PDB-2wyo: Trypanosoma brucei glutathione synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wyo

タイトル

Trypanosoma brucei glutathione synthetase

要素

GLUTATHIONE SYNTHETASE

キーワード

LIGASE / ATP-GRASP

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione synthase / glutathione synthase activity / glutathione binding / nucleolus / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Fyfe, P.K. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2010
タイトル: Structure of Trypanosoma Brucei Glutathione Synthetase; Domain and Loop Alterations in the Catalytic Cycle of a Highly Conserved Enzyme.
著者: Fyfe, P.K. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2009年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2011年12月7日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wyo.cif.gz	387.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wyo.ent.gz	315.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wyo_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wyo_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	2wyo_validation.xml.gz	73.5 KB	表示
CIF形式データ	2wyo_validation.cif.gz	98.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/2wyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1m0wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hvg-d 4e8c-d 2qga-d 4axd-1 4mad-d 6mwr-d 5y4l-d 6bxj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (1) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#212 - 2017年8月
グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (1)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GLUTATHIONE SYNTHETASE

B: GLUTATHIONE SYNTHETASE

C: GLUTATHIONE SYNTHETASE

D: GLUTATHIONE SYNTHETASE

ヘテロ分子

251 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: GLUTATHIONE SYNTHETASE

D: GLUTATHIONE SYNTHETASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: GLUTATHIONE SYNTHETASE

B: GLUTATHIONE SYNTHETASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.590, 125.150, 243.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	GLU	GLU	A	A	114 - 125	121 - 132
2	1	1	MET	MET	GLU	GLU	B	B	114 - 125	121 - 132
3	1	1	MET	MET	GLU	GLU	C	C	114 - 125	121 - 132
4	1	1	MET	MET	GLU	GLU	D	D	114 - 125	121 - 132
1	2	1	MET	MET	ALA	ALA	A	A	493 - 506	500 - 513
2	2	1	MET	MET	ALA	ALA	B	B	493 - 506	500 - 513
3	2	1	MET	MET	ALA	ALA	C	C	493 - 506	500 - 513
4	2	1	MET	MET	ALA	ALA	D	D	493 - 506	500 - 513
1	3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	A	A	520 - 533	527 - 540
2	3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	B	B	520 - 533	527 - 540
3	3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	C	C	520 - 533	527 - 540
4	3	1	LEU	LEU	PRO	PRO	D	D	520 - 533	527 - 540
1	4	1	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	52 - 73	59 - 80
2	4	1	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	52 - 73	59 - 80
3	4	1	GLY	GLY	ARG	ARG	C	C	52 - 73	59 - 80
4	4	1	GLY	GLY	ARG	ARG	D	D	52 - 73	59 - 80
1	1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	A	A	154 - 174	161 - 181
2	1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	B	B	154 - 174	161 - 181
3	1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	C	C	154 - 174	161 - 181
4	1	2	LEU	LEU	LYS	LYS	D	D	154 - 174	161 - 181
1	1	3	SER	SER	GLN	GLN	A	A	203 - 221	210 - 228
2	1	3	SER	SER	GLN	GLN	B	B	203 - 221	210 - 228
3	1	3	SER	SER	GLN	GLN	C	C	203 - 221	210 - 228
4	1	3	SER	SER	GLN	GLN	D	D	203 - 221	210 - 228
1	1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	396 - 471	403 - 478
2	1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	396 - 471	403 - 478
3	1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	396 - 471	403 - 478
4	1	4	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	396 - 471	403 - 478

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	GLUTATHIONE SYNTHETASE 分子量: 62231.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TRYPANOSOMA BRUCEI (トリパノソーマ) プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: Q57UN0, glutathione synthase
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→39.5 Å / Num. obs: 49689 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 77.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0097	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M0W

1m0w

解像度: 3.15→39.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 48.843 / SU ML: 0.395 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.512 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27671	2483	5 %	RANDOM
R_work	0.20258	-	-	-
obs	0.2063	47141	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.247 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→39.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15545	0	115	22	15682

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	15980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10790
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.426	1.967	21656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.917	3	26263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.324	5	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.069	23.766	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.521	15	2681
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.516	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	2453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	17681
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.426	1.5	9929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.061	1.5	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.816	2	15985
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.034	3	6051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.843	4.5	5671
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	822	medium positional	0.35	0.5
1	4	D	822	medium positional	0.36	0.5
1	3	C	822	medium positional	0.43	0.5
1	2	B	822	medium positional	0.35	0.5
2	1	A	287	medium positional	0.49	0.5
2	4	D	287	medium positional	0.3	0.5
2	3	C	287	medium positional	0.41	0.5
2	2	B	287	medium positional	0.35	0.5
3	1	A	233	medium positional	0.55	0.5
3	4	D	233	medium positional	0.34	0.5
3	3	C	233	medium positional	0.47	0.5
3	2	B	233	medium positional	0.33	0.5
4	1	A	346	medium positional	0.97	0.5
4	4	D	346	medium positional	0.8	0.5
4	3	C	346	medium positional	0.99	0.5
4	2	B	346	medium positional	0.73	0.5
1	1	A	822	medium thermal	0.41	2
1	4	D	822	medium thermal	0.35	2
1	3	C	822	medium thermal	0.39	2
1	2	B	822	medium thermal	0.38	2
2	1	A	287	medium thermal	0.41	2
2	4	D	287	medium thermal	0.41	2
2	3	C	287	medium thermal	0.38	2
2	2	B	287	medium thermal	0.36	2
3	1	A	233	medium thermal	0.54	2
3	4	D	233	medium thermal	0.44	2
3	3	C	233	medium thermal	0.98	2
3	2	B	233	medium thermal	0.5	2
4	1	A	346	medium thermal	0.22	2
4	4	D	346	medium thermal	0.25	2
4	3	C	346	medium thermal	0.25	2
4	2	B	346	medium thermal	0.25	2

LS精密化シェル

解像度: 3.15→3.231 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	179	-
R_work	0.251	3405	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1225	2.4262	0.8763	3.9905	0.3	1.9632	0.1603	-0.3552	0.1117	0.6423	-0.0739	0.0063	-0.0593	-0.0292	-0.0864	0.3281	0.0716	-0.1425	0.1423	0.0418	0.2489	-33.5998	23.6348	-28.9719
2	2.8305	0.9144	-0.1108	2.703	-0.2253	3.3817	-0.064	0.1309	0.2363	0.2786	0.0718	-0.1324	-0.209	0.4939	-0.0078	0.3231	-0.071	-0.2242	0.0947	0.0072	0.3997	-22.4912	35.8178	-35.6836
3	2.9847	1.7611	2.9399	5.3554	2.8183	5.7634	0.0704	-0.3752	-0.1018	1.4072	0.2198	-1.438	-0.1794	0.9597	-0.2902	1.1032	-0.0994	-0.3911	0.8429	0.0165	0.9157	-23.5373	15.5207	-10.5408
4	6.2678	6.13	-1.2691	6.835	-1.4133	2.0518	0.1266	-0.2595	0.6788	0.4394	0.1375	0.4179	-0.3065	-0.0226	-0.2641	0.4805	0.0395	-0.2246	0.2226	-0.1033	0.3096	-33.5288	32.2872	-27.8334
5	3.6846	-0.6477	-1.4033	2.1403	0.686	2.7262	0.0964	-0.3964	0.4102	0.1375	0.0636	-0.0998	-0.4468	0.2436	-0.1601	0.1307	-0.0249	-0.0268	0.0643	-0.0657	0.1103	-34.6206	-5.2775	6.8136
6	5.4331	-0.9886	-1.7039	1.6606	0.4772	2.5073	-0.0307	-0.1862	-0.1011	0.2233	0.0788	0.2552	0.0002	-0.0374	-0.0481	0.0445	-0.0012	0.0216	0.0442	0.0227	0.069	-41.5524	-12.4383	4.7605
7	3.1933	-0.2528	0.083	2.7866	-0.1117	4.563	0.0621	-0.1529	0.6251	0.1458	0.0766	0.1457	-0.7791	-0.2781	-0.1387	0.1423	0.0561	0.0439	0.1047	-0.0397	0.2359	-50.6602	0.5465	4.9797
8	5.1158	-0.5953	-0.3265	2.2832	0.0546	3.4148	-0.1065	-1.1089	0.9164	0.6832	0.1807	-0.2289	-0.3838	0.4542	-0.0742	0.2584	-0.0077	-0.0419	0.3009	-0.1858	0.2212	-33.6271	-6.0892	15.743
9	2.4075	-1.4006	-0.2673	2.4154	0.1229	1.3148	0.2785	0.4194	0.094	-0.6257	-0.2527	-0.0373	-0.2732	0.0653	-0.0258	0.2267	0.0043	-0.01	0.1551	0.0561	0.0359	-26.9402	-18.6938	-31.6178
10	16.8306	-9.918	1.5495	8.7851	-0.8788	2.5044	0.471	-1.4212	-1.6276	-0.4913	0.2823	1.6168	0.0691	-1.0552	-0.7533	0.145	-0.0577	-0.073	0.5995	0.2356	0.4713	-35.8493	-25.0833	-23.132
11	2.7256	-0.5354	0.7791	2.7006	-0.2256	3.4031	0.0774	0.3887	0.3598	-0.4226	-0.0969	-0.423	-0.3705	0.4668	0.0194	0.1193	-0.0234	0.0745	0.131	0.0506	0.156	-9.4812	-25.9674	-27.4794
12	3.8551	-1.6924	-0.2504	2.4342	1.3926	3.3987	0.4456	1.1348	0.4126	-1.1988	-0.3677	-0.2365	-0.8177	0.0543	-0.0779	0.6768	0.0156	0.0469	0.4294	0.0925	0.2425	-27.8882	-18.7307	-40.8931
13	4.1556	0.9493	1.4617	1.2616	0.4931	3.2846	0.1594	0.6831	-0.3148	-0.4056	0.053	-0.1279	0.4876	0.331	-0.2125	0.4464	0.0662	-0.1371	0.1799	-0.0533	0.2315	-45.2639	11.9926	-68.8819
14	6.8725	4.6962	2.7881	3.6468	2.0639	4.8928	-0.3872	0.6562	0.5928	-0.7105	0.1607	0.2475	-0.6126	0.5517	0.2265	0.581	0.1913	0.0055	0.348	0.1706	0.3221	-37.6176	28.2349	-66.7549
15	2.5678	-0.4051	1.1931	2.4592	-0.8722	6.1249	0.2549	0.0412	-0.5251	-0.38	0.0288	0.1474	1.1403	-0.2501	-0.2837	0.359	-0.071	-0.2193	0.12	-0.005	0.3411	-56.1114	5.3709	-61.2257
16	3.2868	0.5619	0.8549	3.2759	-0.1194	5.3328	-0.066	1.3075	-0.7297	-1.1714	0.18	-0.343	0.476	0.8761	-0.114	0.7227	-0.0426	-0.093	0.7306	-0.1237	0.3969	-43.9663	14.6207	-78.1973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-6 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	185 - 395
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	396 - 493
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	494 - 555
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	-1 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	102 - 234
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	247 - 405
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	406 - 555
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	-1 - 174
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	175 - 221
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	222 - 403
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	404 - 555
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	0 - 127
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	138 - 186
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	187 - 391
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	392 - 555

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)