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- PDB-2wb4: activated diguanylate cyclase PleD in complex with c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wb4
タイトルactivated diguanylate cyclase PleD in complex with c-di-GMP
要素DIGUANYLATE CYCLASE
キーワードTRANSFERASE / CELL CYCLE / GTP-BINDING / METAL-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / DIFFERENTIATION / RESPONSE REGULATOR / BEF3- / C-DI-GMP / MAGNESIUM / TRANSDUCER / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM / NUCLEOTIDE-BINDING / DIGUANYLATE CYCLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / cell differentiation / cell cycle / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding ...diguanylate cyclase / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / cell differentiation / cell cycle / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Chem-C2E / Response regulator PleD / Response regulator PleD
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER CRESCENTUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wassmann, P. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Activated Pled, Identification of Dimerization and Catalysis Relevant Regulatory Mechanisms
著者: Wassmann, P. / Massa, C. / Zaehringer, F. / Schirmer, T.
履歴
登録2009年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIGUANYLATE CYCLASE
B: DIGUANYLATE CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,70815
ポリマ－100,7632
非ポリマー3,94513
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-12.9 kcal/mol
Surface area49050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.560, 127.430, 88.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAVALVALAA3 - 1253 - 125
211ALAALAVALVALBB3 - 1253 - 125
121PROPROGLUGLUAA185 - 260185 - 260
221PROPROGLUGLUBB185 - 260185 - 260
112ARGARGVALVALAA300 - 395300 - 395
212ARGARGVALVALBB300 - 395300 - 395
122ILEILETHRTHRAA415 - 420415 - 420
222ILEILETHRTHRBB415 - 420415 - 420

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DIGUANYLATE CYCLASE / STALKED CELL DIFFERENTIATION-CONTROLLING PROTEIN / RESPONSE REGULATOR PLED / DGC / PLED


分子量: 50381.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: BERRYLIUM FLUORIDE MODIFICATION OF A 53 AND B 53
由来: (組換発現) CAULOBACTER CRESCENTUS (バクテリア)
株: CB15 / プラスミド: PRUN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: Q9A5I5, UniProt: B8GZM2*PLUS, diguanylate cyclase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -

-
非ポリマー , 5種, 63分子

#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN SOLUTION\: 100 MICROM PLED, 0.2 MM C-DI-GMP, 2 MM GMPCPP, 1 MM BECL2, 10 MM NAF, 10 MM MGCL2 RESERVOIR\: 0.1 M HEPES, PH 8.0, 0.73 M NA2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→72.48 Å / Num. obs: 42374 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.45 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.26 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 62.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V0N

2v0n


解像度: 2.8→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 23.105 / SU ML: 0.271 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.009 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26816 1691 5.1 %RANDOM
Rwork0.23906 ---
obs0.24053 31368 94.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20 Å2
2---1.28 Å2-0 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6908 0 256 50 7214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0227086
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5992.0159639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.429311670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6255896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45222.281263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.815151170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9431574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9551.54461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77227146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.14832625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0944.52491
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2471tight positional0.080.05
12B2471tight positional0.080.05
21A1298tight positional0.120.05
22B1298tight positional0.120.05
11A2471tight thermal0.090.5
12B2471tight thermal0.090.5
21A1298tight thermal0.10.5
22B1298tight thermal0.10.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 100 -
Rwork0.314 1894 -
obs--77.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1965-0.89581.17252.1241-1.07412.93050.091-0.0812-0.12650.0037-0.02990.06030.0704-0.0573-0.0610.0074-0.0026-0.01610.0120.00110.138229.9482.60940.58
25.30830.3106-2.08621.91421.27753.7872-0.07010.3401-0.3956-0.01050.1302-0.13440.07550.0213-0.06020.0033-0.0010.01220.0345-0.01720.155714.676-10.34327.296
33.3654-0.546-1.11322.2403-0.8872.2815-0.16310.135-0.2323-0.29320.0773-0.07950.3210.01180.08570.0668-0.01320.00980.018-0.01760.10285.68747.3711.357
42.2098-0.8976-1.9921.56730.98023.19830.00630.12430.03950.0345-0.02640.0547-0.0338-0.26650.02020.0081-0.00170.02880.0374-0.03020.132131.8171.3993.397
53.57330.6708-0.03082.2556-2.40344.91770.1728-0.40630.06810.4067-0.1147-0.2544-0.27180.2898-0.05810.164-0.020.01710.089-0.05140.182747.4213.65117.304
61.32341.1942-0.26294.6968-1.5721.51380.0837-0.0996-0.08440.3821-0.13550.1203-0.0472-0.01280.05190.0483-0.0104-0.00250.0121-0.01050.08055.11334.90438.896
70.9188-0.55520.74942.5064-2.07014.65750.0227-0.2881-0.1830.8441-0.3298-0.5695-0.27550.42810.30720.3824-0.1713-0.27990.23580.20970.250312.5638.62947.646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2A150 - 270
3X-RAY DIFFRACTION3A290 - 450
4X-RAY DIFFRACTION4B2 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5B160 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6B290 - 400
7X-RAY DIFFRACTION7B410 - 450

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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