PDB-2wlc: Crystallographic analysis of the polysialic acid O-acetyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wlc

タイトル

Crystallographic analysis of the polysialic acid O-acetyltransferase OatWY

要素

POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / ENZYME / ACETYLTRANSFERASE / LEFT-HANDED BETA HELIX

機能・相同性

機能・相同性情報

polysialic-acid O-acetyltransferase activity / protein homotrimerization / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP Y (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Lee, H.J. / Rakic, B. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural and Kinetic Characterizations of the Polysialic Acid O-Acetyltransferase Oatwy from Neisseria Meningitidis.
著者: Lee, H.J. / Rakic, B. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.J.

履歴

登録	2009年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wlc.cif.gz	62.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wlc.ent.gz	48.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wlc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wlc_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wlc_full_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示
XML形式データ	2wlc_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	2wlc_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wlc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wldC 2wleC 2wlfC 2wlgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wle-d 2c5h-d 2v7x-d 1wu8-d 3b7k-d 6m9x-d 2q6k-1 1rqp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (3) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	199.635, 199.635, 199.635
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

#1: タンパク質	POLYSIALIC ACID O-ACETYLTRANSFERASE 分子量: 23731.191 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LEFT-HANDED BETA HELIX 由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP Y (髄膜炎菌) 株: 406Y / プラスミド: PET-28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q93S40
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 67 TO ILE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 % 解説: STARTING MODEL WAS ONE OF MY NAI SOAKING SIRAS STRUCTURES.
結晶化	pH: 4.6 詳細: 100 MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 4.6, 1.0 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC, 100 MM LITHIUM SULFATE MONOHYDRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 25297 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 10 / 冗長度: 46.9 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 68
反射シェル	最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 47.6 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: IN-HOUSE STRUCTURE

解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.878 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20885	1290	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17239	-	-	-
obs	0.17421	24017	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1628	0	57	214	1899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.536	1.961	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.97	3	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.47	5	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.957	25.27	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.647	15	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.537	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.692	1.5	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.21	1.5	447
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.385	2	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.566	3	673
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.058	4.5	607
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.951→2.002 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	89	-
R_work	0.162	1732	-
obs	-	-	99.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4607	4.1265	8.666	2.9923	5.4089	11.2459	0.4492	0.2076	-0.8017	0.2573	-0.05	-0.0548	0.7873	-0.3451	-0.3992	0.2125	-0.1046	-0.0181	0.2558	-0.0668	0.3552	2.8187	34.0109	-0.5186
2	1.3549	-0.0014	0.1114	0.9828	0.9364	2.6739	0.0549	-0.06	-0.136	0.0593	-0.0285	0.0932	0.1545	-0.1889	-0.0264	0.0527	-0.0164	0.0092	0.0785	0.0028	0.1161	5.0847	37.133	-9.6343
3	12.089	4.1675	16.2808	1.6401	5.1187	23.8806	-0.3664	-0.1696	0.3819	-0.0894	-0.0523	0.1347	-0.6712	-0.1656	0.4187	0.0554	0.009	0.0358	0.0808	-0.0126	0.0991	12.0627	43.6426	-12.4976
4	3.1242	1.4607	2.3323	1.6825	1.6339	3.7715	0.0574	0.009	-0.0273	0.0522	0.0122	-0.0457	0.0881	0.0367	-0.0696	0.0419	0.0035	0.0171	0.0566	-0.0109	0.0811	14.44	37.609	-19.5214
5	8.6872	0.2685	3.4977	2.9796	1.3667	3.8666	-0.0843	0.042	0.3136	-0.0834	0.1197	-0.0533	-0.1422	0.187	-0.0354	0.0408	0.003	0.0146	0.0696	-0.0412	0.0577	35.129	43.597	-10.2827
6	1.7297	-0.2749	1.6328	0.9003	0.1349	3.8754	-0.0256	0.2545	0.0808	-0.1481	-0.003	-0.1415	-0.1213	0.5328	0.0286	0.0507	-0.0128	-0.0015	0.1018	-0.0011	0.0914	19.4332	40.6449	-31.0343
7	3.1062	-1.4744	4.9564	2.3392	-4.9696	12.1208	-0.0165	-0.0856	-0.2352	-0.1395	0.198	0.0059	0.1936	-0.4519	-0.1815	0.032	0.0131	-0.0216	0.1322	-0.0453	0.0846	2.0263	36.6923	-41.891
8	47.0994	10.2111	12.1481	19.1105	-0.8051	8.8121	-0.6681	1.2942	0.5021	-1.4592	0.7503	-1.187	-0.6878	0.1921	-0.0822	0.5811	0.019	0.0519	0.1196	-0.124	0.3108	3.3518	47.0366	-38.9703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	75 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	85 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	118 - 135
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	136 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	196 - 210
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	211 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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