1926	-35.455	-35.7158
29	1.5418	0.3616	0.2388	0.9564	0.2406	2.1887	-0.0977	-0.1101	-0.1056	0.1269	0.073	-0.1436	0.254	0.3153	0.0247	-0.1273	0.0558	0.0507	-0.0118	-0.0292	-0.0562	156.68	-29.9333	-32.7925
30	1.9256	0.4627	-0.4775	1.6075	-0.8596	2.6087	-0.0781	0.0773	0.1533	-0.0812	0.1161	-0.1283	-0.0061	0.4242	-0.038	-0.1488	0.0026	0.0337	0.0722	-0.0273	-0.0143	162.0166	-24.0545	-42.9462

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1308
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	107 - 197
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1310
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	198 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1320 - 1321
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 106
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1308
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	107 - 197
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1310
11	X-RAY DIFFRACTION	6	B	198 - 307
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1320 - 1321
13	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 106
14	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1308
15	X-RAY DIFFRACTION	8	C	107 - 197
16	X-RAY DIFFRACTION	8	C	1310
17	X-RAY DIFFRACTION	9	C	198 - 307
18	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1320 - 1321
19	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 106
20	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1308
21	X-RAY DIFFRACTION	11	D	107 - 197
22	X-RAY DIFFRACTION	11	D	1310
23	X-RAY DIFFRACTION	12	D	198 - 307
24	X-RAY DIFFRACTION	12	D	1320 - 1321
25	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1 - 106
26	X-RAY DIFFRACTION	13	E	1308
27	X-RAY DIFFRACTION	14	E	107 - 197
28	X-RAY DIFFRACTION	14	E	1310
29	X-RAY DIFFRACTION	15	E	198 - 307
30	X-RAY DIFFRACTION	15	E	1320 - 1321
31	X-RAY DIFFRACTION	16	F	1 - 106
32	X-RAY DIFFRACTION	16	F	1308
33	X-RAY DIFFRACTION	17	F	107 - 197
34	X-RAY DIFFRACTION	17	F	1310
35	X-RAY DIFFRACTION	18	F	198 - 307
36	X-RAY DIFFRACTION	18	F	1320 - 1321
37	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1 - 106
38	X-RAY DIFFRACTION	19	G	1308
39	X-RAY DIFFRACTION	20	G	107 - 197
40	X-RAY DIFFRACTION	20	G	1310
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55	X-RAY DIFFRACTION	28	J	1 - 106
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57	X-RAY DIFFRACTION	29	J	107 - 197
58	X-RAY DIFFRACTION	29	J	1310
59	X-RAY DIFFRACTION	30	J	198 - 307
60	X-RAY DIFFRACTION	30	J	1320 - 1321

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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