PDB-2wte: The structure of the CRISPR-associated protein, Csa3, from Sulfol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wte

タイトル

The structure of the CRISPR-associated protein, Csa3, from Sulfolobus solfataricus at 1.8 angstrom resolution.

要素

CSA3

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL RESISTANCE / WINGED HELIX-TURN-HELIX / RNAI / PRNAI NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to virus / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lintner, N.G. / Alsbury, D.L. / Copie, V. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Structure of the Crispr-Associated Protein Csa3 Provides Insight Into the Regulation of the Crispr/Cas System.
著者: Lintner, N.G. / Frankel, K.A. / Tsutakawa, S.E. / Alsbury, D.L. / Copie, V. / Young, M.J. / Tainer, J.A. / Lawrence, C.M.

履歴

登録	2009年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wte.cif.gz	182.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wte.ent.gz	155.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wte_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wte_full_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示
XML形式データ	2wte_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	2wte_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6w11-d 7kx5-1 2d2d-d 6ya0-1 5rgw-1 5rf9-1 7jw8-1 5rg0-1 5rfe-1 7aha-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CSA3

B: CSA3

ヘテロ分子

56.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.426, 89.853, 102.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CSA3 分子量: 28233.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONINE-INCORPORATED / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / プラスミド: PDEST14 (INVITROGEN) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-PLYSS / 参照: UniProt: Q97Y88
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG ADDED FOR PURIFICATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 40% MPD, 5% PEG-8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.91737
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR, SINGLE CRYSTAL SI(311) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)
放射	モノクロメーター: SIDE-SCATTERING CUBEROOT I- BEAM BENT SINGLE CRYSTAL, ASYMETRIC CUT 12.2 DEGS プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91737 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 46357 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0036	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE-RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→67.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.817 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21994	2367	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17967	-	-	-
obs	0.1817	43935	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.313 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→67.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3350	0	4	164	3518

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3450
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	2.006	4656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.859	3	5981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.266	5	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.381	23.869	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.526	15	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.139	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.153	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.308	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.125	3	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.91	3	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.268	4	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.949	12	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.319	18	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	174	-
R_work	0.234	3202	-
obs	-	-	99.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1017	2.0483	-0.915	4.3894	-0.5399	6.9088	0.0066	-0.4798	-0.3493	0.1255	-0.0561	0.0351	0.1952	0.0772	0.0495	0.0721	0.0044	-0.0189	0.2278	0.0431	0.189	9.2817	62.1699	74.4506
2	4.2565	-0.1461	-1.7535	2.359	-0.5282	2.1525	-0.009	0.0012	-0.2139	-0.3433	-0.0513	0.0198	0.1994	-0.0076	0.0602	0.1086	0.0199	-0.0208	0.1773	0.0058	0.168	5.7956	61.4952	65.3008
3	4.5996	1.1143	-1.805	2.9114	-1.0855	3.0447	0.0048	-0.0368	-0.2921	0.0129	0.0539	0.048	0.2603	-0.101	-0.0587	0.0964	0.0252	-0.0186	0.1804	-0.0065	0.1579	2.9631	62.2324	67.8429
4	2.7998	1.4567	-0.7628	1.9025	-0.6673	2.393	-0.0209	0.112	0.2531	-0.1238	0.1348	0.1492	-0.0984	-0.2923	-0.1139	0.1123	0.0496	-0.0076	0.1332	-0.0253	0.1677	12.4751	75.538	66.5047
5	2.0378	-0.0477	-0.2763	2.3948	0.5716	2.6845	0.0538	-0.1216	-0.0422	0.0973	-0.0077	-0.0212	0.072	-0.1145	-0.0462	0.0686	0.0027	-0.0125	0.1098	-0.0077	0.1176	18.3349	68.9485	74.0585
6	5.6915	4.0558	0.5999	11.9839	2.998	6.3255	0.3311	-0.055	0.3773	-0.4166	-0.3159	0.1248	-0.5043	-0.0581	-0.0152	0.1897	0.0322	0.0038	0.1665	-0.0427	0.1764	23.8189	83.0276	83.3981
7	4.2961	-0.3561	-1.0947	5.6131	-1.8084	7.9757	-0.2001	-0.3591	0.2494	0.3273	0.4216	-0.8485	-0.3769	0.8941	-0.2215	0.2073	-0.0427	-0.0072	0.2875	-0.1797	0.2196	32.1726	84.8036	97.7636
8	4.5029	-0.4859	-1.833	10.8292	6.2257	9.9551	0.113	0.128	0.5009	0.5704	0.4026	-0.1211	-0.5268	0.2693	-0.5156	0.2715	0.0048	0.1557	0.0947	-0.0432	0.1132	24.0489	88.5204	100.1435
9	3.3766	-1.6988	-2.712	3.4157	1.7769	12.7243	-0.3072	-0.3049	-0.2813	0.6249	0.2273	0.0451	0.6001	0.2307	0.0799	0.2351	0.0194	0.0322	0.1765	-0.0268	0.113	27.2161	77.5148	95.4975
10	3.3642	0.2907	-2.0045	5.6972	-1.0664	6.6158	-0.0017	0.242	-0.033	-0.158	0.05	-0.0425	0.1073	-0.0321	-0.0483	0.0679	0.0313	-0.0084	0.1374	0.0143	0.1536	37.9177	66.6371	62.3236
11	3.3612	0.5601	-1.4962	1.0285	-0.1092	3.1626	-0.0671	-0.0456	-0.2342	0.0764	0.0637	-0.0396	0.4504	0.084	0.0034	0.1264	0.0227	-0.0184	0.1101	0.0122	0.1522	41.7686	60.169	68.7152
12	3.2459	0.4076	-2.4871	2.513	-1.0213	5.6111	0.0463	-0.0822	-0.1843	-0.0599	-0.0005	0.0523	0.1207	0.067	-0.0458	0.0576	0.0171	-0.0211	0.138	0.0202	0.1518	43.8561	63.0579	67.8173
13	3.803	0.6665	-1.2406	1.3817	-0.3853	3.62	0.1228	-0.4417	0.0913	0.1817	-0.0511	0.0246	-0.037	0.2968	-0.0717	0.1125	0.0073	-0.0093	0.1021	-0.027	0.1501	34.5917	72.1858	76.7103
14	2.4249	0.4773	-0.0567	1.9418	-0.2024	2.2345	0.018	0.0092	-0.0153	-0.0783	-0.0294	0.0307	-0.0059	-0.011	0.0114	0.0743	0.0205	-0.0077	0.0723	-0.0131	0.1088	28.7044	71.5922	66.5192
15	10.8398	-6.9796	-3.489	9.948	5.7249	4.2497	-0.0846	-0.5025	0.2361	0.3309	0.2634	-0.5987	-0.0435	0.0394	-0.1788	0.1861	0.0433	-0.0425	0.0952	-0.032	0.1343	23.1973	87.9731	68.0592
16	4.0995	2.6464	4.2504	7.2982	5.0564	13.1781	-0.3517	-0.1412	0.6728	-0.56	-0.0016	0.6167	-0.538	-0.2434	0.3534	0.2547	0.0478	-0.1355	0.0442	0.0102	0.1888	13.3805	97.3708	59.6196
17	4.2457	0.9473	-0.9794	20.2698	2.8456	5.4361	-0.1397	0.1466	0.0047	-1.0965	0.2032	-0.4312	-0.9648	0.3841	-0.0635	0.441	-0.1562	-0.0921	0.0502	0.0538	0.117	21.4938	103.6412	57.3503
18	6.6391	0.2772	0.3966	8.2368	-2.1959	8.0393	-0.0684	0.2524	-0.0383	-0.3976	0.1391	0.3037	-0.4301	-0.076	-0.0707	0.205	0.0515	-0.0612	0.0807	-0.0042	0.0939	16.6879	90.1448	59.3826

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	69 - 93
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	94 - 133
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	134 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	144 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	164 - 187
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	188 - 212
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1 - 24
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	25 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	52 - 68
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	69 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	94 - 133
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	134 - 143
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	144 - 160
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	161 - 186
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	187 - 215

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)