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- PDB-2wu7: Crystal Structure of the Human CLK3 in complex with V25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wu7
タイトルCrystal Structure of the Human CLK3 in complex with V25
要素DUAL SPECIFICITY PROTEIN KINASE CLK3
キーワードTRANSFERASE / KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...dual-specificity kinase / intermediate filament cytoskeleton / regulation of RNA splicing / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / acrosomal vesicle / protein tyrosine kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V25 / Dual specificity protein kinase CLK3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Fedorov, O. / King, O. / Filippakopoulos, P. / Bullock, A.N. / Phillips, C. / Heightman, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. ...Muniz, J.R.C. / Fedorov, O. / King, O. / Filippakopoulos, P. / Bullock, A.N. / Phillips, C. / Heightman, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bracher, F. / Huber, K. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Chem.Biol / 年: 2011
タイトル: Specific Clk Inhibitors from a Novel Chemotype for Regulation of Alternative Splicing.
著者: Fedorov, O. / Huber, K. / Eisenreich, A. / Filippakopoulos, P. / King, O. / Bullock, A.N. / Szklarczyk, D. / Jensen, L.J. / Fabbro, D. / Trappe, J. / Rauch, U. / Bracher, F. / Knapp, S.
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN KINASE CLK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6799
ポリマ－44,7901
非ポリマー8898
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.870, 62.200, 75.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DUAL SPECIFICITY PROTEIN KINASE CLK3 / CDC-LIKE KINASE 3 / CDC-LIKE KINASE 3 ISOFORM HCLK3


分子量: 44790.062 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 127-484 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: P49761, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-V25 / ethyl 3-[(E)-2-amino-1-cyanoethenyl]-6,7-dichloro-1-methyl-1H-indole-2-carboxylate


分子量: 338.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13Cl2N3O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→37.32 Å / Num. obs: 19231 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.12 / 冗長度: 6.59 % / Biso Wilson estimate: 18.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.26
反射 シェル解像度: 2.24→2.29 Å / 冗長度: 4.42 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.8.0精密化
SADABSデータ削減
SAINTデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→28.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9183 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8632 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 1034 5.38 %RANDOM
Rwork0.1904 ---
obs0.1934 19231 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1476 Å20 Å2-4.1909 Å2
2--1.9276 Å20 Å2
3----0.78 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 49 163 3028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012953HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.074001HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1011SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes79HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes435HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2953HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.21
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion363SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3596SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 133 4.77 %
Rwork0.2103 2655 -
all0.2135 2788 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5377-0.45940.68520.30060.30892.65120.0163-0.0522-0.03350.14830.0562-0.0425-0.23250.1244-0.07260.1014-0.0136-0.0023-0.0130.0077-0.015247.047816.203216.9894
20.52510.2714-0.466800.20310.14210.01620.113-0.0123-0.032-0.0423-0.02570.0209-0.03480.0262-0.00350.006-0.0055-0.04210.0186-0.073526.161710.390718.0682
30.5337-0.1251-0.59320.90050.20550.2578-0.0070.1019-0.01010.031-0.04490.15570.1396-0.20140.0519-0.0276-0.0197-0.0014-0.0618-0.0074-0.083310.61658.250528.6172
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 135-196
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 197-378
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 379-482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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