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- PDB-2we7: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0376c homologue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2we7
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0376c homologue from Mycobacterium smegmatis
要素Xanthine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


XdhC- CoxI / XdhC Rossmann domain / : / XdhC and CoxI family / XdhC Rossmann domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xanthine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cho, H.J. / Kang, B.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Rv0376C Homologue from Mycobacterium Smegmatis
著者: Cho, H.J. / Kang, B.S.
履歴
登録2009年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_mod_residue.details / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthine dehydrogenase
B: Xanthine dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5622
ポリマ－81,5622
非ポリマー00
水37821
1
A: Xanthine dehydrogenase

A: Xanthine dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5622
ポリマ－81,5622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_554-x+y,y,-z-1/21
Buried area1990 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA
2
B: Xanthine dehydrogenase

B: Xanthine dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5622
ポリマ－81,5622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area30080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.039, 101.039, 316.574
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Xanthine dehydrogenase


分子量: 40781.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 参照: UniProt: A0QQG1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M CITRATE PH 4.8, 17% PEG 8000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE AND 4% ETHANOL BY MICRO-SEEDING

-
データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 21926 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 63.91
反射 シェル解像度: 2.9→50 Å / 冗長度: 23.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.9→38.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 27.764 / SU ML: 0.25 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.885 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1135 5.2 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 20666 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.14 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5006 0 0 21 5027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.9646983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8045680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.9722.227211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.19615762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6411557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.22237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.23520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5420.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.70333424
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.71655386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.79981870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.353111594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 89 -
Rwork0.243 1408 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9933-0.77450.84814.81452.00231.8983-0.19020.07590.1129-0.09850.07610.2718-0.2803-0.08180.11410.04530.0179-0.00720.01270.02540.1914-23.382-21.026-57.299
22.9196-0.1738-1.22510.474-0.05220.7004-0.0785-0.1299-0.0540.08790.0644-0.080.01470.05760.0140.06910.0101-0.00260.0641-0.01820.17590.289-28.985-58.22
34.9679-1.76361.66320.8973-0.36373.3868-0.05130.21410.0272-0.0183-0.0762-0.08940.1065-0.19190.12750.1294-0.0151-0.02850.051-0.00740.324112.423-39.217-71.675
46.09260.06630.84522.96810.09195.01620.3143-0.766-0.37311.36350.3019-0.92240.54310.4961-0.61620.46510.1042-0.49910.3064-0.04110.431711.617-29.758-20.331
53.8335-1.4814-2.8360.98161.25185.60550.0707-0.4661-0.1880.18760.3181-0.01110.54270.3104-0.38880.2640.0802-0.12420.14650.0721-0.0773-7.124-29.771-24.184
63.62411.3815-0.88687.366-3.24477.64510.0170.323-0.0819-0.270.77781.20830.5795-0.8815-0.7948-0.10580.0275-0.06290.50370.20160.1394-30.004-22.636-10.612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3A293 - 359
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5B105 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6B239 - 359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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