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- PDB-2wgl: Crystal structure of Helicobactor pylori UreF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wgl
タイトルCrystal structure of Helicobactor pylori UreF
要素UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CYTOPLASM / VIRULENCE / CHAPERONE / NICKEL INSERTION
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / UreF domain superfamily / UreF / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Urease accessory protein UreF
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2 Å
データ登録者Fong, Y.H. / Chen, Y.W. / Wong, K.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of H. Pylori Uref
著者: Fong, Y.H. / Chen, Y.W. / Wong, K.B.
履歴
登録2009年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF
B: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF
C: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3623
ポリマ－87,3623
非ポリマー00
水9,476526
1
A: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF
C: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2422
ポリマ－58,2422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-20.41 kcal/mol
Surface area18350 Å2
手法PISA
2
B: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF

B: UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2422
ポリマ－58,2422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area3250 Å2
ΔGint-17.88 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.163, 89.041, 65.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 UREASE ACCESSORY PROTEIN UREF / UREF


分子量: 29120.783 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / 参照: UniProt: Q09065
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.12 Å / Num. obs: 51513 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2→35.26 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 2006 4.2 %
Rwork0.1903 --
obs0.1921 47763 90.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.741 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7806 Å20 Å2-4.1434 Å2
2---3.6136 Å2-0 Å2
3---9.3942 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4968 0 0 526 5494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9196846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1951872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004870
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.28031190.24552550X-RAY DIFFRACTION72
2.05-2.10540.35111230.25852728X-RAY DIFFRACTION76
2.1054-2.16740.26241190.22192981X-RAY DIFFRACTION83
2.1674-2.23730.24721320.20343115X-RAY DIFFRACTION86
2.2373-2.31730.27911290.21183107X-RAY DIFFRACTION86
2.3173-2.410.21021590.17743317X-RAY DIFFRACTION92
2.41-2.51970.21031540.18033359X-RAY DIFFRACTION94
2.5197-2.65250.20311350.18573411X-RAY DIFFRACTION95
2.6525-2.81860.25321580.19753433X-RAY DIFFRACTION96
2.8186-3.03610.24431410.20343489X-RAY DIFFRACTION97
3.0361-3.34150.22761640.18813543X-RAY DIFFRACTION98
3.3415-3.82450.20381620.16643564X-RAY DIFFRACTION98
3.8245-4.81650.19021480.1553568X-RAY DIFFRACTION98
4.8165-35.26540.23211630.18063592X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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