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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x21 | ||||||
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タイトル | Structure of Peridinin-Chlorophyll-Protein reconstituted with BChl-a | ||||||
要素 | PERIDININ-CHLOROPHYLL A-BINDING PROTEIN, CHLOROPLASTIC | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS / LIGHT-HARVESTING POLYPEPTIDE / LIGHT HARVESTING PROTEIN / ALPHA HELICAL / CHROMOPHORE / CHLOROPLAST / CAROTENOIDS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | AMPHIDINIUM CARTERAE (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Schulte, T. / Hiller, R.G. / Hofmann, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2010 タイトル: X-Ray Structures of the Peridinin-Chlorophyll-Protein Reconstituted with Different Chlorophylls. 著者: Schulte, T. / Hiller, R.G. / Hofmann, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x21.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x21.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x21.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2x21_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2x21_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2x21_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2x21_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x21 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 M
#1: タンパク質 | 分子量: 15954.204 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 57-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AMPHIDINIUM CARTERAE (真核生物) / 株: CS-21 / プラスミド: PND707 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P80484 |
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#4: 糖 | ChemComp-DGD / |
-非ポリマー , 8種, 262分子
#2: 化合物 | ChemComp-BCL / | ||||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-PID / #5: 化合物 | ChemComp-CD / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-K / #8: 化合物 | ChemComp-NA / | #9: 化合物 | ChemComp-PEG / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M CDCL2, 0,1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 20-24% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月2日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→43.01 Å / Num. obs: 21555 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3IIS 解像度: 1.75→43.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.738 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.01 Å
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拘束条件 |
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