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- PDB-2wb2: Drosophila Melanogaster (6-4) Photolyase Bound To double stranded... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wb2
タイトルDrosophila Melanogaster (6-4) Photolyase Bound To double stranded Dna containing a T(6-4)C Photolesion
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*64PP*ZP*GP*CP*AP *GP*GP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*G)-3'
  • PHOTOLYASE
キーワードLYASE/DNA / LYASE-DNA COMPLEX / PHOTOLESION / DNA PHOTOLYASE / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


response to light stimulus / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / RE11660p
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Glas, A.F. / Schneider, S. / Maul, M.J. / Hennecke, U. / Carell, T.
引用
ジャーナル: Chemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of the T(6-4)C Lesion in Complex with a (6-4) DNA Photolyase and Repair of Uv- Induced (6-4) and Dewar Photolesions.
著者: Glas, A.F. / Schneider, S. / Maul, M.J. / Hennecke, U. / Carell, T.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure and Mechanism of a DNA (6-4) Photolyase.
著者: Maul, M.J. / Barends, T.R.M. / Glas, A.F. / Cryle, M.J. / Domratcheva, T. / Schneider, S. / Schlichting, I. / Carell, T.
履歴
登録2009年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月7日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: chem_comp / exptl_crystal_grow
Item: _chem_comp.type / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.02023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOLYASE
C: 5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*64PP*ZP*GP*CP*AP *GP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8794
ポリマ－72,0933
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-19.86 kcal/mol
Surface area25750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.550, 89.000, 91.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOTOLYASE / DNA PHOTOLYASE / RE11660P


分子量: 62910.137 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: DERIVED FROM PDEST007 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI PLYSS (DE3) / 参照: UniProt: Q8SXK5, deoxyribodipyrimidine photo-lyase
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*64PP*ZP*GP*CP*AP *GP*GP*T)-3'


分子量: 4637.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 6-4 LINK BETWEEN T 8 AND C 8 (SEE REMARK 600) / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*G)-3'


分子量: 4545.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
非ポリマーの詳細CHAIN C HETEROGENS 64P AND Z: RESIDUES DT 8 AND DC 9 HAVE FORMED A PHOTOPRODUCT BY THE COVALENT ...CHAIN C HETEROGENS 64P AND Z: RESIDUES DT 8 AND DC 9 HAVE FORMED A PHOTOPRODUCT BY THE COVALENT BONDING OF ATOM C6 OF 64P TO C4 OF Z.
配列の詳細CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 1-520

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN WAS MIXED WITH DNA IN A 1:1.1 MOLAR RATIO WITH A FINAL CONCENTRATION OF 8.5MG/ML PROTEIN. 0.1M HEPES PH 7, 15-20% POLYETHYLENGLYCOL 4000, HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→45.8 Å / Num. obs: 15653 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CVU

3cvu


解像度: 2.95→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 38.342 / SU ML: 0.337 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24252 774 5 %RANDOM
Rwork0.20354 ---
obs0.20554 14835 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.264 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4 Å20 Å20 Å2
2---2.4 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 608 53 0 4823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.023317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4912.126952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8793.0018035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7745507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40323.14207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31415735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8361534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02973
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4121.52546
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0881.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80624125
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33532477
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1914.52827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 62 -
Rwork0.34 1067 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45650.91460.14712.586-0.0281.7623-0.08250.22230.1351-0.26180.03360.0071-0.07160.07160.04890.41270.00790.04420.338-0.00150.268614.504917.86194.2747
21.53270.5952-0.35861.156-0.96110.8609-0.02440.06450.1345-0.0583-0.01690.0674-0.02560.0620.04130.36510.03180.00680.2325-0.0080.33267.367816.595612.2401
34.6003-0.994-0.87462.311-0.09721.25510.00620.04670.0587-0.01030.0071-0.0289-0.03740.0972-0.01330.4155-0.0061-0.00140.39110.01170.378513.352326.8889-3.3677
41.83781.6810.60454.0237-0.49490.67720.01620.08540.2055-0.35940.02710.22370.14990.1076-0.04330.5001-0.00450.03350.41330.00370.330211.259614.4349-7.5215
50.46190.0767-0.15831.3123-0.12742.03540.01220.1827-0.0703-0.1994-0.0296-0.24310.10020.0530.01750.37820.030.05010.3645-0.02950.343914.5833-7.1784-5.6853
60.2390.4391-0.19661.6639-0.05840.44940.05750.02720.10390.0446-0.0741-0.0197-0.09150.02320.01650.33310.03-0.00480.32620.01160.32199.119512.777215.0841
71.69580.101-0.47431.54970.18561.3679-0.0348-0.0404-0.1117-0.12970.0284-0.1090.13330.21610.00640.32490.0314-0.00750.2874-0.00430.283510.2848-9.97812.7764
80.80280.0841-0.22970.561-0.28831.02930.01350.1666-0.0127-0.12380.02090.06290.0059-0.0745-0.03440.34540.0139-0.0290.288-0.0270.2922-10.4676-6.14013.0418
90.27980.2941-0.3832.26450.8172.57290.02370.22110.0418-0.0491-0.0615-0.0405-0.0852-0.12530.03780.32220.031-0.0280.3515-0.00440.2909-5.592-4.97751.4349
101.11270.5651-0.29220.7299-0.71652.5753-0.03650.0551-0.09190.1055-0.02270.18210.2705-0.13530.05920.31370.00170.0060.2552-0.03430.3256-15.1184-15.21319.1148
111.1127-0.0615-1.51330.0364-0.10455.1376-0.01850.0035-0.04330.03040.04910.07880.1787-0.1235-0.03060.3399-0.01510.00250.3724-0.02880.4104-28.2157-13.270418.9111
120.82180.3796-1.20771.4288-1.37444.823-0.06160.1142-0.0766-0.1419-0.018-0.08620.04220.03330.07960.3942-0.0143-0.0250.3806-0.01810.3914-15.083-18.6472-10.2159
133.79461.5748-0.58553.92850.17891.80980.05980.2259-0.1824-0.27190.15180.26350.3223-0.3699-0.21160.48080.01650.01730.4986-0.0470.46131.2916-31.0778-17.7192
144.25850.91690.95310.625-0.65792.1021-0.11280.3683-0.2334-0.21010.1244-0.12010.52480.1327-0.01160.48120.01960.00320.3279-0.03790.3604-0.0823-26.3654-1.4874
155.6026-1.88972.58840.6786-0.84171.25770.0919-0.7621-0.92520.080.31860.40210.1299-0.1911-0.41050.59050.14340.05980.55010.07520.5145-11.4363-32.951613.373
162.79131.51012.65742.16930.64174.1150.07980.2733-0.1669-0.18090.1089-0.2126-0.13720.3328-0.18870.49080.00980.00290.49750.0190.461-1.9494-33.452514.0949
171.9866-0.46642.17541.2324-1.20518.43790.06990.3890.047-0.3887-0.01940.0527-0.11210.0818-0.05050.46380.00530.01080.4468-0.00830.4789-12.0846-32.2375-0.8255
180.165-0.50890.38215.9617-1.34880.96420.10730.147-0.0413-0.12710.0081-0.12220.20730.1714-0.11540.47440.04040.06130.5423-0.07590.28572.2209-24.0761-12.0191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4A105 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5A135 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6A174 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7A243 - 301
8X-RAY DIFFRACTION8A302 - 385
9X-RAY DIFFRACTION9A386 - 418
10X-RAY DIFFRACTION10A419 - 457
11X-RAY DIFFRACTION11A458 - 486
12X-RAY DIFFRACTION12A487 - 509
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 4
14X-RAY DIFFRACTION14C5 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15C11 - 15
16X-RAY DIFFRACTION16D1 - 5
17X-RAY DIFFRACTION17D6 - 9
18X-RAY DIFFRACTION18D10 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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