PDB-2w9v: Solution structure of jerdostatin from Trimeresurus jerdonii with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w9v

タイトル

Solution structure of jerdostatin from Trimeresurus jerdonii with end C-terminal residues N45G46 deleted

要素

SHORT DISINTEGRIN JERDOSTATIN

キーワード

TOXIN / VENOM / CELL ADHESION / BLOOD COAGULATION

機能・相同性

Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / toxin activity / extracellular region / Disintegrin jerdostatin

機能・相同性情報

生物種

TRIMERESURUS JERDONII (ヘビ)

手法

溶液NMR / CNS

データ登録者

Carbajo, R.J. / Sanz, L. / Mosulen, S. / Calvete, J.J. / Pineda-Lucena, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: NMR Structure and Dynamics of Recombinant Wild-Type and Mutated Jerdostatin, a Selective Inhibitor of Integrin Alpha1 Beta1
著者: Carbajo, R.J. / Sanz, L. / Mosulen, S. / Perez, A. / Marcinkiewicz, C. / Pineda-Lucena, A. / Calvete, J.J.

履歴

登録	2009年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月9日	Group: Database references / Version format compliance
改定 1.2	2020年1月15日	Group: Data collection / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w9v.cif.gz	528.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w9v.ent.gz	442.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w9v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w9v_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w9v_full_validation.pdf.gz	688.1 KB	表示
XML形式データ	2w9v_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	2w9v_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/2w9v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/2w9v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w9oC 2w9uC 2w9wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rv1-d 2elm-d 1hcc-d 1qpy-2 5x0s-d 3tgf-d 1ehs-d 2fk3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16151

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SHORT DISINTEGRIN JERDOSTATIN

4.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	44 / 50	LOWEST TOTAL ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	SHORT DISINTEGRIN JERDOSTATIN 分子量: 4740.450 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 68-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TRIMERESURUS JERDONII (ヘビ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZZM2
Has protein modification	Y
配列の詳細	FIRST THREE RESIDUES (AMD) ARE A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	15N HSQC
1	4	1	13C HSQC

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR AND HETERONUCLEAR NMR EXPERIMENTS ON 15N LABELLED SAMPLES

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 4.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 300.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
Sparky		構造決定

精密化

手法: CNS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 44

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)