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- PDB-2wtp: Crystal Structure of Cu-form Czce from C. metallidurans CH34 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wtp
タイトルCrystal Structure of Cu-form Czce from C. metallidurans CH34
要素ORF131 PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / HEAVY METAL / COPPER BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heavy-metal resistance protein CzcE / Heavy-metal resistance protein CzcE / CzcE superfamily / Heavy-metal resistance protein CzcE / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / CzcE, involved in Cd(II), Zn(II), Co(II) resistance / ORF131 protein
類似検索 - 構成要素
生物種RALSTONIA METALLIDURANS CH34 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Haertlein, I. / Girard, E. / Sarret, G. / Hazemann, J. / Gourhant, P. / Kahn, R. / Coves, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence for Conformational Changes Upon Copper Binding to Cupriavidus Metallidurans Czce.
著者: Petit-Haertlein, I. / Girard, E. / Sarret, G. / Hazemann, J. / Gourhant, P. / Kahn, R. / Coves, J.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Czce from Cupriavidus Metallidurans Ch34 is a Copper-Binding Protein.
著者: Zoropogui, A. / Gambarelli, S. / Coves, J.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Overproduction, Purification and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Czce from Cupriavidus Metallidurans Ch34.
著者: Pompidor, G. / Zoropogui, A. / Kahn, R. / Coves, J.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF131 PROTEIN
B: ORF131 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,77021
ポリマ－27,6982
非ポリマー1,07219
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-100.4 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.000, 29.530, 71.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.41, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2043-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ORF131 PROTEIN / CZCE


分子量: 13848.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RALSTONIA METALLIDURANS CH34 (バクテリア)
プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58AL9, UniProt: Q1LAJ1*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 219分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: PEG4K, MGCL2, TRIS PH 8.5, GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: KB FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→19.14 Å / Num. obs: 32477 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→19.141 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 1645 5.1 %
Rwork0.1599 --
obs0.1613 32477 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.04 Å2 / ksol: 0.441 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1375 0 47 200 1622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0261488
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4482017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.919565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.151227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5001-1.54420.18871200.17872560X-RAY DIFFRACTION99
1.5442-1.5940.18891510.16892532X-RAY DIFFRACTION100
1.594-1.6510.20771380.16752564X-RAY DIFFRACTION100
1.651-1.7170.22571370.15882534X-RAY DIFFRACTION100
1.717-1.79510.20341230.15282550X-RAY DIFFRACTION100
1.7951-1.88970.17121410.14352569X-RAY DIFFRACTION100
1.8897-2.00790.16071350.13762564X-RAY DIFFRACTION100
2.0079-2.16280.21431390.14492581X-RAY DIFFRACTION100
2.1628-2.38010.17411480.14622571X-RAY DIFFRACTION100
2.3801-2.72360.16541410.15732579X-RAY DIFFRACTION100
2.7236-3.42830.17441290.15052623X-RAY DIFFRACTION100
3.4283-19.14260.18551430.16332605X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.28760.010.35230.33491.1923-1.15280.11720.06570.0852-0.4386-0.17070.0537-0.1295-0.00090.09910.23490.0352-0.02260.089-0.00540.132513.42223.69820.8671
20.34050.4268-0.1381-0.0087-0.190.26650.03320.0212-0.0643-0.0386-0.031-0.09580.0787-0.02510.0030.123-0.0016-0.00110.0752-0.00440.123728.547125.74334.3975
30.5110.40230.03040.66240.22960.465-0.01530.0157-0.1068-0.0150.0536-0.09060.02720.0419-0.02110.09370.00220.00690.0723-0.00190.123523.460721.861235.0269
40.3962-0.49020.07870.13340.23790.1645-0.04570.05090.01410.05280.0183-0.04910.12290.00960.00110.102-0.00720.00160.0915-0.00830.11520.633218.284328.9495
50.0917-0.2383-0.29031.26640.61150.3415-0.0734-0.0704-0.08070.3544-0.0075-0.10820.12560.06780.07180.15460.01020.00680.0725-0.00150.085811.799424.769543.8314
60.7126-0.02310.84490.2126-0.2832-0.26850.2261-0.2101-0.04460.178-0.182-0.0252-0.0370.4153-0.0620.2592-0.01730.01390.25840.02540.100530.571812.339864.3921
70.5596-0.8794-0.14380.20380.62490.4712-0.06650.01850.0289-0.01810.0730.00580.06920.0323-0.00780.1206-0.00210.00690.06910.01110.096727.722111.475845.7619
80.2807-0.03270.32310.4828-0.2840.5287-0.0798-0.0725-0.00460.14940.00960.0080.0180.05510.01530.11560.01690.01640.07850.01180.071125.528212.271752.0818
90.1898-0.0981-0.16170.25550.04980.3214-0.050.0286-0.00140.0940.0002-0.19060.15690.32390.06130.16070.0431-0.02170.210.00140.117434.436713.958853.4682
100.1374-0.0214-0.08670.3696-0.13950.6041-0.01720.07150.01560.11650.02020.0223-0.2584-0.026400.11940.0153-0.00210.0834-0.00640.106721.74419.345551.3219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 13:28)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 29:44)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 45:76)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 77:97)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 98:105)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 16:28)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 29:61)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 62:78)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 79:92)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 93:104)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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