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- PDB-2x0k: Crystal structure of modular FAD synthetase from Corynebacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x0k
タイトルCrystal structure of modular FAD synthetase from Corynebacterium ammoniagenes
要素RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
キーワードTRANSFERASE / RIBOFLAVIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


riboflavin kinase / FAD synthase / FMN adenylyltransferase activity / FAD biosynthetic process / riboflavin kinase activity / FMN biosynthetic process / riboflavin biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Riboflavin kinase, bacterial / FAD synthetase / FAD synthetase / Riboflavin kinase domain, bacterial/eukaryotic / Riboflavin kinase / Riboflavin kinase / Riboflavin kinase / Riboflavin kinase-like / Riboflavin kinase domain superfamily / HUPs ...Riboflavin kinase, bacterial / FAD synthetase / FAD synthetase / Riboflavin kinase domain, bacterial/eukaryotic / Riboflavin kinase / Riboflavin kinase / Riboflavin kinase / Riboflavin kinase-like / Riboflavin kinase domain superfamily / HUPs / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYROPHOSPHATE / Bifunctional riboflavin kinase/FMN adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM AMMONIAGENES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Herguedas, B. / Hermoso, J.A. / Martinez-Julvez, M. / Medina, M. / Frago, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Oligomeric State in the Crystal Structure of Modular Fad Synthetase Provides Insights Into its Sequential Catalysis in Prokaryotes
著者: Herguedas, B. / Martinez-Julvez, M. / Frago, S. / Medina, M. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2009年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
B: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3136
ポリマ－73,7652
非ポリマー5484
水9,422523
1
A: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
B: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
ヘテロ分子

A: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
B: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
ヘテロ分子

A: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
B: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,93818
ポリマ－221,2946
非ポリマー1,64412
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_664-y+3/2,-z+1,x-1/21
crystal symmetry operation6_566z+1/2,-x+3/2,-y+11
Buried area19770 Å2
ΔGint-177.2 kcal/mol
Surface area82800 Å2
手法PISA
2
A: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1563
ポリマ－36,8821
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1563
ポリマ－36,8821
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.472, 133.472, 133.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

-
要素

#1: タンパク質 RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS PROTEIN RIBF


分子量: 36882.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM AMMONIAGENES (バクテリア)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59263
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1.5M LI2SO4, 0.1 M HEPES-NAOH, PH 7.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-210.933
シンクロトロンESRF BM1620.97919, 0.97942, 0.90752
検出器
タイプID検出器
ADSC CCD1CCD
ADSC CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9331
20.979191
30.979421
40.907521
反射解像度: 1.95→54.23 Å / Num. obs: 57834 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→94.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.813 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. ALTERNATIVE CONFORMATIONS WITH 0.5 OCCUPANCY HAVE BEEN MODELED FOR RESIDUES A195, B1195, A323-A331 AND B1321-B1331.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23711 4189 7.3 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.20676 53568 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.147 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→94.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5200 0 28 523 5751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9931.9537486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79338758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2825695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91223.906256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.39715865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg131538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.23688
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.22852
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1720.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1010.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6971.54435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0781.51412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79425569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1932329
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7294.51917
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 301 -
Rwork0.227 3913 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8216-0.7555-0.49311.31480.70390.9355-0.0708-0.07570.04960.10440.124-0.01550.0674-0.0024-0.0533-0.02060.010.0143-0.0262-0.0004-0.042853.0989123.860437.2396
20.7589-0.00910.16550.30870.20810.8433-0.00390.0535-0.0001-0.01490.0270.0173-0.04890.0442-0.02310.0021-0.01160.0035-0.04870.0089-0.017357.7015103.681412.1033
31.167-1.59630.53143.2649-0.36340.83520.28880.1661-0.1074-0.4559-0.27710.18030.09810.0647-0.0116-0.00280.0327-0.0526-0.0119-0.0107-0.024139.8266111.1783-14.1427
40.24840.20220.52161.40340.00642.0279-0.0845-0.04890.05830.0143-0.00230.0165-0.09610.06190.0867-0.06750.0191-0.054-0.021-0.0194-0.009938.728133.37669.6961
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 186
2X-RAY DIFFRACTION2A187 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3B1001 - 1186
4X-RAY DIFFRACTION4B1187 - 1338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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