PDB-2x6h: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE DROSOPHILA CLASS III PI3-KINASE VPS34

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x6h

タイトル

THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE DROSOPHILA CLASS III PI3-KINASE VPS34

要素

PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of nurse cell apoptotic process / omegasome / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / larval midgut cell programmed cell death / Macroautophagy / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II ...
類似検索 - 分子機能

Phosphatidylinositol 3-kinase, Vps34 type / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Miller, S. / Tavshanjian, B. / Oleksy, A. / Perisic, O. / Houseman, B.T. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Shaping Development of Autophagy Inhibitors with the Structure of the Lipid Kinase Vps34.
著者: Miller, S. / Tavshanjian, B. / Oleksy, A. / Perisic, O. / Houseman, B.T. / Shokat, K.M. / Williams, R.L.

履歴

登録	2010年2月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2x6h.cif.gz	229.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2x6h.ent.gz	183 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2x6h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2x6h_validation.pdf.gz	454.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2x6h_full_validation.pdf.gz	518.4 KB	表示
XML形式データ	2x6h_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	2x6h_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/2x6h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x6fC 2x6iC 2x6jC 2x6kC 1e8xS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x6f-d 2cb5-d 6ihk-d 2984 5qd4-d 4usa-1 2x6k-d 3ksy-d 4lxk-d 5qd1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (20) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F

B: PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F

158 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.600, 154.790, 243.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	329 - 565
2	1	1	6	B	329 - 565
1	2	1	6	A	606 - 619
2	2	1	6	B	606 - 619
1	3	1	6	A	631 - 634
2	3	1	6	B	631 - 634
1	4	1	6	A	706 - 739
2	4	1	6	B	706 - 739
1	5	1	6	A	753 - 769
2	5	1	6	B	753 - 769
1	6	1	6	A	786 - 804
2	6	1	6	B	786 - 804
1	7	1	6	A	833 - 949
2	7	1	6	B	833 - 949

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.006037, -0.1229, -0.9924), (-0.002617, -0.9924, 0.1229), (-1, 0.003339, 0.005669)
ベクター: 70.09, 108.2, 63.28)

#1: タンパク質	PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE 59F / GH13170P / VPS34 分子量: 78765.469 Da / 分子数: 2 / 断片: HELICAL DOMAIN, KINASE DOMAIN, RESIDUES 258-949 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 RIPL 参照: UniProt: Q9W1M7, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 455 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 455 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.22 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED IN 0.88M AMMONIUM SULPHATE, 100MM DI-POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE AND 100MM DI-SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE (TITRATED TO PH 7.5 WITH ORTHOPHOSPHORIC ACID).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→72.36 Å / Num. obs: 44562 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 3.39 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.77
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.86 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8X

1e8x

解像度: 2.9→72.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 37.781 / SU ML: 0.315 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.831 / ESU R Free: 0.382 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	2228	5 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.242	42331	95.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.81 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→72.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8886	0	0	30	8916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9101
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.656	1.964	12320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	25.632	7.75	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.598	23.779	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.692	15	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.708	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.286	0.2	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.329	0.2	6257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.723	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.686	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.489	1.5	5438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.961	2	8819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.265	3	3663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.256	4.5	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2636 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.54	5
2	B	loose positional	0.54	5
1	A	loose thermal	3.42	10
2	B	loose thermal	3.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	130	-
R_work	0.368	2744	-
obs	-	-	84.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9639	1.0239	0.438	10.6432	0.5879	0.3539	0.2596	-0.3701	0.3011	0.6877	-0.5456	0.6627	0.1707	-0.3295	0.286	0.7512	-0.0758	0.0771	0.9992	-0.1449	0.4144	13.3882	56.9783	48.5009
2	1.0626	1.9433	0.6847	4.2019	1.7125	1.0689	0.1349	-0.3663	0.2281	0.0165	-0.3902	0.4419	-0.0502	-0.2868	0.2553	0.4889	0.0734	-0.051	0.6619	0.031	0.4459	16.8292	56.7551	43.9979
3	1.3996	1.984	1.0459	4.063	1.9329	1.5442	-0.1106	-0.0134	0.0698	-0.1114	0.2079	0.0267	-0.16	0.0687	-0.0973	0.1423	0.0443	0.0243	0.2513	0.0858	0.1869	23.4798	56.5972	37.0388
4	0.8065	0.6169	0.5508	1.2477	0.9915	1.3879	-0.0748	0.0422	0.0044	-0.1789	0.2175	-0.1338	-0.1988	0.3332	-0.1427	0.1636	0.0017	0.0606	0.1684	0.0004	0.1614	32.8255	57.495	28.4107
5	0.5837	0.3876	0.8435	0.8864	0.8348	1.5062	-0.0945	-0.0215	0.0513	-0.007	0.1802	-0.163	-0.1011	0.2709	-0.0856	0.2927	-0.0124	0.0463	0.375	-0.1124	0.2246	34.0357	56.5234	28.8165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	291 - 344
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	291 - 344
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	345 - 421
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	345 - 420
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	532 - 561
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	532 - 560
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	567 - 748
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	566 - 748
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	749 - 948
10	X-RAY DIFFRACTION	5	B	749 - 949

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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